F***G
发帖数: 103 | 1 DNAcopy will assume probes uniformly placed if bp info not provided.
Chr locations are a must, as said above. You need some basic info of the
dataset. |
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r*****n
发帖数: 972 | 2 问题是我下载的annotation只有chr, start and end, 我是不是得自己算那个location
啊，或者直接sort一个order出来？有没有package 之类的，多谢啦 |
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r*****n
发帖数: 972 | 3
哦，差值比较恒定，但是我看有些data,每个chr开始的location是0啊，这个要怎么变
换呢,也就是变成中值之后，再减去第一个初始值，使之归零？总是觉得不应该做这么
多人为的工作吧？？ |
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A*****n
发帖数: 243 | 4 有可能在你的数据中，chr的坐标就是0-based。第一个碱基的就是0，uscs的genome
browser就是这样处理数据的。 |
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t******g
发帖数: 372 | 5 1> data(iris)
1> str(iris)
'data.frame': 150 obs. of 5 variables:
$ Sepal.Length: num 5.1 4.9 4.7 4.6 5 5.4 4.6 5 4.4 4.9 ...
$ Sepal.Width : num 3.5 3 3.2 3.1 3.6 3.9 3.4 3.4 2.9 3.1 ...
$ Petal.Length: num 1.4 1.4 1.3 1.5 1.4 1.7 1.4 1.5 1.4 1.5 ...
$ Petal.Width : num 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.4 0.3 0.2 0.2 0.1 ...
$ Species : Factor w/ 3 levels "setosa","versicolor",..: 1 1 1 1 1 1 1
...
1> identical(as.character(iris), as.vector(iris, mod='character'))
[1] TRUE
1> identical(as.charac... 阅读全帖 |
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H**n
发帖数: 43 | 6 UNIX?
it should be very easy
for i in {1..22}; do plink --file yourfile --chr ${i} --recode --out
yourfile_chr${i}; done |
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w*****1
发帖数: 473 | 8 我在画图之前设置了图的宽度和高度，
下面是我的code:
mhtdata=read.table('mht-bsbp.txt',head=T)
> png("bsbp.png",width=4,height=3)
> data <- with(mhtdata,cbind(chr,pos,PVALUE))
> par(las=2, xpd=TRUE, cex.axis=1.4, cex=1.2)
> color <- rep(c("black","red"),11)
> ops <- mht.control(colors=color,yline=1.5,xline=3,srt=0)
> mhtplot(data,ops,pch=19)
Loading required package: grid
结果出现这样的提示：
Error in plot.new() : figure margins too large
该如何设置参数呢？谢谢 |
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s***y
发帖数: 1130 | 9 png("bsbp.png",width=4,height=3,units="in")
默认单位是像素点pixel啊。。
我在画图之前设置了图的宽度和高度，
下面是我的code:
mhtdata=read.table('mht-bsbp.txt',head=T)
> png("bsbp.png",width=4,height=3)
> data <- with(mhtdata,cbind(chr,pos,PVALUE))
> par(las=2, xpd=TRUE, cex.axis=1.4, cex=1.2)
> color <- rep(c("black","red"),11)
> ops <- mht.control(colors=color,yline=1.5,xline=3,srt=0)
> mhtplot(data,ops,pch=19)
Loading required package: grid
结果出现这样的提示：
Error in plot.new() : figure margins too large
该如何设置参数呢？谢谢 |
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v*******e
发帖数: 11604 | 10 假定你数据已经读入为，名为rawdata
rawdata[order(rowdata$Chr, rowdata$pos),] |
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m*********k
发帖数: 10521 | 11 [Money] phynix Nov 24 ● 感恩节快乐
扣除版面:(money)1800伪币成功
成功奖励 18 伪币的用户: latexcat, lakefrog, ybgx, heidy, ashdown, fengbaichi
, hs, chyang, sioc, biometrics, zkjeffrey, daye520, airjojo, broodtonight,
NLoneKnight, chr, doraxiaozhu, N007, chentia, lq24, gangwei, chance04,
MrDeal, zhengqiji, Edmo1, Crick, YY11, namejoe, AJ0000000000, FDTD,
philistin, xinba, PhilJones, mayyi, II1, JianlianYi, Funding, fanfaner,
papabear, hills, SimoneVerdi, lakes, zypsq, RWR, mbgvcf846, JUV, Master,
islands, omo, ... 阅读全帖 |
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m*********k
发帖数: 10521 | 12 [Money]
84295 m phynix Dec 24 ● 圣诞快乐.
成功奖励 10 伪币的用户: alvincy79, fengbaichi, Beijing, sapphirewing,
dannyfulgent, zengdl, baozipls, hskevin, LVS, mayyi, strui, iwby, bairen,
ice2000, kqxqx, lycsky, friday123456, ashdown, broodtonight, lggxzz,
chouwacuipin, lailai11, kotex, shabo, blw, gangwei, geon, ominmax, clould,
wzy0791, goodday123, dali095, bronstein, daye520, photogears, chr, poise,
fzjpx, Mazong, watercrane, chance04, YT679, N007, foot777, huntsman, YY11,
ouslam, tingtina2, TPP, chu... 阅读全帖 |
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m*********k
发帖数: 10521 | 13 "[NCAA]bsfac Jan 2 ● 眼眶已经湿润，如果俄亥俄州立能勇夺2015大学"
成功奖励 40 伪币的用户: cnbuff410, UVS, desertking, dendron, naozi, hwang121, lincolnrwt, BUXFAN, violetlvsoso, HM2013, SEAGULL535, Dulcedo, cusc, zerocoke, palookas, ahjffans, algt, waterwy, machgun75, challengeguo, osuwen, supersolid, hznz, football2013, surefirer, verdant6, coolbeans, SinoKnight, seacrab, iviva, NickLouSaban, Code60012, PhDPharmD, xuelinsmann, Renshaw, maxelement, Mahoning, Songsu, philistin, Carrpool, GoBlue, lovefreedom, sheik, ... 阅读全帖 |
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A********e
发帖数: 117 | 14 http://www.lifeomics.com/?p=19815
动力学双稳态的（Kinetically bi-stable）channelrhodopsin-2光敏通道变异体能够
对神经元细胞进行高敏感度的、逐步作用式的、可逆的光控调节。
光控刺激技术因其能对神经元进行非侵入式的精准定位刺激操作而彻底改变了神经科学
领域的研究状况。光敏离子通道（light-responsive ion channel）也被称作视蛋白（
opsin），它是引领这场技术革命的大功臣。因为表达有视蛋白的神经元细胞能被特异
性地激活，所以科学家可以借此来研究神经元细胞之间如何进行沟通、交换信息，并可
以在此基础上进一步描绘出神经网络（neuronal network）。斯坦福大学（Stanford
University）的Karl Deisseroth等人与来自德国柏林洪堡大学（Humboldt University
of Berlin）的Peter Hegemann小组合作，得到了一种新的channelrhodopsin-2（ChR2
）光敏通道变异体，该光敏阳离子通道来自一种绿藻，它具有稳定的激活态和... 阅读全帖 |
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A********e
发帖数: 117 | 15 http://www.lifeomics.com/?p=19815
动力学双稳态的（Kinetically bi-stable）channelrhodopsin-2光敏通道变异体能够
对神经元细胞进行高敏感度的、逐步作用式的、可逆的光控调节。
光控刺激技术因其能对神经元进行非侵入式的精准定位刺激操作而彻底改变了神经科学
领域的研究状况。光敏离子通道（light-responsive ion channel）也被称作视蛋白（
opsin），它是引领这场技术革命的大功臣。因为表达有视蛋白的神经元细胞能被特异
性地激活，所以科学家可以借此来研究神经元细胞之间如何进行沟通、交换信息，并可
以在此基础上进一步描绘出神经网络（neuronal network）。斯坦福大学（Stanford
University）的Karl Deisseroth等人与来自德国柏林洪堡大学（Humboldt University
of Berlin）的Peter Hegemann小组合作，得到了一种新的channelrhodopsin-2（ChR2
）光敏通道变异体，该光敏阳离子通道来自一种绿藻，它具有稳定的激活态和... 阅读全帖 |
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m***i
发帖数: 2013 | 16 请教channelrhodopsin－2的激活特性。我用的LED470光源，不知道是光强过弱还是
CHR2表达不足，刺激时候细胞去极化很慢，在holding一个小正电流的情况下才能发出
动作电位，而且fire之前需要0.3－0.4秒去极化（最大光强）。而我需要20Hz左右的AP
train。
是否CHR刺激有一个阈值，光强超过阈值激活＝1，低于阈值＝0？我自己用voltage
clamp mode记录了一下像是，但因为电流很小，～10pA，所以不确定。
有经验的牛人请帮分析一下。非常感谢！！ |
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k*e
发帖数: 238 | 18 ordered = raw[order(raw$Chr, raw$pos),] |
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n*******r
发帖数: 425 | 23 Tues
Earnings: DRI (TBUS), Helicos BioSciences (HLCS), AspenBio Pharma (APPY),
Iteris (ITI), Embotelladora Andina (AKO.A), Embotelladora Andina (AKO.B),
Rediff.Com (REDF), China Medical Technologies (CMED), Saba Software (SABA),
Sanderson Farms (SAFM), Sociedad Quimica y Minera de Chile (SQM), Bank of
Nova Scotia (BNS), Tata Motors (TTM)
Economic Data: Case-Shiller 20-city Index, Consumer Confidence
Wed
Earnings: Optibase (OBAS), Mega Precious Metals (MPRXF), NXT Energy
Solutions (NSFDF), ... 阅读全帖 |
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t*********7
发帖数: 900 | 24 Monday, May 31
US Markets Closed
Tuesday, June 1
US Economics
10:00 Construction Spending 0.0% cons.
10:00 ISM Index 58.9 cons.
Global Economic Data
12:30 RBA Announcement
02:45 France PPI
03:50 German Unemployment Rate
04:00 European Union M3 Money Supply
05:00 European Union Unemployment Rate
Earnings
Before:
After: PSS, LGF, GAME, SNDA
Auction
11:30 3-Month Bill Auction
11:30 6-Month Bill Auction
Wednesday, June 2
US Economics
10:00 Pending Home Sales 4.35% cons.
10:30 Crude Oil Inventories
G... 阅读全帖 |
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G*******s
发帖数: 4956 | 25 【 以下文字转载自 TrustInJesus 讨论区 】
发信人: Godwithus (神与我们同在), 信区: TrustInJesus
标 题: Re: 按Godwithus之要求：讨论神是否不变
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 22 09:28:53 2012, 美东)
关于安息日，主耶稣的教导很多：
太 12:1 那时，耶稣在安息日从麦地经过。他的门徒饿了，就掐起麦穗来吃。 太 12:
2 法利赛人看见，就对耶稣说：“看哪！你的门徒作安息日不可作的事了。” 太 12:3
耶稣对他们说：“经上记着大卫和跟从他的人饥饿之时所作的事，你们没有念过吗？
太 12:4 他怎么进了 神的殿，吃了陈设饼，这饼不是他和跟从他的人可以吃得，惟独
祭司才可以吃。 太 12:5 再者，律法上所记的，当安息日祭司在殿里犯了安息日，还
是没有罪，你们没有念过吗？
太 12:8 因为人子是安息日的主。” 太 12:9 耶稣离开那地方，进了一个会堂。 太
12:10 那里有一个人枯干了一只手。有人问耶稣说：“安息日治病，可以不可以？”意
思是要控告他。 太 12:11 耶稣说：“你们中间... 阅读全帖 |
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