j*p
发帖数: 411 | 1 本人在wet lab里面做纯数据分析，for NGS data analysis, 简单介绍一些自己接触过
，并且觉得挺有用的工具，说的有点杂，权作抛砖引玉，还请不吝赐教。
Next-Gen sequencing(NGS)和现在正在发展的3rd-gen sequencing将会在生物学研究中
被越来越广泛应用。不管你信不信，反正我信了。一是基于实验成本的降低（$1k
whole-genome sequencing is coming），越来越多的实验室可以操作；二是可以提供
相对low throughput experiment多的多的数据和信息，可以看到很多从前看不到的东
西；三是sequencer本身对测序的准确性正在逐渐提高，所以实验固有错误率降低；四
是各种算法的成熟应用，这使得很多由于实验产生的误差在出数据后通过对数据的分析
得以过滤。按照library preparation来分，NGS主要有DNA-seq和RNA-seq
DNA-seq is usually used as ChIP-seq to study transcription factor(TF)-DNA
bi... 阅读全帖 |
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j*p
发帖数: 411 | 2 本人在wet lab里面做纯数据分析，for NGS data analysis, 简单介绍一些自己接触过
，并且觉得挺有用的工具，说的有点杂，权作抛砖引玉，还请不吝赐教。
Next-Gen sequencing(NGS)和现在正在发展的3rd-gen sequencing将会在生物学研究中
被越来越广泛应用。不管你信不信，反正我信了。一是基于实验成本的降低（$1k
whole-genome sequencing is coming），越来越多的实验室可以操作；二是可以提供
相对low throughput experiment多的多的数据和信息，可以看到很多从前看不到的东
西；三是sequencer本身对测序的准确性正在逐渐提高，所以实验固有错误率降低；四
是各种算法的成熟应用，这使得很多由于实验产生的误差在出数据后通过对数据的分析
得以过滤。按照library preparation来分，NGS主要有DNA-seq和RNA-seq
DNA-seq is usually used as ChIP-seq to study transcription factor(TF)-DNA
bi... 阅读全帖 |
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b*******m
发帖数: 3 | 3 Hiring unit:
Garmire Group (PI starting 09/01/2012, the postdoc position available 09/01
or later) )
University of Hawaii Cancer Research Center
Job description:
Located on the beautiful sea shore of Honolulu, Hawaii, overlooking the
Pacific Ocean, the University of Hawaii Cancer Center (UHCC) is one of only
66 research organizations in the country designated by the National Cancer
Institute. Its mission is to focus on key cancers that impact the multi-
ethic population of Hawaii, as well as wor... 阅读全帖 |
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l********s
发帖数: 395 | 4 Located on the beautiful sea shore of Honolulu, Hawaii, overlooking the
Pacific Ocean, the University of Hawaii Cancer Center (UHCC) is argubly the
most beautiful Cancer Center among 66 Cancer Centers designated by the
National Cancer Institute
Projects available in the bioinformatics/genomics group, include but are not
limited to (1) Characterization and comparative genomics of long-intergenic
non-coding RNAs with next-generation sequencing data etc. (2) develop
efficient multi-dimensional data... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 5 If anyone wants to review the following manuscript, please send me your
contact information and CV.
fBackground: epigenetics, non-coding RNA, cancer.
Title: Over-expression of long intergenic noncoding RNA LINC00312 inhibits
the invasion and migration of thyroid cancer cells via down-regulating
microRNA-197-3p |
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a**r
发帖数: 352 | 6 如过想要看片段边缘和具体的插入点（single nucleotide resolution），俺觉得只能
作whole genome sequencing，俺不知道外边的价钱（医院）， 实验室里倒是不贵（1-
2k）。问题是后期的数据分析才是大头，就算知道了具体的插入点，如果插入位置是
gene 区间（intergeneic）而没有插入某个具体的gene内部（gene body），就应该不
太会造成gene function mutation。 但是对附近gene的调控和这个片段包含有的gene
的调控会造成什么样的影响，是没有办法从DNA sequencing 数据中得到的。
略？ |
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f******1
发帖数: 12 | 7 还在担心不了解公司的生存环境，害怕无法生存？还在为工作上的不顺心烦恼，为和同
事上司的矛盾耿耿于怀，甚至想到辞职？还在为升职加薪这样的需求苦闷，但却无处可
说？还是觉得晋升的路上处处都受困于玻璃天花板？有的时候，工作中那些让你不知所
措的麻烦突如其来，就像进了办公室发现自己没穿衣服。 那些办公室里形形色色的人
们，似乎各有自己的行事准则。他们不是看透一切、却不愿分享的成功者，就是和自己
一样迷茫的同伴。在这个暗潮涌动、危机四伏的职场，如何才能屹立不倒，如何才能实
现理想？多么希望有个久经职场的成功者，能和我们分享自己的经验，帮助我们大展宏
图，打破职场天花板！
之前，华人事业互助会休斯顿分会的多位嘉宾以曾经的求职者身份介绍了怎样写简历，
准备面试和寻找求职资源。这一次， 我们请来了资深HR和著名作家，现任Kinder
Morgan公司 Principal Technical Training and OQ Regional Coordinator，Fred
Stawitz先生。他将会从独特的，HR视角来和你分享如何成功求职，战胜职场的挑战，
以及成为一个卓越的企业领袖。
如果你还有疑问... 阅读全帖 |
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h**********r
发帖数: 671 | 8 第二个加上RBS，但non-coding region有影响。不加promoter就是个多顺反子，常见的
基因组织方式。
参见：
Combinatorial engineering of intergenic regions in operons tunes expression
of multiple genes
Nature Biotechnology 24, 1027 - 1032 (2006)
Published online: 16 July 2006 | doi:10.1038/nbt1226
http://www.nature.com/nbt/journal/v24/n8/abs/nbt1226.html
一般情况下，不用太过分苛求。
谢谢！ |
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b*****e
发帖数: 288 | 9 随便去pubmed搜了下：
A large intergenic noncoding RNA induced by p53 mediates global gene
repression in the p53 response.
Huarte M, Guttman M, Feldser D, Garber M, Koziol MJ, Kenzelmann-Broz D,
Khalil AM, Zuk O, Amit I, Rabani M, Attardi LD, Regev A, Lander ES, Jacks T,
Rinn JL.
Cell. 2010 Aug 6;142(3):409-19.
Long non-coding RNA HOTAIR reprograms chromatin state to promote cancer
metastasis.
Gupta RA, Shah N, Wang KC, Kim J, Horlings HM, Wong DJ, Tsai MC, Hung T,
Argani P, Rinn JL, Wang Y, Brzoska P, ... 阅读全帖 |
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z***i
发帖数: 166 | 10 可以不再exon而在intergenic sequence里吗？ 有大概比例吗？谢过。 |
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Z******5
发帖数: 435 | 11 UCSC genome browser里面有个几个track是关于SNP的，intergenic当然有，比例就没
有统计了，这个你应该可以找找相关的文章。 |
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g*********d
发帖数: 233 | 12 intergenic sequence的相对比exon多
我的感觉 |
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g*********d
发帖数: 233 | 13 目前表观遗传学(Epigenetics)通常被定义为基因表达通过有丝分裂或减数分裂发生了
可遗传的改变, 而DNA 序列不发生改变[1, 2]。表观遗传学的机
制主要包括DNA 甲基化、组蛋白修饰及非编码RNA。DNA 甲基化(DNA methylation)是指
在DNA甲基转移酶(DNA-methyltransferases, DNMTs)的催化下, CpG 二核苷酸中的胞嘧
啶被选择性地添加甲基, 形成5-甲基胞嘧啶[3, 4]。DNA 甲基转移酶有两种, 其中
DNMT1 主要起维持甲基化的作用, 能使半甲基化的DNA 双链分子上与甲基胞嘧啶相对应
的胞嘧啶甲基化, 可参与DNA 复制双链中新合成链的甲基化[5]; 而DNMT3a 和DNMT3b
主要起形成甲基化的作用, 能在未发生甲基化的DNA 双链上进
行甲基化[6]。DNA 甲基化一般与基因的沉默相关,DNA 去甲基化则与基因的活化相关[7
~9]。
组蛋白修饰(Histone modifications) 是指组蛋白的基础氨基末端尾部突出于核小体,
常在转录后发生变化, 包括甲基化、乙酰化、磷酸化和泛素化等翻译后的修饰... 阅读全帖 |
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t*d
发帖数: 1290 | 14 来接个龙。这个错误怎么样？一篇今年的 Genome Biology 的文章。
Figure S1: pptimal probe melting temperature is consistent in exons, introns
, and intergenic regions.
这个是正文中，给补充材料的说明。不是在补充材料中。补充材料一般更是错误百出。
我自己文章的补充材料也不怎么认真写。 |
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b*******m
发帖数: 3 | 15 【 以下文字转载自 Postdoc 讨论区 】
发信人: bioinform (ngs), 信区: Postdoc
标 题: postdoc position available in bioinformatics
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Jul 20 00:44:34 2012, 美东)
Hiring unit:
Garmire Group (PI starting 09/01/2012, the postdoc position available 09/01
or later)
University of Hawaii Cancer Research Center
Job description:
Located on the beautiful sea shore of Honolulu, Hawaii, overlooking the
Pacific Ocean, the University of Hawaii Cancer Center (UHCC) is one of only
66 research organizations in the coun... 阅读全帖 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 16 恩，我也是这么觉得。
为啥intron这么长？想不通
但话说回来，还有NNN多更长的intergenic region，我们更应该问他们是干啥的
所以对genome本身的认知还是遥遥无期 |
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w********a
发帖数: 324 | 17 在bacteria中，想knockin一个外来基因到chromsome中的话，最好插入到什么地方呢？
1. silent gene（通过transcriptional analysis确认的genome中没有表达的基因）；
2. Some intergenic region
3. 某tRNA 基因 rigion
谢谢！ |
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u*********1
发帖数: 2518 | 18 predicted miRNA target实在是太多的false positive了；TF binding也是一样
而且我记得在好几年前miRNA bind 3'UTR to suppress mRNA expression的经典theory
就被颠覆了，miRNA可以bind到5‘UTR，CDS，intron，intergenic等等，可以increase
可以decrease表达量，这种研究应该太多了吧
现在都没人单纯做miRNA了吧？都是做lincRNA，或者miRNA和TF搅合到一起的复杂机制
。。。 |
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S*******e
发帖数: 94 | 19 很多long ncRNAs本身就比较短，表达量又低不容易检测。所以担心150bp paired end
建库的时候就是300bp左右了，容易把一些lncRNA给弄断了弄丢了。所以我的一个很个
人的建议是，直接100-nt SE就可以。重点是测得深一些，后续分析仔细点。
至于exon-exon junction，其实也无所谓了。 long ncRNA gene的本身是热点，但的
splice variant其实感觉上也不是一个特别好的热点。因为做这个的需要后续，这时
候麻烦事或者无效劳动量也挺多，个人意见了。
还有就是strand specific library之后用Cufflinks这一套去拼接lncRNA。这个如果是
intergenic的，那还好说。如果是Antisense，这个如上文有人提到，有"很多tricky的
地方"，从tophat这一步就开始了。
另外就是Poly-A selection或者Ribosomal RNA depletion。其实这两个技术回答的问题
有点不一样。 如果没有什么特异的考虑，那么我个人觉得Poly-A selection鉴定
lncRNAs
就... 阅读全帖 |
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