l***i
发帖数: 36 | 1 感谢回复，首先这个蛋白在细胞内，因此用truncated isoform 免疫后再筛选或许会更
有效一些。正如您所说的时间应该花在科研上而不是创造实验条件上，如果您知道有什
么公司可以提供一条龙服务，可否提供相关信息。Thanks. |
|
|
K******S
发帖数: 10109 | 3 LC-MRM targeting that region if you are lucky to get mass spec amenable
peptides from that region.
about |
|
|
m****c
发帖数: 244 | 5 我们用probe做unit。如果要combine probe的话还得考虑isoform的annotation，好像
不太爽。
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8 |
|
s******y
发帖数: 28562 | 6 我们原先不是做癌症起家的，所以根本不认识癌症领域里的任何人。
样品其实并不rare，但是那个实验是好几年前我还在前老板那里的时候做的了。
现在时过境迁，要重复一下挺麻烦的，主要是需要时间去重新弄那些细胞和老鼠。n=6
的样品和n=3的样品都是做同一个蛋白的，唯一不同的是测的两个不同isoform, 但是结
论都是一样的。
samples |
|
i******1
发帖数: 21 | 7 1. RNA level check: 1) to make sure the real-time rt-PCR resulst are
specific, using >=2 unique sequences of your target transcript in the
presence of proper controls than unambiguously tell quantification accuracy
and amplification specificity. 2) see how many isoforms in your cell line;
are they in similar lengths; do they share the sequence that can be targeted
by your all your siRNAs? is it possible that the one that cannot be knocked
down have predominant abundance and it it functionally ne... 阅读全帖 |
|
i********f
发帖数: 206 | 8 Gene: BAG3 (基因的名称 http://www.genenames.org/)
Position: 121429523 (这个突变在染色体上的位置,报告里面应该有说明是哪个基因组
版本，现在比较常见的是GHRC37/hg19)
Isoform: NM_004281 (由于选择性剪切,一般每个基因可以表达出多个蛋白, 这个表示
是哪个transcript,比较好的应该加上版本号,例如 NM_004281.3)
Location: exon2 (这个表示突变发生在哪个exon上,不确定是以转录还是以翻译为开始)
Nucleotide: C341A>G (c.341A>G在DNA基础上的突变,在341的位置由A变成了G, 341是
以翻译点为开始，ATG中的A标号是1)
Amino Acid pY114 (在蛋白基础上的突变，这个应该没写全，应该是p.Y114C)
Zygosity: Het (这个表示只有一条突变了，另一条是正常的，杂合子)
Referenc/comments: Novel variant (全新的突变)
AA/EA: N/R N/R (这个可能是表示popula... 阅读全帖 |
|
|
p*******l
发帖数: 10 | 10 千人彭金荣担任动物科学学院和生命科学学院两个院长, 从2008年回国后发表的SCI论
文（说明：IF标注的是2013的），包括综述。
1: Zhu Z, Chen J, Xiong JW, Peng J. Haploinsufficiency of Def activates p53-
dependent TGFβ signalling and causes scar formation after partial
hepatectomy. PLoS One. 2014 May 6;9(5):e96576. （IF=3.534）
2: Ou Z, Yin L, Chang C, Peng J, Chen J. Protein interaction between p53 and
Δ113p53 is required for the anti-apoptotic function of Δ113p53. J Genet
Genomics. 2014 Feb 20;41(2):53-62.
(IF=2.924)
3: Tao T, Shi H, Huang D, Peng J. Def... 阅读全帖 |
|
T*****e
发帖数: 247 | 11 坐等大神解答。
如果你有一个抗体只能识别siRNA-2的目标区，并且用这个抗体做WB只剩一条带。我觉
得我会更相信一些。
说的不对请见谅。 |
|
|
T*****e
发帖数: 247 | 13 坐等大神解答。
如果你有一个抗体只能识别siRNA-2的目标区，并且用这个抗体做WB只剩一条带。我觉
得我会更相信一些。
说的不对请见谅。 |
|
|
|
发帖数: 1 | 16 #注明译者，请随便转载：）
CRISPR英雄谱
埃里克・兰德（Eric Lander）
小鹿／译
三年之前，科学家们宣布，CRISPR技术能够对真核活细胞进行精准与有效的基因组编辑
。自此，这项技术手段已然震撼了科学界，数以千计的实验室正在将其运用于从生物医
药到农业的各个领域。然而，从一种奇特的细菌重复序列现象的发现开始，到确认这种
现象为适应性免疫系统，进而对它的生物功能特性的了解，直至开发为一项基因工程的
技术，这此前二十载相关的研究历程却不为人所知。本文正是着眼于填补这段科学历史
的空白，它讲述的是观念的演化历史和先锋人物的传奇故事，并且从中获得关于支撑科
学发现的优秀科研环境的启迪。
前言
很难想起曾经有哪一次科学革命像CRISPR这般如此迅速地改变生物学界。仅仅三年之前
，科学家宣布，CRISPR系统，即细菌通过纪录和精准攻击入侵病毒的DNA序列而进行自
身防御的适应性免疫系统，可以利用转化为一项简单而有效的技术在哺乳动物和其它生
物体的活体细胞内进行基因组编辑。CRISPR即此被全球数以千计的实验室运用于广泛的
领域，如创建人类遗传疾病和癌症的复杂动物模型；... 阅读全帖 |
|
f*******K
发帖数: 34 | 17 你可以看看下面得分稍微低一点的蛋白质有没有其isoform的。
这两天在美国开ASMS,感觉美国质谱领域华人真多啊!! |
|
D**A
发帖数: 311 | 18 没有看到有其他isoform的。
最让我不能理解还有一个，是他们做了一个instrument performance results, 用的
BSA, 测到19个peptide，33%coverage, 这个太低了吧？ |
|
D**A
发帖数: 311 | 19 没有看到有其他isoform的。
最让我不能理解还有一个，是他们做了一个instrument performance results, 用的
BSA, 测到19个peptide，33%coverage, 这个太低了吧？ |
|
y*****i
发帖数: 23 | 20 他们给你的蛋白只要不是keratin，基本是没错的，因为有79个肽段支持，除非蛋白库
给错了。
你可以看看基因组上，该蛋白是不是有其它isoform的可能。
否则很可能是修饰，如果是的话，找到这个修饰也是很interesting 的发现，你赚了。 |
|
s******y
发帖数: 28562 | 21 晕！ 我们都被你误导了，我们都以为你对质谱很熟悉，所以当你说蛋白质量的时候，
我们都以为你是用TOF 方法测的全蛋白的质量，所以告诉你说这个方法不会出错。但是
从你贴的更新看来，你对质谱不是很熟悉，你其实是用的普通的protein
identification protocol,质量数据其实是从数据库里抓的而不是直接测的，这个的确
是有可能出错的，因为对于一些新蛋白，数据库的数据并不一定准确。
但是要注意的是如果蛋白有isoform的话有可能两个都是正确的。所以你应该告诉那些
跑质谱的人你需要测全蛋白的质量，让他们换一个测量的protocol。 |
|
c*********r
发帖数: 1312 | 22 还有想抓住这个难得的机会请教一下MS业内人士，我想对比NGS和MS来进一步理解一下
MS。我做NGS比较所多，MS只做过两个项目，在做第三个，但是都比较肤浅，毕竟上游
的分析不是我们自己做。NGS上下游都自己做，所以理解相对多一些。
对于RNA-seq，total RNA样本，和MS cell lysate对应，都是复杂样品，测出来的序列
数目和测序深度（花钱多少）正相关。一般样本，比如说人的细胞total RNA，mRNA-
seq，需要100 ng total RNA来建库，测100 Million以上的short reads基本上就到平
台了，一个lane现在可能就HiSeq 4000一千刀左右或者更便宜。而且可以定量每个gene
的表达量或者每个isoform的表达量。
那么对于Mass Spec，同样的人的细胞的cell lysate，假设有足够多的样品，做到类似
的事情，把样品中尽可能多的蛋白通过MS（MS/MS，或者LC/MS/MS，或者其它类型的MS
）测序，而且尽可能的定量，需要，需要哪些条件来做到？大概需要多少mg或者ug蛋白
样品？在同一个MS的测序结果里，可以定... 阅读全帖 |
|
g*****x
发帖数: 3283 | 23 定量proteomics一般是用stable isotope标记的样品做internal reference，这个我没
亲自做过不敢乱说
: 还有想抓住这个难得的机会请教一下MS业内人士，我想对比NGS和MS来进一步理
解一下
: MS。我做NGS比较所多，MS只做过两个项目，在做第三个，但是都比较肤浅，毕
竟上游
: 的分析不是我们自己做。NGS上下游都自己做，所以理解相对多一些。
: 对于RNA-seq，total RNA样本，和MS cell lysate对应，都是复杂样品，测出来
的序列
: 数目和测序深度（花钱多少）正相关。一般样本，比如说人的细胞total RNA，
mRNA-
: seq，需要100 ng total RNA来建库，测100 Million以上的short reads基本上
就到平
: 台了，一个lane现在可能就HiSeq 4000一千刀左右或者更便宜。而且可以定量每
个gene
: 的表达量或者每个isoform的表达量。
: 那么对于Mass Spec，同样的人的细胞的cell... 阅读全帖 |
|
m******t
发帖数: 109 | 24 最近做到F－ACTIN。 以下是我的理解，请确证。 ACTIN有３大ISOFORMS，alpha, beta
,gamma, 是MONOMER， 统称叫G－ACTIN。 组装成束状，就是F－ACTIN。 可是还有F－
ACTIN ，识别的是什么？
请指教 |
|
|
p*********h
发帖数: 117 | 26 确切地说是俩化学教授，最近在各种场合提出用proteoform来代替过去含糊不清地
protein isoforms。尤其是其中一个教授，在Nature子刊，自己的publications，C&E
News。。。还有一些会议上大力推广。其同门的其他教授也在poster上应和。最近看到
同行里其他门派出生的中轻量级教授们也有人跟风写到自己paper里了。真是捧臭脚啊
。 |
|
b*****h
发帖数: 3386 | 27 呵呵，典型的形而上的思维。 我劝你正经接触生物领域的东西，
结合实际在评论。 生物领域很多东西关键在细节。当你真正
进去研究，你就发现这种你这种站在门外的数学模型很可笑。
一个关键缺陷是你缺乏对进化论真正的理解。 进化出来的生命
系统远远未到完美，更不是那么精致。
比如protein interaction network在我们这行里就是众所周知的
scale-fee 符合power-law分布的网络。你泛泛地说的“一万
个都有用”，呵呵，怎么说呢，对，也不对。对该生命体本身的正常
生长， 可能大部分有用 （由于无意识自然进化出来的系统有相当冗余，
其中之一(!)原因是isoforms很多，敲掉一些也似乎没有可观察到的问题）,
但对那些degree非常小的边缘nodes做perturbation, 其涟漪效果也很可能不会
扩展到整个系统。你的模型出于对生命系统一种精致而且刚性的理解，
仿佛是一排刚性球，碰一端，遥远的另一端也会弹起来，故此可笑，
没有一个真搞生物医学的人会把你这种出于纯数学的极端的理解当回事。
另一个不对的原因是纵使1万个因素对该生命体本身有用，但并不是对
另一生命体， |
|
w********h
发帖数: 12367 | 28 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: lingzhuzi (), 信区: Biology
标 题: Re: 2012年诺贝尔生物医学奖
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Oct 8 15:55:54 2012, 美东)
iPS本身最大的创新可能是1）技术的简易化，使得其迅速普及；2）其本身机制的研究
促进了epigenetics等领域的发展。
reprogramming这个概念早就存在。就体细胞向ESC逆编程而言，SCNT应该比iPS更好，
可惜的是，到目前为止还无法在人的细胞上完全实现。
iPS细胞刚出来时，几乎所有人都对其临床应用充满了期待，随着研究的深入，该领域
内怀疑其clinical therapy价值的人渐渐增多，其主要弱点有：
1）iPS与ESC的identity：Yamanaka现在似乎仍然坚持iPS与ESC是非常相似的，但是他
本人也承认现在iPS还根本无法取代ESC;相反的一派认为iPS与ESC根本就是两种不同的
细胞，无论是在transcriptome水平，还是epigenetic水平——蛋白组水平的研究，我
只看到两篇文章，不知为啥... 阅读全帖 |
|
