c******r
发帖数: 3778 | 1 不带这么做实验的。所有的protocols，做这种细胞毒实验都在60%作用的confluence，
不带100% confluent的。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 2 一般方法里，我用过的是lipofectamine with Plus reagent 比较好，能达到
２０％而且细胞不容易死。
效率比较高的还有另外几个，但是细胞死得很厉害，你要是无所谓的话明天我给你
找找看是哪个厂家的。
病毒转染一般能达到７０％以上 （要注意细胞浓度，最好在５０％～７５％
confluence) |
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s******y
发帖数: 28562 | 3 一般方法里，我用过的是lipofectamine with Plus reagent 比较好，能达到
２０％而且细胞不容易死。
效率比较高的还有另外几个，但是细胞死得很厉害，你要是无所谓的话明天我给你
找找看是哪个厂家的。
病毒转染一般能达到７０％以上 （要注意细胞浓度，最好在５０％～７５％
confluence) |
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t****g
发帖数: 120 | 4 我的一个同事在收RNA或者protein lysates的时候为了增加yield，总是等细胞在盘子
上都长满了才收。 我感觉这样不好，可也说不出来为什么。 大家觉得呢？ （最好能
给些理论解释)
谢谢！ |
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s******y
发帖数: 28562 | 5 关键是一致
如果总是满的时候才收，那就一直这么做，
如果都是等75%那就一直75%
细胞浓度会影响两个因素：
1。对于非癌细胞，会有contact inhibition
2。对于大部分细胞（不管是不是癌细胞），会影响养料浓度
但是除非你事先知道你测的东西受这几个因素的影响，否则就和上面说的，
保持一致性就好了，无所谓哪个条件更好或者不好。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 6 RE LZ: 如是华裔华人老板的话, i.e. htp://ccr.cancer.gov/staff/staff.asp?
profileid=5546}
以下挑不是其本人的其他华裔华人打听下不就得了:
htps://ccrod.cancer.gov/confluence/display/CEHCV/Members |
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m******5
发帖数: 1383 | 7 1,看你用什么PCR，如果是long range PCR， 也就是一端在你片段里，一端在homology
arm 外面的，能p出specific的带，并且sequencing对，那southern可以直接跳过不用
做了。 很多文章都用的这个办法，发表在比较decent的杂志上
如果是片段里面p个带，那没必要p，那只能鉴定出随机重组，大多数长出来的克隆几乎
都是
2，24well plate 50% confluency以上够大多数用途，如果只用PCR 96 well都够
3，不是
4，还是同位素 |
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b****s
发帖数: 148 | 8 C2C12 needs to be passaged when under 40-50% conflu.
over 60% confluency will potentially lead to partial differentiation.. and
windup with less viable cells. |
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l**********1
发帖数: 5204 | 9 RE:
孵蛋的学第/妹 giantbird05 (大鸟)
Did you use Claycomb-medium ?
if not, please use it
Claycomb-medium (Sigma, Germany)
plus fibronectin/gelatine-precoated cell culture flasks.
more details about stuff protocol
pls go to
PLoS One. 2012; 7(2): e31669.
PuMeb link:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3285183/
citation:
>Cell culture
>The HL-1 cardiomyocytes (murine atrial tumor cell line) were
maintained in monolayer culture with Claycomb-medium (Sigma,
Germany), supplemented with 10% fetal calf serum... 阅读全帖 |
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r*******y
发帖数: 48 | 10 it is easy to culture HL-1, but it is some kind of difficult to maintain its
beating property. I believe it is all because of its differenciation
ability. my experience is: in addition to the use of recommemded culture
conditions and coating, changing the medium once/day is critical for its
beating, as well as its confluency. however, one of my colleagues told me
that he did exactly the same, his HL-1 was still not beating, but mine
beating well. we still could not figure out what is the proble... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 11 Here you go.
Casals G. et al. (2009)
Hypoxia induces B-type natriuretic peptide release in cell lines derived
from human cardiomyocytes.
Am J Physiol Heart Circ Physiol. 297:H550-5.
link:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19542490
citation:
Cell culture.
AC16 cells were generated from primary human
ventricular cardiomyocytes, as previously described (7). This immortalized,
stable cell line can be repeatedly frozen, thawed, and propagated.
Cells were seeded (1 106 cells/well) in gelatin-coated six-... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 12 注意media Lot的原产国
最重要的一个 可能是
去甲肾上腺素
1% norepinephrine (Sigma-
Aldrich, Germany)
from
北美的有的牛来源的原料
其中的疯牛病因子 and 瘦肉精因子等比德国的EU标准高
以下的所有东西 订货 按原产国来 订货 then try again.
Cell culture
>The HL-1 cardiomyocytes (murine atrial tumor cell line) were
maintained in monolayer culture with Claycomb-medium (Sigma,
Germany), supplemented with 10% fetal calf serum (SAFCBiosciences,
USA), 1% penicillin/streptomycin, 1% glutamax
(both Invitrogen, Germany) and 1% norepinephrine (Sigma-
Aldrich, Germany) in an incubato... 阅读全帖 |
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h******y
发帖数: 351 | 13 你说的比较温和是指什么？
来源于很多组织的人的fibroblast可以通过overexpress hTERT得到immortalization，
这是由于人的fibroblast在体外培养条件下的senescence多是由于端粒渐行缩短而导致
的（telomere-dependent replicative senescence）。与人的fibroblast不同，体外
培养中MEF的senescence并不是由于端粒缩短引起的,而是由于如前所述的过氧基团累积
oxidative stress induced DNA damage。研究表明senescence的MEF的端粒还很长，而
且MEF中有较高的mTERT表达，所以过表达mTERT并不能有效immortalize MEF。因为要抑
制p53和Rb通路，所以表达异源的SV40 T和HPV16 E6/E7都可以immortalize MEF。当然
这样得到的细胞株，由于这些病毒蛋白的过量表达，基因组并不稳定，长久培养会出现
嬗变。
3T3办法引起的自发immortalization实际上主要是由于自发的p53通路抑制（p53 loss... 阅读全帖 |
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h******y
发帖数: 351 | 14 常用的MTT，XTT，Cell-Titer-Glo，LDH都跟mitochondria活性有关。如果不想用这些的
话，可以试试physical的方法，例如impedance（ACEA xCELLigence）或者confluence
（I
ncuCyte）。或者染DNA，Fluorescence-based LIVE/DEAD cell viability assays fro
m Invitrogen. |
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M****1
发帖数: 2 | 15 最近用PHEONIX CELL 产retroviral， transduction SHRNA-GFP到mda231细胞老是效率
很低<1%。换了细胞线，加了3ML病毒 用了10UG/ML POLYBRENE，；连转了2-3次，不同
的CONFLUENCY, 还是很低，其他细胞MCF7还行 20-30% 或 30-40%不等。
是不是这个细胞线很TOUGH?还是VECTOR的问题？还是有其他方法？ 请问有没有经验的
大虾，请指教。多谢先！ |
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c*****i
发帖数: 1392 | 19 与细胞大小形态有关，我以前用的两种细胞大概需要4x10e4/well，在96孔板。自己做
个dilution看看最好。 |
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c********r
发帖数: 1125 | 22 试试不就知道了？
我原来做得Hela 细胞大概4x104 全满吧。 |
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d****i
发帖数: 2346 | 23 说实话，头一回碰到你说的这个办法，理论上是很不错的。但是我搜索了很久都没人提
到这个办法，有文献吗？不想自己去test了，可行的话我就直接这样做了。谢谢！！！
If you start with just a little L929 cells, when they grow to 90% confluence
, remove the........ |
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n***3
发帖数: 663 | 24 没有文献（不知道有没有），这个是我个人的经验，up to you.
confluence |
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r******k
发帖数: 446 | 25 如果按着lipo2000说明书上写的 在90%左右 cell confluence的时候做transfection，
那第二天细胞就长的满满的了，这能行吗？ 是不是有contact inhibition？等细胞长
的很满了， 我可否trypsinize 然后转到更大的dish里面养？ |
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j****t
发帖数: 1663 | 26 我一般是70-80%confluence的时候做transfection，这个也要看什么样的细胞，有些细
胞分裂速度慢，多铺一些细胞应该也没有关系。
如果你已经用lipo2000做了transfection，我觉得第二天就trypsinize不太好。
建议你下次转一个带荧光的质粒，看看转染效率，这样你就知道铺多少细胞最好了。 |
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r******k
发帖数: 446 | 27 Hi thx! 我带了一个RFP。 用的293t, 长的太快了。 果然是even water 也 growth的
293t. 但是现在细胞长的太满了，第一天也就80% confluence的样子。 现在传染的
efficiency也就40%。 |
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j****t
发帖数: 1663 | 28 恩，293是长得比较快。下次铺细胞是计一下数，确定你铺的是70-80%confluence
另外，还有你也可以试试其他的transfection reagents 来提高转染效率，例如CaCl2
， PEI (Polyethylenimine），Turbofect from Thermo-Fermentas |
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K********g
发帖数: 58 | 29 为什么张峰实验室的293细胞never reach over 75 % confluence
有什么说法吗？谢谢 |
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R****n
发帖数: 708 | 30 "细胞处于分裂活跃期的时候收细胞，不能太满"
20-30% confluence?
"另外trypsin时间不要太长，收那些很快就dissociate的细胞"
这个是什么原因啊？
谢谢 |
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m*********D
发帖数: 1727 | 31 （CRISPR的背景资料请参阅Feng Zhang的“Genome engineering using the CRISPR-
Cas9 system”，Nature Protocols 8, 2281–2308 (2013)）
背景
我们是作一个与激素相关的肿瘤的。这个肿瘤的治疗方法已经相当完善，就是让身体里
不能生产激素或用一个小分子化合物抢占激素受体上激素的结合部位。但多年治疗后，
会有相当比例的病人产生抗药性。这个抗药性机理相当复杂。我们实验室一直致力于筛
选和现有药物不同的机理的小分子化合物，包括受体和DNA的结合或其他与受体相关的
pathway的inhibitors。前几年成功地筛选出了几个不同机理的化合物，个别在细胞水
平达到了nM的级别，动物测试也在10 mg/kg的水平。
最近在这个领域对抗药性肿瘤的研究发现，部分病人的抗药性是因为受体激素结合部位
发生了突变。一个或几个氨基酸的突变就能导致肿瘤细胞的生长不能被现有药物抑制。
所以，我们很想知道我们筛选出来的化合物对这些突变受体是不是也起作用。理论上来
说，我们的化合物不和激素竞争，突变不会影响我们化合物的效果。但只... 阅读全帖 |
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m*********D
发帖数: 1727 | 32 每个试验都有它的目的，所以，考虑的因素也就完全不一样了。象我作CM,需要的是在
细胞很稀少的情况下，CM能帮助一个细胞变成一个colony,需要的就是细胞分泌的生长
因子。我不必搞清楚那些因子。所以，我就简单的用我需要的medium，在细胞数量比较
多的情况下收集。你要是想分析细胞分泌的生长因子等，你要考虑的是serum里带来的
因子会不会会干扰你的分析，serum里高浓度的BSA会不会让你的后续分析变得困难（我
现在也面临这个问题，正在试无serum的medium）。
如果你的目的是分析细胞分泌的生长因子等，我的建议就是细胞平时用的base medium
。要细胞adopt到新的base medium往往很不容易的，有时候需要几个pass。我会在收集
的那一步，不加serum，减少BSA和serum里带来的因子。所以，我会normally split细
胞，等细胞长到50-70%的confluence,先用1X PBS把细胞洗两篇，就加base medium,在
12小时内收集medium。 |
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Y*****o
发帖数: 1173 | 33 有很多原因吧。你是多少% confluency 的时候split? |
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r***r
发帖数: 123 | 36 https://recruiter.kenexa.com/providence/cc/CCJobResultsAction.ss?
command=ViewJobDetails&job_REQUISITION_NUMBER=70706
BIOSTATISTICIAN 2
Biostatistician 2
Job Requisition Number: 70706
Posting Title: Biostatistician 2
Shift: 1 - Day Shift
Department:
MEDICAL RESEARCH
Employment Status: Full-Time
Location:
4805 NE GLISAN
PORTLAND, Oregon 97213-0000
Salary Minimum: 25.75
Salary Maximum: 41.84
External Description:
Providence is calling a Biostatistician 2
The Biostatistician provides database... 阅读全帖 |
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s****e
发帖数: 1180 | 37 我是老艾迪了。有个一个python的问题想请教一下。
就是在一个网页的具体的一个字符串后面upload 一个attachment. 具体就是在这个字
符串后面加一个文件名，如file.xls. 这个文件名链接着这个文件的实体。
这个不知道用python行吗？
我找到这样一段在网页上上载附件的例子：
https://confluence.atlassian.com/display/DISC/Upload+attachment+via+Python+
XML-RPC
我曾经用python 的split成功在一个网页的某一段字符串后面加一个具体的表。代码如
下：
searchStr='XXXXXXXXXXXXXXXX'
kk=page["content"].split(searchStr,1)
newContent = (""+table+""+searchStr+"").join(kk)
page["content"] = newContent
此代码的其他部分和那个网页上的其他代码类似。不知有谁能帮我。有包子。多谢！ |
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S******y
发帖数: 1123 | 38 谢谢大家鼓励。
----------------------------------------
Python 是analyst 和 data scientist 的 好助手， 早学早受益！
----------------------------------------
找了一下，Mahout和Python 现在也有整合 -
https://cwiki.apache.org/confluence/display/MAHOUT/Using+Mahout+with+Python+
via+JPype
不过我只用过command line 来 call Mahout。 这个倒是以后可以试试。
----------------------------------------
关于 Spark, 湾区有个公司最近已经做出 R package(s) 来 call Spark engine. 看过
他们的demo. 挺不错的。 |
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S******y
发帖数: 1123 | 39 谢谢大家鼓励。
----------------------------------------
Python 是analyst 和 data scientist 的 好助手， 早学早受益！
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找了一下，Mahout和Python 现在也有整合 -
https://cwiki.apache.org/confluence/display/MAHOUT/Using+Mahout+with+Python+
via+JPype
不过我只用过command line 来 call Mahout。 这个倒是以后可以试试。
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关于 Spark, 湾区有个公司最近已经做出 R package(s) 来 call Spark engine. 看过
他们的demo. 挺不错的。 |
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m******r
发帖数: 1033 | 41 多谢回帖。 如果我根本不知道一个命令，如何输入这个命令？
R是我迄今见过最古怪的语言，完全找不到用户手册。 要是你老板让你学一门语言，比
如，spss, matlab, mysql, hive,你怎么办？ 我肯定
1.从官网下载用户手册
2.看看数据类型
3.都有什么函数（数值型，字符型）
4.看看例子
我学最流行的hive sql,也是这个思路，两个月以后就可以不依靠数据组的技术支持，
自己处理实际问题了。 （不久前有人说一天就学会了hive sql, 有点夸张，但也不是
没有可能。 原因很简单： 跑到https://cwiki.apache.org/confluence/display/Hive
/LanguageManual+UDF#LanguageManualUDF-DateFunctions 所有函数都写在里面了，
不懂hadoop那些命令？ 没关系，半天时间看看用户手册 https://hadoop.apache.org/
docs/r2.7.1/hadoop-project-dist/hadoop-hdfs/HDFSCommands.html 就可以。 只要
用过sql... 阅读全帖 |
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m******r
发帖数: 1033 | 42 多谢回帖。 如果我根本不知道一个命令，如何输入这个命令？
R是我迄今见过最古怪的语言，完全找不到用户手册。 要是你老板让你学一门语言，比
如，spss, matlab, mysql, hive,你怎么办？ 我肯定
1.从官网下载用户手册
2.看看数据类型
3.都有什么函数（数值型，字符型）
4.看看例子
我学最流行的hive sql,也是这个思路，两个月以后就可以不依靠数据组的技术支持，
自己处理实际问题了。 （不久前有人说一天就学会了hive sql, 有点夸张，但也不是
没有可能。 原因很简单： 跑到https://cwiki.apache.org/confluence/display/Hive
/LanguageManual+UDF#LanguageManualUDF-DateFunctions 所有函数都写在里面了，
不懂hadoop那些命令？ 没关系，半天时间看看用户手册 https://hadoop.apache.org/
docs/r2.7.1/hadoop-project-dist/hadoop-hdfs/HDFSCommands.html 就可以。 只要
用过sql... 阅读全帖 |
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M***D
发帖数: 249 | 43 I have 10 years of research experience in cell culture study (6 years for my
PhD and 4 years as a post-doctoral research fellow), I hope I can help you
to understand Dr. Chen's study better:
(1) Cell cultures
-Cultured normal cells have limited growth in a petri-dish due to lateral
inhibition, while cultured cancer cells grow much faster comparing to
cultured normal cells. Therefore, you must "pass" the cultured cancer cells
from one petri-dish to 2 petri-dishes more frequently in order to keep ... 阅读全帖 |
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z****e
发帖数: 54598 | 44 【 以下文字转载自 JobHunting 讨论区 】
发信人: dongfeiwww (在路上), 信区: JobHunting
标 题: Hadoop Spark 学习小结[2014版]
关键字: Hadoop,Big Data,Spark
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Aug 17 12:28:34 2014, 美东)
基于很多朋友希望更新这个学习资料，我就尽力按我的积累补充，are you ready, 享
受技术饕餮大餐
#Hadoop
Hadoop社区依然发展迅速，2014年推出了2.3，2.4, 2.5 的社区版本，比如增强
Resource Manager HA,
YARN Rest API, ACL on HDFS...
http://hadoop.apache.org/releases.html
这个是Hadoop project member and committee, 里面好多来自Hortonworks，不过也有
不少国人加入了，
都是未来的希望啊。
http://hadoop.apache.org/who.html
# Spark
Spark今年大... 阅读全帖 |
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o**********e
发帖数: 18403 | 45 【 以下文字转载自 JobHunting 讨论区 】
发信人: dongfeiwww (在路上), 信区: JobHunting
标 题: Hadoop Spark 学习小结[2014版]
关键字: Spark,Big Data,Hadoop
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Aug 17 12:28:34 2014, 美东)
基于很多朋友希望更新这个学习资料，我就尽力按我的积累补充，are you ready, 享
受技术饕餮大餐
#Hadoop
Hadoop社区依然发展迅速，2014年推出了2.3，2.4, 2.5 的社区版本，比如增强
Resource Manager HA,
YARN Rest API, ACL on HDFS...
http://hadoop.apache.org/releases.html
根据我的观察，主要更新在Yarn，HDFS，而Mapreduce几乎停滞了，还有一些feature
属于安全，稳定可靠性一方面也是比较稳定了，但也可以说是瓶颈了。
http://hadoop.apache.org/who.html
这个是Hadoop projec... 阅读全帖 |
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r*****1
发帖数: 111 | 47 请问谁公司有Android developer职位开放的，请帮忙推荐一下，我经历主要用到以下
工具和平台。我在湾区
Skills：
◆ Comprehend and apply new technologies to products.
◆Java, Android, JavaFX, C#.NET winform, ASP.NET, Javascript, HTML.
◆ Vert.x, JBoss, Node.js, Intel Edison
◆ MVP Pattern, Dagger2, Otto, Retrofit, OkHttp, ButterKnife, RxJava, etc.
◆ Http RESTful API, Web Socket, TCP socket, Bluetooth/BLE, Scaling,
Multithread programming, Memcached, JSON/XML.
◆ Eclipse, Android Studio, ADT, Visual Studio, Maven, Gradle, Git, SVN,
JIRA, Jenkins, ... 阅读全帖 |
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a*t
发帖数: 1792 | 48 现在用着 simonics的服务，贵倒是不贵，setup fee 5.99
但是担心哪天不能用了，据说是用 freeswitch搭建的？
有简单一点小白能看懂的教程么？
谢谢
freeswitch.org/confluence/display/FREESWITCH/Google+Voice
这篇文章看的头大。。。 |
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g*****u
发帖数: 14294 | 50 俺的系统显示， FXE周线收在最重要的confluence of Fibbo retracement下面。下周
很多关键。
FXY这两周又回测高点啦。这个就看是再创新高还是整个123 formation breakdown.
英镑很可能已经扭转。 |
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