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全部话题 - 话题: imagej
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s*****j
发帖数: 6435
1
来自主题: Biology版 - 如何数图中果蝇翅膀的bristles
你这JPG的图压缩的厉害. 需要用原始的图.
你把图 thresholding 好后, 用IMAGEJ里的 "analyze particle" 试试.
l**********1
发帖数: 5204
2
来自主题: Biology版 - 什么杂志需要提供scan的film
imageJ manipulated U R those WB figure?
//rsbweb.nih.gov/ij/
otherwise why so worry about the scan film?
please refer:
基本上投稿N med or NCB 的时候做好一年以后 接收的心理准备就好了
同主题阅读:如何改稿
[版面:生物学][首篇作者:MikeD] , 2012年04月28日
[ 4 ]
发信人: reab (reab), 信区: Biology
标 题: Re: 如何改稿
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Apr 28 17:56:06 2012, 美东)
基本上投稿的时候做好一年以后接收的心理准备就好了

http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31663029.html
s*****j
发帖数: 6435
3
split channels first. then measure.
m******h
发帖数: 32
4
split the channel,
choose 32 or 16bit,
subtract the background,
measure
D*a
发帖数: 6830
5
confocal images出来不都是一张一张的么,3个channels的应该是前期处理过的了吧。
有原始的么,你确定不是叠加了Z之后的。
w******y
发帖数: 2504
6
现在CONFOCAL出来的IMAGE可以只保存叠加的,然后在IMAGE J里面可以SPLIT 然后分析
的。
A********0
发帖数: 3310
G********e
发帖数: 528
8
请教一下这位批量高手
怎么选择region of interest?
我想对细胞核内的546频道的信号进行定量,
某位高手叫我用手拿着鼠标描着dapi画的
非常考验美术细胞
有什么绝招吗?
m******h
发帖数: 32
9
1, threshod dapi chanel
2, 用魔术棒选择核区,添加到ROI manage。
3,回到546chanel,重选这个ROI。
4, Ctrl + M。
G********e
发帖数: 528
10
多谢,我的dapi有点弱,经常核里有黑洞,下次曝光久一点可能就不会
不过即使这样做,批量也挺辛苦的
可能image分析都是很需要人力的
有没有人知道怎么对细胞核不同的区域进行定量分析
比如说一个特定的蛋白喜欢靠在核周边
可不可以把细胞核一步一步shrink,然后对不同的shell进行定量
s*****j
发帖数: 6435
11
你帖一个 sample image 上来看看.
G********e
发帖数: 528
12
比如说这个文章中的
好像他们自己设计软件来做
http://jcs.biologists.org/content/early/2009/09/22/jcs.052555.f
f*c
发帖数: 2726
13
那是不是要一个一个地选择并measure? 有没有快速的方法,可以一下子得出一个field
里面的平均intensity?
s*****j
发帖数: 6435
14
filtering your DAPI signal (mean or median, "Process"->"Filter")
threshold to mask, "Image"->"Adjust"->"threshold"
get rid of holes in DAPI. "Process"->"Binary" -< "Fill Holes"
if needed, watershed to seperate attached DAPI ROI "Process"->"Binary"-?"
watershed"
use partical analyzer to add all DAPI ROIs in the ROI manager "Analyze"->"
Analyze partcles"
use "Process"-"bianry"-> "dilate"/"erode" to get outer region of nuclear.
set parameters in "Process"->"binary"->"options" on how you want to "s... 阅读全帖
s*****j
发帖数: 6435
15
use "Analyze" -> " Analyze particles"
check "add to manager" box.

field
f*c
发帖数: 2726
16
还是不会阿,check "add to manager"之后直接measure吗?"add to manager"有啥用?
G********e
发帖数: 528
17
WOW!
Real expert, and really helpful!

shrink
G********e
发帖数: 528
18
save the ROI to ROI manager
and then apply the saved ROI into other channel?

用?
f*c
发帖数: 2726
19
貌似可以了,我再折腾折腾,谢谢
G********e
发帖数: 528
20
再赞一下!
顺便再请教一下这种分析需要多少个个体才能比较有说服力
30?50?100?1k?

shrink
s******y
发帖数: 28562
21
来自主题: Biology版 - 请教如何拍显微镜下的movie
我倒。。。
如果你们实验室真的连这个都没有,那么你就到其他实验室用吧,
实在要自己用,那就用ImageJ 吧。
z*******a
发帖数: 175
22
pictures from confocal microscopy on a small sized tissue
have to do quantification using imageJ
got ~2 fold difference between 2 groups
questions:
are intensities of immunostaining are stoichiometric?
variation is so big; seems not believable and not reproducible even by
myself; so is the quantification of immunofluorescence
meaningful at all? especially in tissue instead of cultured cells
w***x
发帖数: 265
23
感谢信息!从网页上也觉得schafer是个蛮可爱的大叔(汗)。
Jefferis我感觉独立后一直在作anatomy,甚至还发了image processing方面的文章。
。。他自己也经常发些ImageJ插件,还有一些数据处理的程序包。感觉应该很聪明但我
对他的领域现在还没啥了解。。。
A******y
发帖数: 2041
24
imagej, free and the instruction is also online.
t******x
发帖数: 89
25
谢谢。 我用过ImageJ, 不是很喜欢。
D*a
发帖数: 6830
26
来自主题: Biology版 - 这种图用photoshop能生成吗?
imageJ吧
y**u
发帖数: 7459
27
和你的area里有多少个pixel有关,如果暗的多亮的少,mean就会接近min了
可以用ROI, 只计算感兴趣的部分,比如high intensity的部分/signal

grey
z*******6
发帖数: 679
28
我觉得mean就是均值,具体是几何均值还是算术均值我就不确定了...
你这个问题我觉得很容易解释吧:max和min虽然指定了,但是max和min pixel的个数也
没有说,更别说中间其他value的个数了... 如果总共有十个pixel,9个value是1,1个
是10,mean也不会是5啊;或者说1个是1,9个是10,mean也不是5,同时也跟前面的
mean不是一个数啊...
是这么回事不?
y**u
发帖数: 7459
29
来自主题: Biology版 - 请教single particle tracking
imageJ plugin Mosaic from ETH
b**********3
发帖数: 165
30
来自主题: Biology版 - 图像荧光强度积分
弱弱地问,想把几个个荧光图像所有像数的荧光强度积分出来,然后进行粗略的量化比
较,请问什么软件可以最简单地实现?基本操作能否说明一下,imageJ应该可以,试了
两次没搞出来,请指教,谢谢
A******y
发帖数: 2041
31
来自主题: Biology版 - 图像荧光强度积分
Google imageJ western blot quantification...same procedure. You should use
a plate reader though to do it correctly.
Z****9
发帖数: 738
32
来自主题: Biology版 - 图像荧光强度积分
不知道你说的积分值得是强度总和不?如果是的话,可以用imagej或者FIJI和容易算出
来。
可以设一个threshold,然后算就可以了。可以在set measurement 那里设置你需要算
的参数,比如强度面积等
b**********3
发帖数: 165
33
来自主题: Biology版 - 图像荧光强度积分
谢谢楼上各位,今晚再试试matlab和imagej
s*****j
发帖数: 6435
34
来自主题: Biology版 - 图像荧光强度积分
这种基本的算强度, 面积, 形状的问题. ImageJ 比其它所有商用软件都强大.
z******g
发帖数: 1331
35
有没有Protocol?多谢
n***w
发帖数: 2405
z******g
发帖数: 1331
37
多谢了
j******2
发帖数: 544
38
杂志不让用magnification,只让用scale bar。请问这应该用啥软件呢?photoshop?
imageJ?
非常感谢!!
n***w
发帖数: 2405
39
你要知道你的显微镜一些参数,比如how many pixels in one micron distance,然后
你就可以用imageJ或者photoshop加了。
j******2
发帖数: 544
40
杂志不让用magnification,只让用scale bar。请问这应该用啥软件呢?photoshop?
imageJ?
非常感谢!!
n***w
发帖数: 2405
41
你要知道你的显微镜一些参数,比如how many pixels in one micron distance,然后
你就可以用imageJ或者photoshop加了。
s**********e
发帖数: 2888
42
看到很多文章说用ImageJ,但是不知道到底怎么弄得,谁有一个比较详细的protocol不
j******2
发帖数: 544
43
来自主题: Biology版 - Quantitative densitometry?
谢谢!
那这个量化的过程本身,能否也叫quantitative densitometry? 用imageJ做的。
谢谢~~
s*****j
发帖数: 6435
44
这个IMAGEJ 就行了.
l**********1
发帖数: 5204
45
Sure
sunny
pls go to
http://www.srmicroscopy.net/2012/11/02/the-building-blocks-of-s
then try by C or C++ progrming skill/s for chaning it if you wanted

>
发信人: shanggj (shanggj), 信区: Biology
标 题: Re: Re: 有人做superresolution microscopy吗?前景怎么样?
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Mar 15 13:48:14 2013, 美东)
这个IMAGEJ 就行了.
>>
v***a
发帖数: 1242
l******g
发帖数: 1145
47
呃?ImageJ如此万能?我再去钻研钻研,谢~~
w*****r
发帖数: 2061
b******9
发帖数: 425
49
看了一下ImageJ的教程,是可以测量一个区域的面积,但是好像一次只能选定一块区域
。 如果staining的图上有很多小块的positive region,应该怎么操作呢?一块一块测
不太现实,因为太多了,选完几块就晕了。有办法选multiple ROI么?
谢谢!
f*c
发帖数: 2726
50
来自主题: Biology版 - imageJ 请教
譬如,一些细胞,量大小或长度,select and measure, 怎样保留这个slection的,这
样下一次就知道这个细胞量过了?
我现在就是,量下一个,上一个选择框就自动去除了。
谢谢
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