s******t
发帖数: 71 | 1 Q1:
year <- c(2000 , 2001 , 2002 , 2003 , 2004)
rate <- c(9.34 , 8.50 , 7.62 , 6.93 , 6.60)
cor(year,rate)
fit1 = lm(rate~year)
summary(fit1)
year2 = rep(year, 100)
rate2 = rep(rate, 100)
cor(year2,rate2)
fit2 = lm(rate2~year2)
summary(fit2)
> summary(fit1)
Call:
lm(formula = rate ~ year)
Residuals:
1 2 3 4 5
0.132 -0.003 -0.178 -0.163 0.212
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) 1419.20800 126.94957 11.18 0.00... 阅读全帖 |
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s******t
发帖数: 71 | 2 Q1:
year <- c(2000 , 2001 , 2002 , 2003 , 2004)
rate <- c(9.34 , 8.50 , 7.62 , 6.93 , 6.60)
cor(year,rate)
fit1 = lm(rate~year)
summary(fit1)
year2 = rep(year, 100)
rate2 = rep(rate, 100)
cor(year2,rate2)
fit2 = lm(rate2~year2)
summary(fit2)
> summary(fit1)
Call:
lm(formula = rate ~ year)
Residuals:
1 2 3 4 5
0.132 -0.003 -0.178 -0.163 0.212
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) 1419.20800 126.94957 11.18 0.00... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 3 Continue:
第四乐章 Finale
找有关的PhD dissertation 里边的 R source code program
while U can debug it or even rewrite it for another task,
then you already masted NGS coding skills.
比如
http://www.dspace.cam.ac.uk/handle/1810/218542
DSpace at Cambridge
title: Genome-wide analyses using bead-based microarrays
Authors: Dunning, Mark J
Issue Date: 4-Sep-2008
Files in This Item:
File Description Size Format
dunning_thesis_.pdf 10.47 MB Adobe PDF
its Appendix B
R source Code f... 阅读全帖 |
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f*****a
发帖数: 156 | 4 这段SAS code转成R应该怎么写？
proc mixed data=temp;
by x1 x2 x3;
class x4 x5 x6 x7 x8;
model y_&&t&i = /s;
random x4*x5 x6 x7(x6) x4 x6*x4 x8 /s;
ods output solutionf=AAA solutionr=BBB covparms=cov; run;
run;
试着写了个，好像不行，不一样：
fit1=lmer(y~1+(1|x4:x5)+(1|x6)+(x6/x7)+(1|x4)+(1|x6:x4)+(1|x8),data=temp)
summary(fit1)
fit2=lme(y~1,random=list(~1|x4:x5,~1|x6,~x6/x7,~1|x4,~1|x6:x4,~1|x8),data=
temp)
summary(fit2) |
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s*****n
发帖数: 2174 | 5 其实就是一个循环, 循环里面包含一个判断. 实现的话在R里也就十几行.
data <- read.table(...)
result <- data.frame(try = 1:1000, output = NA, case = NA)
for (i in 1:1000){
data1 <- data[sample(100000, 10000), ]
data2 <- data[sample(100000, 10000), ]
if (mean(data1$var1) > 0){
fit1 <- lm(...)
result$output[i] <- functionA(data2, fit1$parameter_a)
result$case[i] <- "A"
} else {
fit2 <- glm(...)
result$output[i] <- functionB(data2, fit2$parameter_b)
result$case[i] <- "B"
}
}
hist(result$output[ |
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n********g
发帖数: 218 | 6 我不太懂R，所以问个白痴的问题，请大家帮帮忙
我用R在RUN一个LOOP循环5次，下面是我的部分CODES：
for i in seq(5)
{ n=100
x=runif(n,-1,1)
y=1+x+rnorm(n,0,1)
# 通过一个fit 得到 S(x)
S(x)=fit$y
Z=qnorm(S(x))
fit2=lm(d~z)
等等
}
这个循环中S(x)可能会产生数据0而导致Z会有Inf，这在fit2中就出现了错误。所以
请交大家怎么写个条件句，如果出现S(x)有0或者Z有Inf的话就重新run一次，直到最后
5次循环后的结果都没有上面的问题。
先谢谢啦！！！ |
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I*****a
发帖数: 5425 | 7 你这个不算是吧。
n = 1000 # training size
ntest = 1000 # test size; make this big only for illustration
id.train = 1:n
id.test = (n + 1):(n + ntest)
ratio = 0.99
n0 = round(n * ratio)
n1 = n - n0
nsimu = 100
res = NULL
for (i in 1:nsimu){
p = c(runif(n0, 0, 0.5), runif(n1, 0.5, 1), runif(ntest, 0.6, 1) )
y = sapply(p, function(x){rbinom(n = 1, size = 1, prob = x)})
x = log(p / (1 - p)) # beta is c(0, 1)
dat = data.frame(x = x, y = y)
f... 阅读全帖 |
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j*****7
发帖数: 7 | 8 j<-1
while(j<=5)
{ n=100
x=runif(n,-1,1)
y=1+x+rnorm(n,0,1)
# 通过一个fit 得到 S(x)
if(出现S(x)有0或者Z有Inf的话) next;
else{ j<-j+1
S(x)=fit$y
Z=qnorm(S(x))
fit2=lm(d~z)
等等
}
} |
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K****y
发帖数: 2762 | 9 我们家的，
周六早上去Library，刚好有卖旧书的，买了几本回家了。。。
中午LD带着大的有一场足球比赛。我带着小的掏了几件衣服。
下午去我和LD去Costco Shopping，大的在家看NFL Playoff.
晚上大的弹钢琴20分钟，全家玩WII Fit2个小时。
周日早上上钢琴课，上完Review了一个小阅读理解
中午吃完Pizza，大的上游泳课，上完和小朋友回家Playdate，两人
打WII Mario，搭Lego（大的一个人没兴趣搭）2个半小时，直到晚饭。
晚上做了两个Beestar Math。
两个中午都没有睡觉，我觉得很困。。。
孩子 |
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