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全部话题 - 话题: ngago
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c********n
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1
特别记录 2016.10.16
信息来源:
- 凤凰视频
- 许戈辉 【名人面对面】漩涡中的韩春雨
link:
http://v.ifeng.com/documentary/figure/201610/0360dd02-ef09-4439-b146-1152ebe30c57.shtml
2016年6月24日录制完成
2016年10月16日播出
录制方的声明:
- “两度安排播出,都推迟了”
- “截止节目播出前,发给韩春雨本人的再次电话采访的邀约,并没有得到回应“
韩春雨在采访中表达的一些看法:
- 多次提到,“科学最终要成为产品,最终要造福于人类”
- 当初选择(落脚河北科大)的时候,是因为知道,这个地方,适合他创业
- “这里(河北科大)就是我的麻省理工学院”
- “不同科学家对待科学的态度,是可以不同的。。。科学对于我来说,是个很好
的生活方式”
- “人有两个方面, 一个是品德,一个是品质。 这两个特别重要,品德就是到社会上
是不是个好人。。。只有好人才能走得远;。。。 品质是所谓成功不成功。。。品质
不好,半途而废了,怕吃苦。。等等,坚持不下去了,就成不了事”
韩春雨关于Ng... 阅读全帖
c********n
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2
特别记录
编者注:
记录一些中国各界对于韩国学者发现了NgAgo实际功能以后的反应
信息来源 1: 澎湃新闻
Title: 韩国学者再质疑韩春雨:该技术不能编辑基因只能“沉默”基因
Date: 2017-1-21
Link:
http://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_1605620
信息来源 2: 赛先生 (转载BioArt)
Title: NgAgo或只能切割RNA,韩春雨论文不可重复性原因渐出水面
Date: 2017-1-22
Link:
http://chuansong.me/n/1505645946730
信息来源 3: 知识分子
Title: NgAgo到底能干什么?韩国科学家最新进展或推进真相?
Date: 2017-1-22
Link:
http://chuansong.me/n/1504909151927
信息来源 4: 知社学者圈
Title: 峰回路转? NgAgo四大新发展显示信心增强, 国际争夺加剧 | 深度分析
Date: 2017-1-22
Link:
http://chuansong.me/n/150490995... 阅读全帖
c********n
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3
特别记录
编者注:
记录一些中国各界对于韩国学者发现了NgAgo实际功能以后的反应
信息来源 1: 澎湃新闻
Title: 韩国学者再质疑韩春雨:该技术不能编辑基因只能“沉默”基因
Date: 2017-1-21
Link:
http://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_1605620
信息来源 2: 赛先生 (转载BioArt)
Title: NgAgo或只能切割RNA,韩春雨论文不可重复性原因渐出水面
Date: 2017-1-22
Link:
http://chuansong.me/n/1505645946730
信息来源 3: 知识分子
Title: NgAgo到底能干什么?韩国科学家最新进展或推进真相?
Date: 2017-1-22
Link:
http://chuansong.me/n/1504909151927
信息来源 4: 知社学者圈
Title: 峰回路转? NgAgo四大新发展显示信心增强, 国际争夺加剧 | 深度分析
Date: 2017-1-22
Link:
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x****6
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4
来自韩在addgene提供的protocol
*Since NgAgo follows “one-guide faithful” rule, i.e. guides can only be
loaded when NgAgo protein is in the process of expression, to improve the
efficiency of gDNA loading to NgAgo, sometimes multiple transfection of gDNA
helps
"guides can only be loaded when NgAgo protein is in the process of
expression",如果真是这样,这个蛋白也是蛮奇葩的。
c********n
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5
【记录历史】NgAgo实验流程Addgene更新前后的比对
读好书,读好文,有益身心健康。
看文章,做记录,做总结,找原因,找规律,可以避免浪费以后的时间和精力
我们来记录一下韩春雨实验室提供的NgAgo实验流程,
在Addgene 2016年8月8日 更新前后,做一下比对
Reference:
原始发表的protocol
doi:10.1038/nbt.3547-s1, supplementary information
更新后的protocol
Addgene Han Lab added tips 2016年8月8日
https://www.addgene.org/78253/
under “RESOURCE INFORMATION” section “Supplemental Documents”
先看title
更新前
A general protocol of NgAgo/gDNA-mediated genome editing and examination (
T7E1 assay)
更新后
A general protocol of NgAgo/gDNA-mediate... 阅读全帖
c********n
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6
Date:2016年08月22日
(NBT paper 上线三个多月以后)
(韩春雨Addgene 更新protocol 两个星期以后)
Title:NgAgo你做出来了吗?
Link:
http://blog.sciencenet.cn/blog-851798-997067.html
Key Points:
-在follow NBT原始protocol 无法重复验证NgAgo基因编辑功能之后,作者追加实验,
用Addgene更新的protocol,再次无法重复验证NgAgo基因编辑功能。对照组CRISPR/
Cas9,2/2 成功率。
Date:2016年08月24日(NBT paper 上线三个多月以后)
Title:Go forth and replicate!
Link:
http://www.nature.com/news/go-forth-and-replicate-1.20473
Key Points:
编者注:业界大规模重复验证NgAgo基因编辑功能,而不得其果的经历,
可能会带来对于“重复” (replication)实验数据发表方式的革新。
c********n
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7
【补充说明】
【记录历史】谁重复验证了NgAgo? 特别记录 回顾
在NBT文章发表之前,沈啸、韩春雨 (浙江大学)已经为Ago基因
编辑功能申请了专利保护
Date:2016年04月13日(在NBT paper 上线前约2个多星期)
Title:以Argonaute核酸酶为核心的基因编辑技术
(中国专利号CN 105483118 A)
Links:
https://www.google.com/patents/CN105483118A
https://www.google.com/patents/CN105483118A?cl=zh
Key Points:
- 沈啸、韩春雨 (浙江大学)Ago基因编辑专利发表
- 特别注明:
1. 专利filing date:Dec 21, 2015
2. 根据专利描述,不但NgAgo有基因编辑功能,HpAgo、NaAgo和
NtAgo “都与NgAgo一样有很强的编辑哺乳动物细胞内基因表达的
能力”;以及MaAgo,NpAgo,NIESAgo,SchAgo,SPAgo “等
Argonaute核酸酶也能在37°C编辑DNA”
请参见
【记录历史】N... 阅读全帖
c********n
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8
第一个层面: 韩春雨NBT论文NgAgo基因编辑功能的不可重复性
= “科研学术不端及造假”的问题
科研界有很标准的规则,就是拿数据说话
这条规则,就把科研人员们都放在了一条水平线上来比较,不管是本科生,研
究生,博士后,实验员,研究员,助理教授,副教授,正教授,院士,系主
任,校长。。。。。。。
每一个实验结果,每一篇科研论文,都是参与的科研人员们的credit(信
用),可以是正的,也可以是负的。
每一个科研人员的诚信度,信用,和他的“科研水平”是正相关的。
科学的问题, 需要科学的方法来解决。
3.韩春雨NBT论文的合作者们,也没有为NBT文章的NgAgo基因编辑功能做出相
应的解释(note-1)。现在这么多实验室都无法重复实验,韩春雨NBT论文的
合作者们,应当为自己的科研成果做一下解释了。
加注 2016.10.15
信息来源:
- 凤凰资讯
- 百度贴吧 河北吧
据报道,韩春雨NBT论文合作者第二作者,也是Ago专利的两个拥有者中的第一拥有
者, 浙江大学沈啸老师,首次公开回应:若有问题不会逃避责任
- 据报道描述,沈啸老师未分享任何实验细节及数据
- 据报道,沈啸老师并... 阅读全帖

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9
来自主题: Biology版 - NgAgo 和韩春雨会创造历史吗?
今天看到这段BioTechniques的编辑评论,很有感触,转载一下。
SHAPING OPEN SCIENCE FOR THE FUTURE
A paper published in Nature Biotechnology in May 2016 is stirring up a lot
of controversy. The article from researcher Chunyu Han’s team at Hebei
University of Science and Technology describes an alternative genome-editing
technology based on an enzyme from the Argonaute protein family (NgAgo).
The data appear to show that the system can edit genes with a specificity
that even the CRISPR/Cas9 system lacks.
The trouble is, th... 阅读全帖
w***9
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10
11月11日,由中国科学院主管的英文期刊《细胞研究》在线发表了一篇题为《基于
NgAgo的fabp11a基因敲低引起的斑马鱼眼睛发育缺陷》的“致编辑信”文章。据《细胞
研究》发表的内容显示,该研究的通讯作者是南通大学神经再生重点实验室副教授刘东
,研究团队人员除了来自南通大学,还包括复旦大学生命科学学院研究员王永明。在使
用NgAgo之后,虽然发现了NgAgo的其他特性,但并没有发现任何基因编辑的现象。
该文章显示,研究团队在斑马鱼的细胞中使用NgAgo技术后,斑马鱼的眼睛发育出
现了缺陷,疑似发生了基因编辑。但是进行测序后才发现,基因组层面上或者说DNA层
面上,没发生任何编辑。进一步,他们检测发现,只是mRNA表达量上发生了改变。这意
味着引起发育缺陷的原因是基因敲低,而不是基因编辑。
虽然这篇文章没有证明或者否定韩副主席的实验。但是工作是在韩副主席论文的启发下
完成的,韩副主席功不可没。
n***p
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11
http://www.nature.com/news/ngago-gene-editing-controversy-escalates-in-peer-reviewed-papers-1.21023
摘录:
- Wensheng Wei, a molecular biologist at Peking University has already made
his mind up about NgAgo. “It simply doesn't work, period,” he says.
- Han told Nature he has discovered a problem that would not have been
obvious to others and that could explain why others are having difficulty
replicating his results. He says that he is currently running confirmatory
experiments so that he can publi... 阅读全帖

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12
来自主题: Biology版 - Ngago and calcium
PfANgo cuts DNA, by using Mn and Co
NgAgo cuts RNA by using Mn and Mg
Metal Cation size matters.
A few Asp residues are important for the activity of pfAgo, but not for
NgAgo. D residues are normally the binding site of metal cations.
Go figure the native environment of NgAgo and may have clues.
Importantly, NgAgo is active at 37, while other Agos are not.
a****r
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13
【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: PBSNPR (大刀王五), 信区: Biology
标 题: NgAgo翻盘,被中国官方评为国际先进水平
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Jun 19 00:58:57 2017, 美东)
NgAgo翻盘,被官方评为国际先进水平
河北科技大学官方评价韩春雨成果为国际先进水平
河北科技大学官方近日发文如下:
(韩春雨所在学院)取得的成果共13项,其中鉴定2项,均为国际先进水平,......,
特别是Nature系列顶尖刊物《Nature Biotechnology》我院青年教师韩春雨老师题为“
DNA-guided genome editing using the Natronobacterium gregoryi Argonaute”的
研究成果。
《Nature Biotechnology》主要发表生物技术领域的原始创新性研究成果,2015年JCR
影响因子为41.514,已超过主刊《Nature》41.456。
国家自然科学基金委员会官网显示,韩春雨的“NgAgo-gDNA基因编辑技术的完善及应用
... 阅读全帖
i***9
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14
在目前的情况下,即便韩春雨对现有protocol提出重大改进的话,他的credit应该受到
很大的质疑吧。
毕竟那么多人耗费了那么多时间和精力在这上面,现在你站出来说OK,我们发表的文章
了忘了注明“此处省略五千字,请脑补”。面对那么多质疑,你都不说,非要搞个2.0
再说。
你不是拿其他的人当猴子玩么。
而且新的protocol要解释为什么原来的不work,这个也很难。
再有,韩春雨的protocol一定是建立在之前发表的NgAgo-gDNA基础之上的,最重大的发
现就是温度可以降下来了,从而体内切割成为可能,因此应用前景广阔。我觉得韩春雨
对之前发表的NgAgo-gDNA的方法做出重大改进,可能性不是非常大。
有没有人用之前NgAgo-gDNA的protocol试试呢?例如提高温度?

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15
来自主题: Biology版 - NgAgo survey result
Do you see indels with NgAgo system?
Yes, it's working good 1
No, it's not working 88
Yet to check 78
Yes, it's working good 1 0.6%
No, it's not working 88 52.7%
Yet to check 78 46.7%
https://dnascissors.wordpress.com/2016/07/15/results-testing-ngago-genome-
editing-system/
居然有一个说NgAgo working good。这个working good的是韩春雨自己投的票吧
c********n
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16
第四类“重复” 验证实验信息:实名, 网络、论坛发布
- 重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
暂只收录包含有具体实验信息(eg实验材料,步骤,etc)的发布报告
第一则
- 发布方:Dr. Davide Seruggia
- 发布时间:2016年6月23日 至2016年7月20日
- 发布平台:google groups
- 发布方国家:美国
- 发布方城市:Boston
- 发布方研究机构:Boston Children's Hospital
- 实验室PI:Dr. Davide Seruggia
- NgAgo的来源:Addgene
- 重复及验证实验结果:
o 重复文章中的NgAgo/gDNA - GFP实验不成功 (对比实验Cas9 –“dramatic
reduction”)
o 拓展实验inject embryos - ”pups with no phenotype, no indels”
- 重复及验证详细信息: oligo来源及用量,实验简介,实验结果简汇
- 实验数据发... 阅读全帖
c********n
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17
第四类“重复” 验证实验信息:实名, 网络、论坛发布
- 重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
暂只收录包含有具体实验信息(eg. 实验材料,步骤,etc)的发布报告
第二则
- 发布方:James Gagnon
- 发布时间:2016年7月8日至2016年7月29日
- 发布平台:google groups, twitter
- 发布方国家:美国
- 发布方城市:Cambridge, MA
- 发布方研究机构:Harvard University
- 实验室PI:Dr. Alex Schier
- NgAgo的来源:Addgene
o cloned into pCS2 vector for mRNA transcription, for use in zebrafish
- 应用验证实验结果:
o MiSeq PCR Amplicon高通量测序作为检测手段
o Twitter post “And no indels after amplicon MiSeq of NgAgo injected
... 阅读全帖
c********n
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18
特别记录
Date:2016年9月8日
Title:重复实验亲历者:对韩春雨新基因编辑技术的几点疑惑
Link:
http://m.thepaper.cn/newsDetail_forward_1525570
Key points:
1. 澎湃新闻 文章
2. 丹麦奥胡斯大学的蔡宇伽博士分享了他重复验证NgAgo基因编辑功能的经历
- 两次尝试重复实验失败
- 第二次用了韩春雨组2016年8月8日Addgene更新的实验流程
- 对于韩春雨NBT原文数据的一些疑惑
3. 蔡宇伽博士已经把他对于韩春雨NBT文章中fig4的困惑,发了邮件给《自然-生物技
术》的编辑, 并收到了回复
编者注:
- 韩春雨组2016年8月8日Addgene更新的protocol
- Links:
https://twitter.com/Addgene/status/762641610073051137
https://www.addgene.org/78253/
under “RESOURCE INFORMATION” section “Supplemental Documents”:
“A general ... 阅读全帖
c********n
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19
特别记录
Date:2016年9月9日
Title:方舟子“向国家自然科学基金委员会举报河北科技大学韩春雨”
Link:
http://fangzhouzi.baijia.baidu.com/article/619996
Key points:
1. 韩春雨凭借NBT论文NgAgo基因编辑功能而获得来中国国家自然科学基金资助,项目
批准号31650002,项目名称为《NgAgo-gDNA基因编辑技术的完善及应用研究》,批准金
额100万元,项目起止年月2017-01至2018-12
2. 由于韩春雨NBT论文NgAgo基因编辑功能至今为止,世界各地没有科学家能够重复,
以及综合分析其他一些原因,此项技术是不真实不可靠的,可以判断是有意造假嫌疑。
3. 方舟子实名向国家自然科学基金委员会举报河北科技大学韩春雨,并提出了建议,
由国家自然科学基金委员会监督委员会组成独立调查组进行调查。
c********n
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第四类“重复” 验证实验信息:实名, 网络、论坛发布
- 重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
暂只收录包含有具体实验信息(eg实验材料,步骤,etc)的发布报告
第一则
- 发布方:Dr. Davide Seruggia
- 发布时间:2016年6月23日 至2016年7月20日
- 发布平台:google groups
- 发布方国家:美国
- 发布方城市:Boston
- 发布方研究机构:Boston Children's Hospital
- 实验室PI:Dr. Davide Seruggia
- NgAgo的来源:Addgene
- 重复及验证实验结果:
o 重复文章中的NgAgo/gDNA - GFP实验不成功 (对比实验Cas9 –“dramatic
reduction”)
o 拓展实验inject embryos - ”pups with no phenotype, no indels”
- 重复及验证详细信息: oligo来源及用量,实验简介,实验结果简汇
- 实验数据发... 阅读全帖
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第四类“重复” 验证实验信息:实名, 网络、论坛发布
- 重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
暂只收录包含有具体实验信息(eg. 实验材料,步骤,etc)的发布报告
第二则
- 发布方:James Gagnon
- 发布时间:2016年7月8日至2016年7月29日
- 发布平台:google groups, twitter
- 发布方国家:美国
- 发布方城市:Cambridge, MA
- 发布方研究机构:Harvard University
- 实验室PI:Dr. Alex Schier
- NgAgo的来源:Addgene
o cloned into pCS2 vector for mRNA transcription, for use in zebrafish
- 应用验证实验结果:
o MiSeq PCR Amplicon高通量测序作为检测手段
o Twitter post “And no indels after amplicon MiSeq of NgAgo injected
... 阅读全帖
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特别记录
Date:2016年9月8日
Title:重复实验亲历者:对韩春雨新基因编辑技术的几点疑惑
Link:
http://m.thepaper.cn/newsDetail_forward_1525570
Key points:
1. 澎湃新闻 文章
2. 丹麦奥胡斯大学的蔡宇伽博士分享了他重复验证NgAgo基因编辑功能的经历
- 两次尝试重复实验失败
- 第二次用了韩春雨组2016年8月8日Addgene更新的实验流程
- 对于韩春雨NBT原文数据的一些疑惑
3. 蔡宇伽博士已经把他对于韩春雨NBT文章中fig4的困惑,发了邮件给《自然-生物技
术》的编辑, 并收到了回复
编者注:
- 韩春雨组2016年8月8日Addgene更新的protocol
- Links:
https://twitter.com/Addgene/status/762641610073051137
https://www.addgene.org/78253/
under “RESOURCE INFORMATION” section “Supplemental Documents”:
“A general ... 阅读全帖
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特别记录
Date:2016年9月9日
Title:方舟子“向国家自然科学基金委员会举报河北科技大学韩春雨”
Link:
http://fangzhouzi.baijia.baidu.com/article/619996
Key points:
1. 韩春雨凭借NBT论文NgAgo基因编辑功能而获得来中国国家自然科学基金资助,项目
批准号31650002,项目名称为《NgAgo-gDNA基因编辑技术的完善及应用研究》,批准金
额100万元,项目起止年月2017-01至2018-12
2. 由于韩春雨NBT论文NgAgo基因编辑功能至今为止,世界各地没有科学家能够重复,
以及综合分析其他一些原因,此项技术是不真实不可靠的,可以判断是有意造假嫌疑。
3. 方舟子实名向国家自然科学基金委员会举报河北科技大学韩春雨,并提出了建议,
由国家自然科学基金委员会监督委员会组成独立调查组进行调查。
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特别记录
信息来源:
- Nature Biotech
- editorial expression of concern
- 2016.11.28
link:
http://www.nature.com/nbt/journal/v34/n7/full/nbt.3547.html#correction1
Key points
- 引用了Nature Biotech 和 Protein&Cell 两篇 NgAgo 基因编辑无法重复的质疑文章
, 特别是关键的 Fig4 按原文实验设计也无法重复
- 已通知原文作者,原文作者正在找无法重复原因, Nature Biotech在调查中,调查
结束后会给community update
- 原文作者对于 editorial expression of concern 的态度:
While the investigations are ongoing, Chunyu Han and Xiao Z. Shen agree with
this editorial expression of concern. Feng Gao, Feng Jiang ... 阅读全帖
c********n
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25
特别记录
编者注:
增加记录一些中外对于韩国学者发现了NgAgo实际功能,以及河北科大与Novozymes合作
关系曝光以后的反应
信息来源 1: Gaetan Burgio (澳洲哥)的 blog
Title: Is NgAgo a genome editing tool after all?
Date: 2017-1-21
Link:
https:[email protected]/* *//is-ngago-a-genome-editing-tool-after-all-
3cb668ec46a#.6t2dc1g1e
信息来源 2: 澎湃新闻
Title: 讨论韩春雨基因编辑技术争议是否逆转,你得先弄清这四个问题
Date: 2017-1-24
Link:
http://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_1607042
c********n
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26
特别记录
信息来源:
- Nature Biotech
- editorial expression of concern
- 2016.11.28
link:
http://www.nature.com/nbt/journal/v34/n7/full/nbt.3547.html#correction1
Key points
- 引用了Nature Biotech 和 Protein&Cell 两篇 NgAgo 基因编辑无法重复的质疑文章
, 特别是关键的 Fig4 按原文实验设计也无法重复
- 已通知原文作者,原文作者正在找无法重复原因, Nature Biotech在调查中,调查
结束后会给community update
- 原文作者对于 editorial expression of concern 的态度:
While the investigations are ongoing, Chunyu Han and Xiao Z. Shen agree with
this editorial expression of concern. Feng Gao, Feng Jiang ... 阅读全帖
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特别记录
编者注:
增加记录一些中外对于韩国学者发现了NgAgo实际功能,以及河北科大与Novozymes合作
关系曝光以后的反应
信息来源 1: Gaetan Burgio (澳洲哥)的 blog
Title: Is NgAgo a genome editing tool after all?
Date: 2017-1-21
Link:
https://medium.com/@GaetanBurgio/is-ngago-a-genome-editing-tool-after-all-
3cb668ec46a#.6t2dc1g1e
信息来源 2: 澎湃新闻
Title: 讨论韩春雨基因编辑技术争议是否逆转,你得先弄清这四个问题
Date: 2017-1-24
Link:
http://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_1607042
m****a
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来自主题: Biology版 - Nature News: The controversy over NgAgo
转一个 Nature news 下面的了评论,直接冲着方舟子去的。
DONGXIAO YUE•2016-08-08 08:06 PM
The following is a summary of some very heated debate in China on the Han
NgAgo paper. 1. Fang's rash accusation of fraud was a mere result of his
misunderstandings of the Han paper and molecular biology in general. Even
one of Fang's ardent supporters pointed out to him that he misinterpreted
the electrophoresis bands presented in the paper. Fang further mistook
distances between target sites for DNA segment size deltas. 2... 阅读全帖
c********n
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29
编者注:
1.韩春雨实验室在NBT文章中发表的数据,是用更新前的实验流程做出来的。
至今为止(2016年9月1日),世界上除了韩春雨实验室,还未有任何实验室能用这个更
新前的流程,重复验证出NBT文章中NgAgo基因编辑的能力。
2. 韩春雨实验室在公布更新后的实验流程以后,至今还未公布用此流程,任何成功重
复验证的结果。也没有任何一家其他实验室,能够公布用此流程而成功重复验证的结果。
因此:
- 在没有应用韩春雨所提出的“高超的实验技巧”之前,至今,世界上只有韩春雨一家
实验室,可以做出NgAgo基因编辑的结果
- 在韩春雨提出了“高超的实验技巧”之后,至今,世界上没有任何一家实验室,包括
韩春雨实验室,能够用这些“高超的实验技巧”,做出NgAgo基因编辑的结果
转载声明
-在注明出处 (mitbbs biology 版) 之后,编者授权全文转载。
2016年9月1日
CoinByCoin
c********n
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30
Date:2016年07月20日(NBT paper 上线两个半月以后)
Title:仇子龙的声明
Link:
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32030017.html
Key Points:
- 从声明的内容来看,仇子龙实验室没有能够重复出韩春雨NBT文章中的结果;
- 但是试了自己组的几个基因,他们发现NgAgo可能有很低的效率(只给了个估值,<5%
),用测序检测出来的; 相对应的CRISPR/Cas9对照,有20%的效率。缺少具体实验设
计,实验材料来源,实验方法等信息。
- 呼吁韩春雨发布效率更高的NgAgo的版本
- 声明会继续重复验证实验
编者注:
1.韩春雨NBT原文中,NgAgo和CRISPR/Cas9的效率很接近
2.截止到2016年9月2日,在这个发布信息一个多月以后,仇子龙组仍然没有发布任何相
关的追加实验结果信息
3.仇子龙组如果有后续试验结果,建议他们向“澳洲哥”学习
- “澳洲哥”虽然一开始给大家带来了一些不完全的,比较让人困惑的信息,后面认真
追加实验,并详细分析,公布实验细节,“open science... 阅读全帖
c********n
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31
Date:2016年07月29日(NBT paper 上线近3个月以后)
Title:“澳洲哥”twitter第二则信息
Link:
https://twitter.com/GaetanBurgio/status/758975574018658304
Key Points:
- “澳洲哥”的追加实验结果发现NgAgo没有基因编辑功能。
- “澳洲哥”的“open science”解释了他第一则twitter信息带来的很多困惑,从
twitter跟帖来看,大家不但谅解他,还支持他的“open science”的做法
编者注:“澳洲哥”的发布信息, 带来的各种支持和反对的各种意见
1.西班牙的科学家Lluis Montoliu发了newsletter,希望大家不要再在NgAgo上浪费时
间了。
2.分析文章
“澳大利亚国立大学Burgio博士的实验事实上证实了NgAgo是有效的”
http://blog.sciencenet.cn/blog-533418-994090.html
3.对于“澳洲哥”的质疑
“我和岳博士打了澳洲老外一炮”
http://blog.sciencenet.cn/b... 阅读全帖
c********n
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编者补充说明:
以下的报道中,引用了韩春雨关于他的NBT论文的可重复性的的回复:
2016年09月06日 (中国时间)
http://www.chinanews.com/sh/2016/09-06/7995020.shtml
“韩春雨介绍,《自然》是第三方,调查是公正、正式的,结果是公开的,《自然》的
结果就是,这个实验是可以重复的,但有的能够做出来,有的做不出来。”
其中,3个匿名中国科学家,向杂志声明可以成功重复NgAgo基因编辑功能。
这篇报导,引用了Nature 2016年8月8日editorial
Links: Nature第一篇editorial
http://www.nature.com/news/replications-ridicule-and-a-recluse-the-controversy-over-ngago-gene-editing-intensifies-1.20387
由于韩春雨自己没有公布自己的重复实验结果,而声明这三位科学家可以成功重复验证
NgAgo基因编辑功能
请这三位中国科学家注意了:
出于第一层面 (科学的层面),以及第三层面 (个人行为准则... 阅读全帖

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33
来自主题: Biology版 - 关于NgAgo的一些吐槽
本人岛国在读博士一名
在实验方面很有自信,而且对基因治疗这方面很有兴趣,一直在摸索
因为CRISPR的一些局限性,在NgAgo出现时非常激动,在addgene收录了plasmid之后立
刻买回来做实验,做了两次什么也没发现,照论文里写的应该很简单,个人经验觉的这
里面肯定有猫腻,所以立马放弃了
前几天和另外一个朋友聊天的时候,聊起来NgAgo,于是网上查了一些,查到该网站,
决定上来吐个槽,哈哈
看见大家说话都蛮隐晦的,我就直说我的观点了。以下内容皆为YY出来的,大家看个笑
话好了
Han经费不足,遂写了篇NgAgo,结果大家都做不出来
趁着媒体的疯狂报道,立马从国家拿到了经费
贿赂一些其他本土教授,让其欺骗自然杂志,说自己做出来了,但是要求匿名,而且没
有具体的实验数据支持
那么自然杂志本着诚信的原则当然不会立刻撤文
殊不知有些教授出去骗人已经习以为常,有人说不可能?之前的BMC之类的事情让我觉
的这些人什么事情都干的出来
之前我还觉的没准是哪里出了些问题,但是当Han说原因是你们的细胞都污染了,我就
确信这人是个骗子了,也不看看自己的实验室环境,真说的出口
后来的关于实名之类的事情... 阅读全帖

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来自主题: Biology版 - Gaetan Burgio组发文炮轰NgAgo
http://biorxiv.org/content/biorxiv/early/2016/12/06/091678.full.pdf
结论摘要
Importantly, and in agreement with recently published reports [5-7], we
found strictly no evidence of a double strand break of the DNA with NgAgo,
and no editing of the mouse and human DNA despite an efficient delivery of
NgAgo and the gDNA. We did not observe an editing event in over 100 mouse
embryos injected with NgAgo, giving an editing efficiency of less than 1%,
contradicting the results reported in Gao et al.
小鼠细胞和人类... 阅读全帖
k****z
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35
来自主题: Military版 - 韩春雨的NgAgo难道要闹国际笑话
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32025033.html
发信人: crispr2016 (), 信区: Biology
标 题: Re: 韩春雨的NgAgo版上同志们进展如何
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Jun 24 15:02:02 2016, 美东)
重复出来的是0,没有重复出来的到目前为止是10了

发信人: crispr2016 (), 信区: Biology
标 题: Re: 闊╂槬闆ㄧ殑NgAgo鏁堢巼鎬庝箞鏍凤紵鏈変汉璇曡繃涔堬紵
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Jun 24 15:03:11 2016, 美东)
目前也没有任何一家国外的实验室重复出来
l*******1
发帖数: 16217
36
来自主题: Military版 - 超净实验室可以重复小韩的NgAgo
“别人可能会有疑问,怎么这么多人手里的细胞都是有问题的?我也从各种渠道购
买,或者也从别人手里要了实验材料,把原来整个实验捋一遍,做一遍,确实发现,他
们说做不出来确实是有原因的,我现在基本上确认其他实验室不能重复出来实验的一个
很重要的原因是细胞污染,但我还要通过更严谨的实验去把这些东西找出来。”韩春雨
解释道。
韩春雨称使用自己培养的细胞能够高效地实现NgAgo基因编辑,而从“某些权威机
构买来的细胞确实有很大的问题”。
谈到所谓“高超的实验技巧”,韩春雨解释道,他在论文中论述过,不同的细胞表
达NgAgo蛋白的速度、高峰期不同,而Ago必须一边表达一边与guide(指guideDNA)结
合,而不像Cas那样的可以随时结合guide,一旦错过这个窗口期,Ago表达过了没有结
合guide,再结合它就没有活性了,因此它的效率将会降下来,这是一个操作的难点,
需要花一番力气摸索。
l***s
发帖数: 841
37
Cas9还是很高效的,选好gRNA,80%以上还是非常可能的。NgAgo目前最大的担心就是效
率远赶不上Cas9。我们实验室也在试NgAgo,希望很快会有结论。

cells

发帖数: 1
38
不知道大家发现没有,HAN文章里的质粒与ADDGENE里是不一样的。
对于Supplementary Figure 4第一张图,想知道他是用的什么抗体。
因为ADDGENE 里面的NLS-NGAGO质粒是没有标签的。
而且文章里面说nls-ngago质粒的骨架是pcDNA3.1,但是ADDGENE里面的骨架是pEGFP-N1
F****8
发帖数: 289
39
来自主题: Biology版 - NgAgo最新结果!Efficient!
Google讨论中,一位叫Mike的回应。
https://groups.google.com/forum/#!topic/crispr/V1FALNbspCo
This looks sketchy.
In the discussion following this tweet @GaetanBurgio claims that this is a
PCR result (not a T7E1 assay). The significantly smaller bands in sample
lanes(1-7) was deletion bands caused by NgAgo. And yet on his control lane (
Lane 8 according to him) there's also smaller bands.
He didn't do T7E1 assay because (from what I gathered in the tweets and
sorry if I got it wrong) the effects of NgAgo is ... 阅读全帖

发帖数: 1
40
来自主题: Biology版 - NgAgo最新结果!Efficient!
他的意思是用一个gDNA引导NgAgo去切某段序列,切割之后,两段序列通过NHEJ再次连
接,如果中间被切除很长的话,那么在上游和下游各找一个引物扩这个区域,理论上如
果得到的带中,有稍微变小一点的带就表明NgAgo起作用了。而他的图中除了最上面那
个wild-type的带(没有任何切割),其余的带都特别小,我很诧异,他一个guideDNA
如何做到敲掉几百个碱基的

发帖数: 1
41
来自主题: Biology版 - 我来说一下NgAgo
我比较希望韩春雨是因为隐藏了某些东西而导致大家无法重复。但是这种可能性很小,
实话实说,自从CRISPR-Cas9的出现就已经大大的降低了基因编辑的门槛,至少从基因
编辑的原理来说,不可能复杂到哪里去。基因编辑的过程就是给细胞提供分子剪刀和修
复模板,你的NgAgo通过载体运到细胞内部表达不可能比Cas9还要困难(如果你的文章
中用的NgAgo是你导入了某些突变的话,你并没有在文章中提及,而故意给大家发放错
误的质粒,我不知道这个大家该怎么看,至少作为一个人正常人都不会这么干的吧)。
另外5‘-P-ssDNA的运输进细胞也不可能会比90bp长的ssODN困难。唯一可以隐瞒的就是
如何降低5‘-P-ssDNA对细胞的毒性。不管怎么看,这篇文章都很weired。从他在北京
大学做报告来看,讲得确实很烂,不像是一个受过正规训练的科研工作者。

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42
这个事情确实还没到下结论的时候,还属于人民内部矛盾,万一真的是韩隐藏了关键的
步骤,以后即使NgAgo被证实能够起作用,洋鬼子也会说你们中国人weird而不仅仅会说
韩怎么怎么样,别看平时洋鬼子装作很nice的样子,一张破嘴开骂的功力,不要脸的功
夫远超中国人。这对于中国人的形象有损失,划不来也不值得。
正如这个Petr Tomek在Google论坛里说的
下午1:31(30 分钟前)
其他收件人: d*******[email protected]
将帖子翻译为中文
Hahaaa, that's ridiculous! An utter waste of time if this successful
replication of this particular aspect of the paper was not reported to the
community. It would be a very useful information for many readers. I wonder
who could waste public grant money and not p... 阅读全帖

发帖数: 1
43
到目前为止,所谓的仇子龙看到了Indel,根本无法证明那个是NgAgo引起的,有常识的
做过测序的人都知道,即使你拿同一个样品去测一百遍,你肯定会在其中的少许几个测
序结果中发现会有所谓的indel,这种indel不是真实的indel,而只是测序本身带有的
误差(这个是很正常的,喷子喷之前请先做功课)。要想证明NgAgo具有基因组层面的
编辑功能,请参照CRISPR-Cas9的检测标准。
搞了这么久,韩春雨所谓的全国20个实验室重复出来,原来是这种重复结果,真的令人
觉得可笑。现在应该是时候给杂志社写comment了

发帖数: 1
44
到目前为止,所谓的仇子龙看到了Indel,根本无法证明那个是NgAgo引起的,有常识的
做过测序的人都知道,即使你拿同一个样品去测一百遍,你肯定会在其中的少许几个测
序结果中发现会有所谓的indel,这种indel不是真实的indel,而只是测序本身带有的
误差(这个是很正常的,喷子喷之前请先做功课)。要想证明NgAgo具有基因组层面的
编辑功能,请参照CRISPR-Cas9的检测标准。
搞了这么久,韩春雨所谓的全国20个实验室重复出来,原来是这种重复结果,真的令人
觉得可笑。现在应该是时候给杂志社写comment了

发帖数: 1
45
Springer旗下期刊Protein & Cell于11月15日以Letter形式在线发表题为“Questions
about NgAgo”的文章,质疑韩春雨等人之前在Nature Biotechnology上发表的NgAgo基
因编辑技术。
这篇文章的署名作者有20位,署名单位来自国内外18所科研院校。其中通讯作者为:约
翰霍普金斯大学程临钊教授、加州大学洛杉矶分校(UCLA)林硕教授、北京大学魏文胜
研究员、中科院北京动物所王皓毅研究员.
http://link.springer.com/article/10.1007/s13238-016-0343-9
L*****t
发帖数: 56
46
1.argonaute这个东西的相关文献很多,应该是真的
2.韩的NgAgo在低温下有活性应该也是真的,目前大部分实验室可以重复到Fig.3c切GFP
质粒这一步
3.现在大家怀疑的是这东西究竟能不能切开染色体。因为NgAgo没有PAM序列,理论上无
法主动打开双链DNA。那么也就说明这个东西对转录不活跃的区域切割效率是很可疑的
。就算是转录活跃区域,在37度下形成负超螺旋然后切割的难度也很大,没有试验数据
支持很难让人相信这个现象确实存在。

发帖数: 1
47
首先 我不觉得有很多人重复了fig3c,有的看到了gfp下降,但是并没有看到indel数据。
然后14年高温的ttAgo是不能切割线性质粒的,文章中称ttago的切割需要负超螺旋结构
,切割的产生需要dna结构的帮助,而这个切割基因组的切割活性并不能确认。
退一万步讲,ttAgo在高温下能产生给切割,并不是说NgAgo在37度下就一定能切割,反
过来,如果NgAgo没有切割活性,也不能证明ttAgo就也在高温下没有活性。。这是两个
物种的ago系统,这两个之前没有什么必然的逻辑联系。
最近的例子,张锋的cpf1系统,张锋鉴定了好多物种的cpf1,很多在体外都有切割活性
的,都是cpf1系统,但是在哺乳动物细胞内,只有两个cpf1系统能够有效切割基因组。

发帖数: 1
48
郑 重 声 明
作者:河北科技大学 | 发布日期:2016-06-20 09:13:00
2016年5月2日,英国《自然生物技术》杂志(Nature Biotechnology)刊发了我校韩春
雨教授团队发明的一种基因编辑技术NgAgo-gDNA,引发国内外广泛关注。在此,我校郑
重声明:
我校以及韩春雨教授本人未委托任何培训机构或个人开展“NgAgo基因编辑技术” 有关
的培训工作。任何机构或个人发布相关信息,均与本校及韩春雨教授本人无关。
特此声明。

发帖数: 1
49
可能ngago损害了他的利益。不过,ngago 37度下能不能切,才是关键。就算效率低,
也应该能切才对,不然真的是造假。有证据给杂志写信,实名给河北科技大学学术委员
会举报也可以。网上说的不大管用。
s****9
发帖数: 932
50
先声明我不认识韩教授,也没看过NgAGO的paper,对于NgAGO Science本身没有任何立
场。
很久不在版上发帖了,今天忍不住出来,希望大家能够对同胞更宽容一些。每每看到,
一有同胞有重要报道出来,中国人总是喜欢自己踩自己人。
我记得当时李文辉报道HBV受体的时候,版上也是讨论了快一个月,说他的受体不是真
的。一年以后重复的报道出来了,也就没人讨论了。
不管这个工作正确与否,我们应该怀着善意去对待同胞的工作。非圈内权威人士,给
Nature Biotech editor发信在我看来非常不approappriate。
关于工作正确与否,大家耐心一些,时间会验证出真正有价值的东西。
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