s*****j
发帖数: 6435 | 1 你这JPG的图压缩的厉害. 需要用原始的图.
你把图 thresholding 好后, 用IMAGEJ里的 "analyze particle" 试试. |
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l**********1
发帖数: 5204 | 2 imageJ manipulated U R those WB figure?
//rsbweb.nih.gov/ij/
otherwise why so worry about the scan film?
please refer:
基本上投稿N med or NCB 的时候做好一年以后 接收的心理准备就好了
同主题阅读：如何改稿
[版面:生物学][首篇作者：MikeD] , 2012年04月28日
[ 4 ]
发信人: reab (reab), 信区: Biology
标 题: Re: 如何改稿
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Apr 28 17:56:06 2012, 美东)
基本上投稿的时候做好一年以后接收的心理准备就好了
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31663029.html |
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s*****j
发帖数: 6435 | 3 split channels first. then measure. |
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m******h
发帖数: 32 | 4 split the channel,
choose 32 or 16bit,
subtract the background,
measure |
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D*a
发帖数: 6830 | 5 confocal images出来不都是一张一张的么，3个channels的应该是前期处理过的了吧。
有原始的么，你确定不是叠加了Z之后的。 |
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w******y
发帖数: 2504 | 6 现在CONFOCAL出来的IMAGE可以只保存叠加的，然后在IMAGE J里面可以SPLIT 然后分析
的。 |
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G********e
发帖数: 528 | 8 请教一下这位批量高手
怎么选择region of interest？
我想对细胞核内的546频道的信号进行定量，
某位高手叫我用手拿着鼠标描着dapi画的
非常考验美术细胞
有什么绝招吗？ |
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m******h
发帖数: 32 | 9 1, threshod dapi chanel
2, 用魔术棒选择核区，添加到ROI manage。
3，回到546chanel，重选这个ROI。
4， Ctrl + M。 |
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G********e
发帖数: 528 | 10 多谢，我的dapi有点弱，经常核里有黑洞，下次曝光久一点可能就不会
不过即使这样做，批量也挺辛苦的
可能image分析都是很需要人力的
有没有人知道怎么对细胞核不同的区域进行定量分析
比如说一个特定的蛋白喜欢靠在核周边
可不可以把细胞核一步一步shrink，然后对不同的shell进行定量 |
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s*****j
发帖数: 6435 | 11 你帖一个 sample image 上来看看. |
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f*c
发帖数: 2726 | 13 那是不是要一个一个地选择并measure? 有没有快速的方法，可以一下子得出一个field
里面的平均intensity? |
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s*****j
发帖数: 6435 | 14 filtering your DAPI signal (mean or median, "Process"->"Filter")
threshold to mask, "Image"->"Adjust"->"threshold"
get rid of holes in DAPI. "Process"->"Binary" -< "Fill Holes"
if needed, watershed to seperate attached DAPI ROI "Process"->"Binary"-?"
watershed"
use partical analyzer to add all DAPI ROIs in the ROI manager "Analyze"->"
Analyze partcles"
use "Process"-"bianry"-> "dilate"/"erode" to get outer region of nuclear.
set parameters in "Process"->"binary"->"options" on how you want to "s... 阅读全帖 |
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s*****j
发帖数: 6435 | 15 use "Analyze" -> " Analyze particles"
check "add to manager" box.
field |
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f*c
发帖数: 2726 | 16 还是不会阿，check "add to manager"之后直接measure吗？"add to manager"有啥用？ |
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G********e
发帖数: 528 | 17 WOW!
Real expert, and really helpful!
shrink |
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G********e
发帖数: 528 | 18 save the ROI to ROI manager
and then apply the saved ROI into other channel?
用？ |
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G********e
发帖数: 528 | 20 再赞一下！
顺便再请教一下这种分析需要多少个个体才能比较有说服力
30？50？100？1k？
shrink |
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s******y
发帖数: 28562 | 21 我倒。。。
如果你们实验室真的连这个都没有，那么你就到其他实验室用吧，
实在要自己用，那就用ImageJ 吧。 |
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z*******a
发帖数: 175 | 22 pictures from confocal microscopy on a small sized tissue
have to do quantification using imageJ
got ~2 fold difference between 2 groups
questions:
are intensities of immunostaining are stoichiometric?
variation is so big; seems not believable and not reproducible even by
myself; so is the quantification of immunofluorescence
meaningful at all? especially in tissue instead of cultured cells |
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w***x
发帖数: 265 | 23 感谢信息！从网页上也觉得schafer是个蛮可爱的大叔（汗）。
Jefferis我感觉独立后一直在作anatomy，甚至还发了image processing方面的文章。
。。他自己也经常发些ImageJ插件，还有一些数据处理的程序包。感觉应该很聪明但我
对他的领域现在还没啥了解。。。 |
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A******y
发帖数: 2041 | 24 imagej, free and the instruction is also online. |
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y**u
发帖数: 7459 | 27 和你的area里有多少个pixel有关，如果暗的多亮的少，mean就会接近min了
可以用ROI， 只计算感兴趣的部分，比如high intensity的部分／signal
grey |
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z*******6
发帖数: 679 | 28 我觉得mean就是均值，具体是几何均值还是算术均值我就不确定了...
你这个问题我觉得很容易解释吧：max和min虽然指定了，但是max和min pixel的个数也
没有说，更别说中间其他value的个数了... 如果总共有十个pixel，9个value是1，1个
是10，mean也不会是5啊；或者说1个是1，9个是10，mean也不是5，同时也跟前面的
mean不是一个数啊...
是这么回事不？ |
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y**u
发帖数: 7459 | 29 imageJ plugin Mosaic from ETH |
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b**********3
发帖数: 165 | 30 弱弱地问，想把几个个荧光图像所有像数的荧光强度积分出来，然后进行粗略的量化比
较，请问什么软件可以最简单地实现？基本操作能否说明一下，imageJ应该可以，试了
两次没搞出来，请指教，谢谢 |
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A******y
发帖数: 2041 | 31 Google imageJ western blot quantification...same procedure. You should use
a plate reader though to do it correctly. |
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Z****9
发帖数: 738 | 32 不知道你说的积分值得是强度总和不？如果是的话，可以用imagej或者FIJI和容易算出
来。
可以设一个threshold，然后算就可以了。可以在set measurement 那里设置你需要算
的参数，比如强度面积等 |
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b**********3
发帖数: 165 | 33 谢谢楼上各位，今晚再试试matlab和imagej |
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s*****j
发帖数: 6435 | 34 这种基本的算强度, 面积, 形状的问题. ImageJ 比其它所有商用软件都强大. |
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j******2
发帖数: 544 | 38 杂志不让用magnification，只让用scale bar。请问这应该用啥软件呢？photoshop？
imageJ?
非常感谢！！ |
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n***w
发帖数: 2405 | 39 你要知道你的显微镜一些参数，比如how many pixels in one micron distance，然后
你就可以用imageJ或者photoshop加了。 |
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j******2
发帖数: 544 | 40 杂志不让用magnification，只让用scale bar。请问这应该用啥软件呢？photoshop？
imageJ?
非常感谢！！ |
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n***w
发帖数: 2405 | 41 你要知道你的显微镜一些参数，比如how many pixels in one micron distance，然后
你就可以用imageJ或者photoshop加了。 |
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s**********e
发帖数: 2888 | 42 看到很多文章说用ImageJ,但是不知道到底怎么弄得，谁有一个比较详细的protocol不
？ |
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j******2
发帖数: 544 | 43 谢谢！
那这个量化的过程本身，能否也叫quantitative densitometry? 用imageJ做的。
谢谢～～ |
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l**********1
发帖数: 5204 | 45 Sure
sunny
pls go to
http://www.srmicroscopy.net/2012/11/02/the-building-blocks-of-s
then try by C or C++ progrming skill/s for chaning it if you wanted
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发信人: shanggj (shanggj), 信区: Biology
标 题: Re: Re: 有人做superresolution microscopy吗？前景怎么样？
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Mar 15 13:48:14 2013, 美东)
这个IMAGEJ 就行了.
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l******g
发帖数: 1145 | 47 呃？ImageJ如此万能？我再去钻研钻研，谢～～ |
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b******9
发帖数: 425 | 49 看了一下ImageJ的教程，是可以测量一个区域的面积，但是好像一次只能选定一块区域
。 如果staining的图上有很多小块的positive region，应该怎么操作呢？一块一块测
不太现实，因为太多了，选完几块就晕了。有办法选multiple ROI么？
谢谢！ |
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f*c
发帖数: 2726 | 50 譬如，一些细胞，量大小或长度，select and measure, 怎样保留这个slection的，这
样下一次就知道这个细胞量过了?
我现在就是，量下一个，上一个选择框就自动去除了。
谢谢 |
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