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l*e 发帖数: 297 | 3 请问为什么不同实验室做的 miRNA profiling 差别那么大呢?
比如都是做肝脏肿瘤(比较肿瘤组织和接近肿瘤的非癌组织)
是怎么一回事 呢? 很奇怪啊! |
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a*******o 发帖数: 16 | 4 一般直接模仿miRNA在体内biogenesis的过程吧,在genome上找到pre-miR的sequence,
然后在5'和3’各加100bp左右的flank region, 这样貌似表达效率会比较高。 |
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b*********8 发帖数: 44 | 5 感谢回复!
我做的是植物的。 我现在想过表达一个miRNA, 已经知道他的stem-loop序列,也blast
到了他的部分genome序列,但没找到cDNA序列。我如果直接根据genome序列,在这段
stem-loop序列两边各加上100bp边界序列做过表达,可以吗?我担心这段边界序列不会
正好在intron区吧,会不会影响发夹结构的形成? |
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b*********8 发帖数: 44 | 6 非常感谢 centuribob 的回复!我是想一起过表达miRNA和预测的target gene, 来看有
何表型。 |
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m*******n 发帖数: 387 | 7 这个理解,所以还从功能上看看两者功能是不是相反才选的
结果令人意外
开始还在想offtaget,或者其他蛋白的影响
不知道这个浓度是不是太高了
记得版上有人用siRNA也遇到相同的问题,虽然siRNA和miRNA机制不一样 |
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c********b 发帖数: 363 | 8 miRNA增强translation是已经报道过的吧 |
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m*******n 发帖数: 387 | 9 要是真是miRNA增强translation的
一定上来发包子 |
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x******m 发帖数: 736 | 11 比如: hsa-mir-155-5p 与 hsa-mir-155是同一个miRNA吗?是不是所有 hsa-mir-155
都有相同的功能,不论后缀是什么,这个命名真是麻烦,每个database都不一样。 |
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l***s 发帖数: 841 | 12 是不同的miRBase version 造成的混乱。 你需要去miRBase查一下,看看不同version
名字是怎么对应的。-3p 和 -5p 后缀是完全不同的miRNA.
155 |
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x******m 发帖数: 736 | 13 比如: hsa-mir-155-5p 与 hsa-mir-155是同一个miRNA吗?是不是所有 hsa-mir-155
都有相同的功能,不论后缀是什么,这个命名真是麻烦,每个database都不一样。 |
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l***s 发帖数: 841 | 14 是不同的miRBase version 造成的混乱。 你需要去miRBase查一下,看看不同version
名字是怎么对应的。-3p 和 -5p 后缀是完全不同的miRNA.
155 |
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m****n 发帖数: 1066 | 15 问题解决。
不是naked microRNA, 是 miRNA complexed with proteins. |
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l*******i 发帖数: 153 | 16 你如果不懂基本的法律原则和概念,请不要想当然地从法律角度解释“conflict of
interest”。
另外,Monsanto的不叫conflict of interest,为什么他们不像一般文章写的那样:"
We declare that we have no conflict of interest”或者 “We declare that we
have no financial and personal relationships with other people or
organizations that can inappropriately influence our work”.
实际上,在学术界,规避conflict of interest是基本的科研伦理道德;如果你无法规
避,就必须做详细、严肃地statement(就像Monsanto在文章中state的那样)。即使文
章(包括非研究型的review,opinion等)作者在某个公司担任科学顾问之类的,都要
在“conflict of interest statement”里明确地声明,而不能说We/I dec... 阅读全帖 |
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l*******i 发帖数: 153 | 17 科学研究是面向公众和所有科研人员的,何来“单方面”之说?就Monsanto的文章来说
,Monsanto和广大科学研究者(甚至公众)是存在潜在的conflict of interest的。
Monsanto的statement也恰恰说明他们承认有“conflict of interest”,否则他们直
接说“
We have no conflict of interest”就行了。当然,conflict of interest只是一方
面,不代表他们的结果就一定有问题,但是会降低其可信度。就目前而言,miRNA争议
依然存在,你可以说张的结果不够solid,看着有点“可疑”;另一方也可以质疑
Monsanto作者的身份,会导致他们有选择地report他们的results。
在科研中,为什么要尽量避免conflict of interest?因为conflict of interest会降
低文章的可信度,这样就需要更多的研究者和经费投入到重复研究中,这无形中降低了
效率,也在一定程度上阻碍了科研进展。
conflict
state |
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b******k 发帖数: 2321 | 20 怎么可能呢 食物里天然的miRNA已经做了几千年的人体试验了啊 |
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O*****9 发帖数: 75 | 21 比如说用纳米技术来得到 miRNA profile? |
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r*****t 发帖数: 4793 | 22 多谢大家!
看来也许能看看mirna前体
那对mature microRNA有什么方便的办法检测? |
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S**********e 发帖数: 1789 | 23 假的多,真的少,别信。miRNA只是微调节,哪有那么强的功能。 |
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w*e 发帖数: 740 | 25 其他RNA我已经做过一轮实验了,现在就是想富集miRNA
谢谢 |
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t*****c 发帖数: 36 | 26 为绿卡申请积累审稿经历,
研究方向:genetics, developmental biology, transcription factors, miRNA,
bioinformatics. 具体可提供CV.
如果大家有合适的文章需要找人审稿或转让审稿欢迎发给我(email: caohgc at gmail
.com)
有审稿经验,谢谢大家! |
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g*****n 发帖数: 241 | 27 大家觉得miRNA和ncRNA领域还有什么大的或者有趣的问题值得探索?
一起讨论一下 :) |
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g*****n 发帖数: 241 | 28 谢谢提醒,我就是想讨论一下miRNA或者其他ncRNA机制方面的 |
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a*******3 发帖数: 31 | 29 如题
做线虫神经疾患方面牛人有哪些呀? 还有miRNA方面呢?
谢谢大家! |
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s**********2 发帖数: 32 | 30 如题!
想打听一个人,Frank Slack 目前在哈弗大学,做miRNA, 人怎么样? |
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f****y 发帖数: 104 | 31 据我的判断,人肯定是个好人。但是science做得一般,而且miRNA也是日薄西山了。 |
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发帖数: 1 | 32 哪位朋友可以下载到human mature miRNA全序列的table,谢谢 |
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s******y 发帖数: 17729 | 33 这种文章看摘要都是多余的,看个标题就知道tmd骗钱扯蛋
miRNAs
the
models |
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c*********d 发帖数: 9770 | 34 荒猫牛不耕微信号laoniu003005
功能介绍
好文分享
来源:荒猫之舞
作者:荒猫
中美贸易战告一段落,毫不意外地,咱们又赢了。不过与以往不同的是,这次美国也赢
了,是双赢。据报道,咱们答应了美国减少贸易逆差的要求,所以美国赢了;而因为要
减少贸易逆差,中方将大量增加自美购买商品和服务,这样可以满足咱们不断增长的消
费需求和促进高质量经济发展,所以咱们也赢了。
但让我感觉不可思议的是,这么好的事情,为什么一直不做呢?为什么要在美国政府的
逼迫下去做呢?是因为没有想到?那岂不是说那些人能力低下?是因为想到了而不做,
那岂不是证明了那些人很坏?
而且在美国高调启动贸易战之初,咱们是抱着多大的决心,宁为玉碎不为瓦全,一定要
打赢的,一定要粉碎美国人阻挡咱们大国崛起的阴谋的。当美国提出500亿的清单时,
咱们针锋相对;当美国提出1000亿的清单时,咱们继续应战;而当美国把清单的总价提
高到2000亿的时候,一夜之间,美国就不是阻挡咱们大国崛起,而是有利于咱们大国崛
起了。美国的要求原来是有利于咱们的发展,而不是遏制咱们的发展了。我恍然大悟:
原来以前的针锋相对,是用的激将法,是为了刺激美... 阅读全帖 |
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g*********d 发帖数: 233 | 35 MicroRNA 和病毒
作者:王磊
上海交通大学生命学院研究生
摘要:
microRNA(miRNA)是真核生物体内一组内源性的 21—25nt 长的非编码蛋白质的短序列
RNA,它们能通过碱基配对的方式与生物体中的 mRNA 分子相结合来参与调节基因的表
达。自 2000 年至今,miRNA 的研究发展的速度极快并且影响的范围也非常的广泛,而
且分别在2002年和2003年度中miRNA入选了Science杂志年度十大科技突破。因此,
miRNA是 RNA 研究的又一个突破,被称为 RNA 的第二次革命。目前的研究已发现
miRNA 参与了很多重要的生命活动过程涵盖了发育、凋亡、代谢、人类疾病以及病毒侵
染等方面。在病毒侵染宿主和宿主抵抗病毒的过程中病毒编码的 miRNAs 和宿主编码的
miRNAs 均发挥了重要的作用。这无疑为病毒的侵染以及宿主抵抗病毒的侵染的研究提
供了新的思路和新的领域。因此,本文的主要目的在于阐述 miRNA 的一些基本概况以
及在病毒中主要的研究方向和进展,最后对这个具有跨时代意义的小分子进行展望。
关键词:miRNA vmiRNA 功能 宿主的 miR... 阅读全帖 |
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w********2 发帖数: 632 | 36 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: vivien2009 (心寄悠然), 信区: Biology
标 题: 我是张辰宇的学生,说说最近的事
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Nov 17 02:44:01 2013, 美东)
代朋友发帖,全文如下:
我叫陈熹,是张辰宇的学生。昨天有朋友告诉我,说你老板火了,在MITBBS被人“打脸
”了,让我去看一下。我心想,又是NBT这事,挺无语的,不过去看看国外的中国留学
生怎么看这个事情也好。看完我就郁闷了,我们课题组的文章怎么就是“垃圾”了,张
辰宇怎么就是“joker”了?其实以往对于这些事情我都是缄默的,搞科研的数据说话
,所以一直以来也在坚持做着这个领域,希望做出更多的东西来,弄明白一些问题,但
是心血被贬得一文不值,不吐不快。你说外洗地也好,说我是打手也好,我无所谓,我
就是想说说心里真实的想法。
1. 首先,我想澄清,我们的工作不是“垃圾”,张辰宇也不是“joker”。我们实验室
从2004年开始做miRNA,当时规模很小,就我一个人做,平台也刚开始建立,进展较慢
。但经过三年时间,miRNA的检测技术和... 阅读全帖 |
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g*********d 发帖数: 233 | 37 目前表观遗传学(Epigenetics)通常被定义为基因表达通过有丝分裂或减数分裂发生了
可遗传的改变, 而DNA 序列不发生改变[1, 2]。表观遗传学的机
制主要包括DNA 甲基化、组蛋白修饰及非编码RNA。DNA 甲基化(DNA methylation)是指
在DNA甲基转移酶(DNA-methyltransferases, DNMTs)的催化下, CpG 二核苷酸中的胞嘧
啶被选择性地添加甲基, 形成5-甲基胞嘧啶[3, 4]。DNA 甲基转移酶有两种, 其中
DNMT1 主要起维持甲基化的作用, 能使半甲基化的DNA 双链分子上与甲基胞嘧啶相对应
的胞嘧啶甲基化, 可参与DNA 复制双链中新合成链的甲基化[5]; 而DNMT3a 和DNMT3b
主要起形成甲基化的作用, 能在未发生甲基化的DNA 双链上进
行甲基化[6]。DNA 甲基化一般与基因的沉默相关,DNA 去甲基化则与基因的活化相关[7
~9]。
组蛋白修饰(Histone modifications) 是指组蛋白的基础氨基末端尾部突出于核小体,
常在转录后发生变化, 包括甲基化、乙酰化、磷酸化和泛素化等翻译后的修饰... 阅读全帖 |
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v********9 发帖数: 129 | 38 代朋友发帖,全文如下:
我叫陈熹,是张辰宇的学生。昨天有朋友告诉我,说你老板火了,在MITBBS被人“打脸
”了,让我去看一下。我心想,又是NBT这事,挺无语的,不过去看看国外的中国留学
生怎么看这个事情也好。看完我就郁闷了,我们课题组的文章怎么就是“垃圾”了,张
辰宇怎么就是“joker”了?其实以往对于这些事情我都是缄默的,搞科研的数据说话
,所以一直以来也在坚持做着这个领域,希望做出更多的东西来,弄明白一些问题,但
是心血被贬得一文不值,不吐不快。你说外洗地也好,说我是打手也好,我无所谓,我
就是想说说心里真实的想法。
1. 首先,我想澄清,我们的工作不是“垃圾”,张辰宇也不是“joker”。我们实验室
从2004年开始做miRNA,当时规模很小,就我一个人做,平台也刚开始建立,进展较慢
。但经过三年时间,miRNA的检测技术和功能研究我们基本都能做了,一个机缘巧合,
我们发现血清中普遍含有miRNA,从此我们从细胞内miRNA跳到了细胞外miRNA,并确立
了以研究细胞外miRNA为实验室的主要方向,期间的主要发现是:发现血清中有循环
miRNA;发现经由microvesicl... 阅读全帖 |
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R*******d 发帖数: 13640 | 39 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: qwqw (胡瓜), 信区: Biology
标 题: 【打人,还是找抽?】:孟山都 vs. 张辰宇(ZZ)
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Nov 11 13:41:01 2013, 美东)
http://blog.sciencenet.cn/blog-404304-740945.html
南京大学的张辰宇教授是国内生命科学领域少有的、有自己独创概念的学者,其主要
的工作都集中在miRNA方面。关于miRNA的介绍很多,这里不做科普。10年的时候,张教
授课题组发表了两篇看起来没有什么关联的论文:
1. Identification and characterization of microRNAs in raw milk during
different periods of lactation, commercial fluid, and powdered milk products.
2. Secreted monocytic miR-150 enhances targeted endothelial cell... 阅读全帖 |
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q**w 发帖数: 782 | 40 http://blog.sciencenet.cn/blog-404304-740945.html
南京大学的张辰宇教授是国内生命科学领域少有的、有自己独创概念的学者,其主要
的工作都集中在miRNA方面。关于miRNA的介绍很多,这里不做科普。10年的时候,张教
授课题组发表了两篇看起来没有什么关联的论文:
1. Identification and characterization of microRNAs in raw milk during
different periods of lactation, commercial fluid, and powdered milk products.
2. Secreted monocytic miR-150 enhances targeted endothelial cell migration.
这两篇文章都挺有意思,第一篇发在Cell Research上,讲的是从牛奶,不管是哺乳
期、商业化的牛奶,或者是奶粉里,都是可以鉴定出miRNA。第二篇发在Molecular
Cell上,讲的是miRNA能够被microvesicl... 阅读全帖 |
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x******g 发帖数: 289 | 41 知情人八卦一下,这是个什么级别的报告?关键词:瑞典、邀请、诺贝尔奖。
<科技导报>报道:
2013年6月,南京大学生命科学学院院长张辰宇教授被邀请到瑞典为“诺贝尔医
学和生理学奖评审委员会”以及来自世界各地的40位顶尖科学家做报告。
报告的内容是关于他的实验课题组的一项“惊人”发现:植物中的某些微小核糖核
酸(microRNA,即miRNA)可以通过日常食物摄取方式进入人体血液和组织器官,然后
通过调控人体内靶基因表达的方式影响人体的生理功能。也就是说,来自植物细胞中的
物质在跨界影响甚至调控动物的生理功能。显然,这严重违背人体生理学常识。
在受到斯德哥尔摩这个笼罩在特殊光环下的城市礼遇的同时,张辰宇实验组“匪夷所思
”的研究结果一直受到国内外同行甚至非同行的激赏、质疑或者观望。与此同时,国内
外研究者的迅速跟进,也缔造了一个关于miRNA的研究热点。这些实验组希望验证或驳
斥张辰宇的研究,无论哪一种结果,都将引起生命科学界的瞩目。最近,接连发表在
RNA Biolog上的2篇研究结果向张辰宇实验组“宣战”了:他们做了类似实验,并没有
得到相同的结果,这会不会意味着张... 阅读全帖 |
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o***s 发帖数: 42149 | 42 今天要说的是今年震惊澳洲和印尼的一个谋杀案。
事情发生在今年一月份,在一个咖啡店中,一名女子突然暴毙。
然而,随着最近调查的深入,案子真相一点点开始浮现出来。
这个案子之所以能牵动那么多人的神经,主要一个原因是,案子的主角是一对好闺蜜。
Mirna和Jessica曾经是无话不谈的好闺蜜,他们都来自印尼,曾经一起在悉尼留学,大学时期她们互相依靠,形如姐妹…
毕业后,Mirna回到印尼,Jessica则留在了澳洲工作。
之后几年,两人各自开始为未来打拼,联系的也越来越少。
直到今年的1月6号,Jessica突然从澳洲回到印尼,约了Mirna,到雅加达的一家咖啡店叙旧…
然而,就是这场叙旧要了Mirna的命。
刚喝了几口咖啡,Mirna就开始浑身抽搐,口吐白沫,很快就没有了心跳。
现场的人都看傻了。“她是不是本来就有什么重病,现在刚好发作了?”
看着闺蜜在自己面前倒下,Jessica也急了,她立刻指责店员:你们在她咖啡里加了什么东西!!
店员们眼看着自己无缘无故被卷入一场谋杀案也愣住了...
为了保住自己的清白,他们把这一桌的咖啡杯和里面的饮品都保护了起来。
然而就是这么一个小小的举动,竟然... 阅读全帖 |
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m******c 发帖数: 830 | 43 很多人知道马兜铃酸治疗多种疾病却不知它的致癌性
2017-10-25 towersimper 生物谷
1.Science子刊:突破!科学家发现含马兜铃酸的中草药或和亚洲人群肝癌发生直接相关
doi:10.1126/scitranslmed.aan6446
图片来源: A.W.T. Ng et al., Science Translational Medicine (2017)。
近日,一项刊登在国际杂志Science Translational Medicine上的研究报告中,来自杜
克-新加坡国立大学医学院等机构的研究人员通过研究阐明了中国传统草药与亚洲人群
肝癌发生之间的关联。研究结果提示我们应该采取有力的措施预防人们在日常生活中对
马兜铃酸(aristolochic acids)的摄入,马兜铃酸来自马兜铃属家族木质藤本植物中
,研究人员在一些传统中药中发现了马兜铃酸,这些药物常常在女性分娩过程中使用,
用来抑制寄生虫感染并且促进女性机体恢复。
文章中,研究人员对台湾医院中保存的98份肝癌样本进行检测,结果发现78%的样本中
都含有特殊的突变模式,这些突变提示患... 阅读全帖 |
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x******g 发帖数: 33885 | 45 波士顿海归张辰宇揭穿转基因食品安全神话
【波士顿华人双语网李强报道】近日来,随着美国俄勒冈州一家农场发现转基因小麦出
现在非转基因小麦农田中,后来得到美国部测试证实,而引起世界性关注。虽然美国农
业部强调转基因小麦不会对人体健康产生危害,也没有进入商业流通渠道,欧洲已经要
求测试从美国进口的小麦,日本已经停止进口美国西北部地区的一些品种的小麦,而中
国和菲律宾等多国表示,密切关注事态发展。
这一事件的国际关注度体现了公众对于转基因食品潜在危害的认知,而这一认知过程的
关键人物是一位从波士顿海归的中国生命科学家张辰宇。
张辰宇教授从1995年到2003年在哈佛医学院工作多年,是一位杰出的生命科学家。
从2008年开始,张辰宇教授和他领导的南京大学学生命科学院团队在国际知名学术刊物
上就微小核糖核酸(microRNA)的研究发表了一系列重要论文,让人类对转基因食物的
潜在危害第一次有了以科学实验为依据的认识。
在去年的11月份的第二届健桥医学峰会上,记者同南大生命科学院院长张辰宇教授做了
简短的访谈。作为近年来取得了世界瞩目研究成果的海归学者,张辰宇显得非常平易近
人。他向... 阅读全帖 |
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F****y 发帖数: 145 | 46 JACKSONVILLE, Fla. — Cancer researchers dream of the day they can force
tumor cells to morph back to the normal cells they once were. Now,
researchers on Mayo Clinic’s Florida campus have discovered a way to
potentially reprogram cancer cells back to normalcy.
The finding, published in Nature Cell Biology, represents “an unexpected
new biology that provides the code, the software for turning off cancer,”
says the study’s senior investigator, Panos Anastasiadis, Ph.D., chair of
the Department of ... 阅读全帖 |
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d*********o 发帖数: 6388 | 47 http://news.ifeng.com/a/20161010/50078576_0.shtml#p=1
据英国《每日邮报》10月9日报道,一名澳大利亚的女留学生Jessica Wongso向朋友的
咖啡下毒导致对方死亡,近日她在法院接受采访时被问到:“你下毒了吗?”让众记者
意想不到的是,她没有直接回答问题,而是咧嘴大笑起来。
今年1月6日,Mirna约了两位闺蜜喝咖啡,其中包括Jessica,在Mirna喝下咖啡时直呼
“难喝”,不久后她就倒地死亡。经过检测,她喝的咖啡里有氰化物。图为她们在咖啡
馆聚会时的监控画面。(左边橙色上衣的是Jessica,右边白色上衣的是死者Mirna。)
Mirna的妹妹认为Jessica很享受因为此案被媒体和公众关注的感觉。Jessica在媒体面
前竖起了大拇指。
据报道,此前Jessica和Mirna都在悉尼的Billy Blue College of Design学院学习,
2008年毕业后Jessica仍留澳工作。
事发当天,Mirna喝咖啡不久后抽搐倒地并开始口吐白沫,在被送往医院途中死亡。警
方称,当日,Jessica比两个朋友早一小时就... 阅读全帖 |
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c***s 发帖数: 70028 | 48 在九月出版的《细胞研究》(Cell research)的一篇研究中,南京大学张辰宇教授课题组展示了一项非常令人惊奇的发现——植物的微小核糖核酸(microRNA)可以通过日常食物摄取的方式进入人体血液和组织器官。并且,一旦进入体内,它们将通过调控人体内靶基因表达的方式影响人体的生理功能,进而发挥生物学作用。该研究证明植物微小核糖核酸可能是食物中的“第七种营养成分”(其他六种分别是水、蛋白质、脂肪酸、碳水化合物、维他命和稀有元素)。
原文地址
Exogenous plant MIR168a specifically targets mammalian LDLRAP1: evidence of cross-kingdom regulation by microRNA
【Abstract】Our previous studies have demonstrated that stable microRNAs (miRNAs) in mammalian serum and plasma are actively secreted from tissues and cells and can s... 阅读全帖 |
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w*********g 发帖数: 30882 | 49 南京大学张辰宇教授重大发现 “剑指”转基因食物安全(图)
在九月出版的《细胞研究》(Cell research)的一篇研究中,南京大学张辰宇教授课题
组展示了一项非常令人惊奇的发现——植物的微小核糖核酸(microRNA)可以通过日常
食物摄 取的方式进入人体血液和组织器官。并且,一旦进入体内,它们将通过调控人
体内靶基因表达的方式影响人体的生理功能,进而发挥生物学作用。该研究证明植物微
小核糖核酸可能是食物中的“第七种营养成分”(其他六种分别是水、蛋白质、脂肪
酸、碳水化合物、维他命和稀有元素)。
南大教授张辰宇作《21世纪生物科学与生物经济》讲座
原文地址
Exogenous plant MIR168a specifically targets mammalian LDLRAP1: evidence of
cross-kingdom regulation by microRNA
【Abstract】Our previous studies have demonstrated that stable microRNAs (
miRNAs) in mammalian serum and... 阅读全帖 |
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d**e 发帖数: 2420 | 50 “ 多基因复合性状的转基因作物是未来发展的一个方向,可以拥有耐多种除草剂、多
种害虫以及其他胁迫环境的性状,这些材料的种植,将为农民提供更多选择,降低杂草
和害虫的抗药性风险。转基因作物生物技术除草、防虫、抗环境胁迫的终极目标是尽量
微弱地影响生态、和周围环境在和谐统一中不断发展。因此,发扬光大中华农耕文明的
精华,恰到好处地将转基因技术运用于现代农业之中,对于今人和来者,善莫大焉。”
说说转基因作物近期这点事 中国农业大学罗云波
http://blog.sina.com.cn/s/blog_98ed75b501019qzs.html?tj=1
偶尔上微博,执着的反转@扑面而来,我的反应一来就是生气这些先生女士们不仔细看
文献,抓住只言片语如获至宝,脱离上下文就迫不及待为反转所用,不遗余力广为宣传
;二来在佩服反转人士对反转事业执着和热诚的同时,检讨自己态度上的相形见绌,在
转基因安全问题的风险交流中没有足够的耐心,因为精力所限也没有全身心地投入;三
则倍感加强基础生物学的科普教育,增进公众了解基因工程为核心的现代生物技术势在
必行。
尽管那些热心反转的朋友存在着一则以喜,不那么冷清,... 阅读全帖 |
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