h********8
发帖数: 49 | 1 索性把我最近看的文献的摘要发出来。有谁看到有趣的做癌症诊断的公司，麻烦告诉我
一声哈。谢谢！
约翰斯•霍普金斯大学Kimmel癌症中心
（文献1， 2012年11月） 不依赖于已知癌症基因组成而检查肿瘤DNA的方法。研究人员
从取自10位结肠癌和乳腺癌患者的血液标本里分离出DNA。然后，他们使用下一代DNA测
序技术读取了血液DNA中的全部基因组。结果显示，癌症患者的血液DNA都出现了染色体
拷贝变化和重排，而10个健康对照组成员的DNA没有异常。
癌症患者血液中来自肿瘤的DNA所占比例从1.4%到47.9%，差异很大。这种新检测法还可
能需要从肿瘤DNA低于0.1%的血液样本中检查出小的、可治愈的肿瘤。只需要做更多的
测序就能克服这些困难。这项实验有望在未来5到10年内用于临床
（文献2，2013年1月）利用常规巴氏检测（Pap test）获得的宫颈分泌物来检测卵巢癌
及子宫内膜癌。在一项初步研究中，研究人员采用这种命名为“PapGene”的测试方法
，依靠全基因组测序癌症特异性突变，检测出了全部24个子宫内膜癌，以及22个卵巢癌
其中的9个，准确率分别为100%和41%... 阅读全帖 |
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l****n
发帖数: 844 | 2 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: linden (说LP不对的参见第一条), 信区: Biology
标 题: 湾区biotech startup招RA
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Feb 3 14:14:07 2015, 美东)
Research Associate, Assay Development
AccuraGen Inc. is a silicon valley based early-stage biotech startup
focusing on noninvasive diagnostics to facilitate personalized cancer
treatment. We are developing systems providing the most sensitive,accurate,
and robust NGS based ctDNA mutation detection, delivering unparalleled
accuracy from a minimal amount of patien... 阅读全帖 |
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l****n
发帖数: 844 | 4 Research Associate, Assay Development
AccuraGen Inc. is a silicon valley based early-stage biotech startup
focusing on noninvasive diagnostics to facilitate personalized cancer
treatment. We are developing systems providing the most sensitive,accurate,
and robust NGS based ctDNA mutation detection, delivering unparalleled
accuracy from a minimal amount of patient blood samples.
AccuraGen is looking for an outstanding individual to join its Assay
Development team. This person will be responsible ... 阅读全帖 |
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s******s
发帖数: 13035 | 6 其实还是比较困难的. 因为大多NGS的错误率也在1%这里,
如果ctDNA啥0.1%的, 很难区分啊 |
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e****e
发帖数: 3450 | 8 can you give us the english title or link? thanks. 貌似好几篇都读过。 |
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e****e
发帖数: 3450 | 9 how about Inostics? They claimed they can detect 0.02% |
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b****r
发帖数: 17995 | 10 看起来很有意思
将来看来该方面的应用会越来越局限于测序的能力了 |
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h********8
发帖数: 49 | 11 英文title都在帖子的后面，可能对应有点颠倒。sorry。 |
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x********o
发帖数: 19 | 12 Dennis Lo at Department of Chemical Pathology, CUHK is my friend. His work
around 1997 made him wellknown. |
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h********8
发帖数: 49 | 13 从Dennis Lo的文章到产前基因检测在国内成长起来只用了短短三年时间，癌症的基因
检测更有前景。xiaotaotao (taotao)，期待你的公司成为下个贝瑞合康，甚至比贝瑞
更大。 |
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z*t
发帖数: 863 | 14 Just found Berrygenomics has a cooperation with Baylor college of medicine,
department of molecular human genetics and genetics lab. That's quite a
strong support from academia, since their genetics department is one of the
best in US. Baylor is also aiming to expand their business now:) |
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b****r
发帖数: 17995 | 16 BCM在肿瘤遗传方面目前不能说出色，它主要强在孟德尔遗传病和各种模式生物的遗传
贝瑞合康的那几个人就更在肿瘤方面谈不上有什么水平了。生殖细胞遗传和体细胞遗传
的区别还是非常大的
不过总之这还是个非常新的项目，就看谁能够异军突起了
,
the |
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z*t
发帖数: 863 | 17 是滴，不过BCM再向cancer genetics方向努力，刚刚新建了个cancer genetics lab，
提供selected mutation sequecning.在cancer genetics方向上比较出色的wustl/JHU
好像一直没有商业化运营的实验室。相比下BCM有一套完整的aCGH,NGS,biochem平台，
只要敢于从目前遗传病的资源中分出一部分去还是相当有潜力的。 |
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o*******n
发帖数: 76 | 18 大家说说看做用fetal cell from maternal blood 做产前遗传疾病检查有应用前景吗
？单是分离工作就很难的。 |
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b****r
发帖数: 17995 | 19 bcm的cancer genetics lab两年了
这些大学，医院附属实验室都谈不上什么商业化不商业化吧，反正都是收钱卖服务
JHU |
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b****r
发帖数: 17995 | 20 10多年前我在国内的硕士课题就是分外周血胎儿细胞，，到现在也没公认的结果。如果
真能稳定分离，那牛大发了，基本就是个诺奖
我是很怀疑到底有没有稳定的胎儿细胞 |
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b****r
发帖数: 17995 | 21 挺有意思！
楼主有没有看到过淋巴瘤或者白血病的类似文章？类似疾病在血液里应该还容易做得多
吧 |
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l******u
发帖数: 936 | 22 如果真能稳定分离，那牛大发了，基本就是个诺奖
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that would be grate, but still far from Nobel price, any theoretical
breakthrough? |
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b****r
发帖数: 17995 | 23 这不就像试管婴儿，有health impact不就够了，不要只盯着实验室 |
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p*******n
发帖数: 129 | 25 现在国内在ctDNA, CTC检测 以及 肿瘤免疫方面招人比较多，待遇相对好一些 |
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发帖数: 1 | 26 鍖诲鐮斿彂鎬荤洃
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n******7
发帖数: 12463 | 27 最初提起quality score，不是说Q30一下就不要了
而是说quality score占很大地方，但是很多信息是没用的
要么trim之后就不用了
要么Q30 Q40之类区别不大
如果AF 1%都做不到，Q30以上真的就差不多了
AF 0.1%我是举个例子，我知道一般数据上做不到，也没必要
ctDNA这块结合软硬各种手段，可以做到0.02%左右,这是两年前的水平
reads direction的问题我知道的，我之前的quality score model就把这个考虑进去了
所以说quality score也是算出来的，跟真实的差别多大很难说
haplotypecaller |
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