l*****i
发帖数: 1163 | 1 1，2，3使用10m细胞，Covaris超声30min，三个样品的Bioanalyzer Ultra Sensitive
DNA分析图谱。
4，5，6是对应于1，2，3，使用Millipore的Magana Chip kit，抗体CHIP后得到的结果。
请问为什么会得到这么烂的CHIP DNA？
超声片段的图谱有问题么（大小在300－400之间）？
多谢 |
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d****7
发帖数: 109 | 2 你既然用mac的话，就好办（虽然linux更好）
如果只想看别人chip-seq中的motif，只要把他们的peak calling结果下载下来就行，
就是个BED file，很小。然后从bed file提取dna sequence，这个步骤很多地方都能做
（UCSC table, galaxy, cistrome 什么的好多），提取了sequence后，上传到MEME
chip或者RSAT这种网站，直接就出结果。也可以在你自己的mac上安装Weeder或者HOMER
之类的软件自己找motif
要是想找其他人的raw data，然后和自己的chip seq比较，最好从头做。
下个sratoolkit(这个有pre-compiled mac version)，然后下载.sra文件，用
sratoolkit里的dump-fastq把它转换成fastq文件，然后做mapping，用bowtie很快。
然后peak calling。
以上这些步骤不用很搞的计算机配置，用比较新的macbook pro就能全跑下来，
你想要user-friendly的软件？ 很可惜，在bioiformatics... 阅读全帖 |
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m******t
发帖数: 109 | 3 最近在作 CHIP SEQ。 INPUT 和 CHIP 的DNA 做LIBRARY 前检查，只有大片断，没有几
百BP的。可在IP前跑的胶上，大部分 是３００－７００BP的。 可能是提纯DNA的过程
中丢失了。 用的是MILLIPORE的CHIP KIT。请教大家的意见。多谢。 |
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g*********3
发帖数: 177 | 4 谢谢toll的回答。不好意思，我有一个typo，已经改正过来了。Ct difference in
sample is 6.
嗯，Input确实可以用1%来做，不过在QPCR之前，我测了浓度，也做了QPCR dilution
test，所以这个应该不是问题。
你提的建议很好，我其实也做了negative primer qpcr,做出来的Ct是NA，说明CHIP结
果的特异性还是不错的。
我说的control就是你提到的KO cell line.
"最后用chip/input%的方式来表达，不要任何的normalization"
这其实也是我最感兴趣的信息，我查了几篇paper，发现别人用HA tag做的CHIP，yield
也很低，大概只能pull down 2%左右的DNA （方法也是通过比较Input和Sample这个某
个特定region的QPCR ct）。
我知道IP nuclear protein效率大概是10-20%或者更低点，但没想到DNA的效率这么低
。还是我实验出了问题，
请问有什么步骤是需要优化的吗？
谢谢toll和各位。 |
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t**l
发帖数: 109 | 5 如果你真觉得yield太低，试试用同样的方法做histone H3 的CHIP。如果连HISTONE
CHIP都低，那么就是你自己CHIP的问题。yield低有可能也是抗体和cell 本身的问题，
比如做实验的时间，需要一些cytokine pre-treatment之类,也学你的TF只有在某个特
定的signaling pathway激活的2个小时候才bind DNA，或者就是你的抗体不好。 |
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M********a
发帖数: 35 | 6 谢谢你的回答，我也学习了：）
整个window 200k， 这个window一般y值多大算significant？ChIP-qPCR至少也有对
input和mock IgG的control, 为什么ChIP-seq就只需要看local background？ 所有做
ChIP-seq的都了解Blacklist吗？他们都会把这些hit自动去掉吗?那还有一些cell type
specific的input peak 没有在blacklist里的怎么办？
a |
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m******5
发帖数: 1383 | 7 做个chip-pcr总是疑神疑鬼的
不像chip-seq, sites是否可靠和边上background和input,igG control一比就清楚了 |
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z*t
发帖数: 863 | 8 开个玩笑，ChIP－qPCR总能拿到你想要的enrichment
不过我觉得比较relative enrichment还是可以的，只要你用的ChIP抗体好用 |
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g*********3
发帖数: 177 | 9 有点不同意见，说出来大家讨论下。
1. 如果是error bar太大了，是不是要考虑实验重做。我个人觉得replicates内部Ct在
0.3左右都可以接受，有些人要求严格的在0.1左右，否则就重做了。
2. 现在大家paper里好像也不强调biological replicate了。至少我觉得实验重复几次
才算是可靠的。
3. 如果不是实验系统本身的复杂性，控制好了以下几个因素，CHIP-QPCR的结果应该是
很可靠的：
crosslinking, sonication, Ab/Beads, reverse-crosslinking.
我一般处理CHIP-SEQ/QPCR都有大概10个sample，每个sample的Input(包括Mock 和 IP
的), Mock IP.etc，这些sample的Ct应该要接近甚至一样才算可靠，所以你应该有个标
准，自己的实验是不是很可靠了（这个实验其实用Input做啥normalize的都没有必要了
）。
至于那些error bar太大了，primer是不是可靠的，sample（尤其是input）有没有做过
dilution的standard ... 阅读全帖 |
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a******r
发帖数: 786 | 10 chip pcr 还是用percent input 比较好吧。倍数变化在pcr跟seq之间没办法做直接比
较。好像pcr的amplicon 无法直接跟测序的fragment做比较？
我对seq 经验有限，还请大仙来指教
chip |
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t**********n
发帖数: 283 | 11 交流交流，谢谢。
1.关于standard curve, 我的理解就是确认PCR amplication efficiency,只要你的样
品DNA好的，为什么一定要用实际IP的
样品量（1/20, 1/200, 1/2000 and 1/2000 of ChIP input）standard curve？当然
如果模板浓度太低，amplication curve may be an issue。
我过去的经验是cDNA样品反复冻融会影响amplication efficiency.
此外如果倍数差别很大比如10倍以上的话就没有必要做standard curve，因为即使扩增
效率低也不会影响到最终结果。
我觉得对一对引物做一次就够了。
2 “qPCR本身是有每次
PCR循环的数据的。根据linear range的扩增曲线，是很容易算出primer的efficiency
的（有的软件会自动给出这个值），然后可以根据这个来定量。”
我以前想过机器应该能自动给出这个效率，但从来没见过，楼主能否说出具体的机器或
软件？
关于这个standard curve，我想探讨下。
我们老板，要求我们... 阅读全帖 |
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f******k
发帖数: 856 | 12 我这个问题很奇特，我用Invitrogen的dynabeads做ChIP-seq，最后拉下来的DNA量总是
比较高，做qPCR也没有enrichment，但是用同样的protocol，换回agarose beads，就
很少碰到这种问题。这不合理啊，dynabeads按理说背景要比agarose beads低很多才对
啊？！不知道大家有没有碰到这种情况？我试过好几种洗的方法和试剂，比如最常用的
就是低盐洗一次，高盐洗一次,LiCl洗一次，TE洗两次。也试过用RIPA洗过，也试过大
量延长洗的时间，但是最后elute下来DNA的量还是比较高。
另外，能不能请推荐一个比较好的做转录因子ChIP-seq的盒子或者详细的homemade
protocol？我做的这个转录因子，比较low abundant，可是我的材料是primary tissue
，又没法一次拿到很多的细胞（一次运气好的话可以有50-100million）。看有的文章
说现在10million就可以做转录因子的ChIP-seq了，可是我从来没成功过。现在真是快
被逼死啦。。。。快救救我 ：（ |
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L**o
发帖数: 15 | 13 最近打算做chip-seq，但是针对感兴趣的那个分子，目前市场上找不到chip-seqs甚至
chip级的抗体。公司提供了两个普通IP级的抗体供我测试，而且也没有该蛋白在基因组
上结合的区域，再加上本身抗体work与否不清楚。这样的情况下怎么设定阳性对照呢？
请指教！ |
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发帖数: 1 | 14 一个是做ChIP-western来验证，还有一种办法是把你target protein，构建一个融合载
体，然后在293细胞里面做ChIPqPCR。
或者干脆就拿这两个抗体做ChIP-seq，反正现在ChIP-seq也不贵了；同时你应该有一个
KO或者shRNA KD的吧，这样也能知道是否work。 |
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e*********6
发帖数: 3453 | 15 Chip-seq看上去就是先把蛋白质和DNA绑一起，然后切开，在用抗体把蛋白质沉淀，这
样和蛋白质在一起的DNA就也分离出来了，然后测序，map回reference genome，就可以
知道这种蛋白质唯一genome的什么位置了。我的理解对吗？
通过Chip-seq测histone modification，比如H3K4me3， 就是找一种和modify过的
H3K4me3结合的抗体，做Chip seq然后map会reference genome，就能知道在genome的什
么位置发生了H3K4me3的modification，我的理解正确吗？通过数有多少个被捕捉的DNA
片段，就能知道在一群细胞里，大概有多少发生了这种modification，就是信号的强度
？我的理解对吗？ |
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e*********6
发帖数: 3453 | 16 Chip-seq看上去就是先把蛋白质和DNA绑一起，然后切开，在用抗体把蛋白质沉淀，这
样和蛋白质在一起的DNA就也分离出来了，然后测序，map回reference genome，就可以
知道这种蛋白质唯一genome的什么位置了。我的理解对吗？
通过Chip-seq测histone modification，比如H3K4me3， 就是找一种和modify过的
H3K4me3结合的抗体，做Chip seq然后map会reference genome，就能知道在genome的什
么位置发生了H3K4me3的modification，我的理解正确吗？通过数有多少个被捕捉的DNA
片段，就能知道在一群细胞里，大概有多少发生了这种modification，就是信号的强度
？我的理解对吗？ |
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Y********t
发帖数: 14 | 17 Depends on what level you are working on.
If you are designing on-chip ckts, there is only one way,
that is the first solution. First, we know we don't have to
treat the wiring as transmission line. Secondly, the
solution 2 is too time consuming. Nowadays, there's
millions of gates in a single chip. How many wiring is
there? How long will the solution 2 take in simulation?
The simulation time will kill the project. In chip ckt
design, the timing is calcuated by using a polynomial, with
th |
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g******u
发帖数: 3060 | 18 I'm looking for a MOSFET gate driver chip (either half bridge, or individual
driver).
You know that for high side FET driver, nowadays people use the bootstrap
capacitor, when it's dischaged, the FET is turned on. There should be some
chip with on-chip charging circuitry, that keep the capacitor recharged all
the time, thus the MOSFET can be kept always on if needed. This feature is
very important in motor controllers since it delivers more power to the load
when necessary.
I found Linear Tech L |
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g******u
发帖数: 3060 | 19 抱歉，原来发在英文论坛上的，就直接转贴了。
I built a power-factor-corrected battery charger using Fairchild's
FAN7529 PFC chip and Onsemi's UC2843 constant frequency PWM chip. Basically
it's a boost converter driven by FAN7529 followed by 2843 chip driven
flyback.
It worked fine on my bench for hours. But the customer made a test on a
very deeply discharged battery set (somehow discharged to 8V for 24V
batteries, near dead ones to me) and they said something was not ideal.
When I re-test the returned unit, |
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h*********g
发帖数: 43 | 20 常见的on-chip DC DC Converter结构中，除了LDO，switching converter，还有只采
用电容的switched capacitor converter。这个方向最近在on-chip power delivery中
很热门，在2012年的ISSCC,CICC中都有多篇收录，主要结构就是interleaving加上
reconfigurable。Interleaving可以降低输出的ripple，reconfigurable结构可以克服
switched capacitor converter的conversion ratio是离散的这个缺点。可是在工业界
中，switched capacitor converter（可能也叫charge pump）却还是没有在on-chip
DC DC中有什么大的应用。请教板上做DC DC的大牛对这个方向怎么看，是只是学术界的
小打小闹，还是有应用的前景? 个人认为，switched capacitor converter的优势就是
不用电感，易于集成，但是缺点也很大，就是conversion ratio只有一个，所以... 阅读全帖 |
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a******e
发帖数: 80 | 21 想购买一款compact的flip chip bonder, 但因为以前没用过flip chip bonding
technology，不知道该如何挑选。不知道业界内有什么好的品牌，求建议
1. 大型设备就算了，希望体积不要太大，compact一些
2. 希望最好能同时支持wafer-to-wafer packaging和die-level packaging
3. 我们主要的使用的wafer的尺寸是6 inch和8 inch
4. 关于chip pad上的bump,希望能支持solder bump和gold bump
5. 最好bonder能同时完成underfilling，而不用买额外的设备了
6. 至于placement accuracy,我心里还没有具体的要求。silicon die上的IO pad一般
是100um X 100um的，两个pad之间的距离（边缘到边缘）大概也有100um。这种情况是
不是+/- 5um的accuracy就足够了？
非常感谢。 |
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z*******n
发帖数: 1034 | 22 by Daniel Cooper | @danielwcooper | 2 days ago
Despite Intel's best efforts, ARM remains the undisputed king of the mobile
world, but another chip design house, just 51 miles down the road, is hoping
to change that. Imagination Technologies, the outfit famous for its PowerVR
mobile graphics tech, wants to knock its better-known rival off its perch
with a new 64-bit MIPS chip. The Warrior I6400 promises to be a low-power,
high-performance CPU for smartphones, tablets and internet of things device... 阅读全帖 |
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D*l
发帖数: 340 | 23 开高速的时候遇到天灾人祸，一块石头砸过来，一个penny大小的chip
不过在靠下面一些的地方，不影响视线。保险公司的人来修了下，浅了一些，但是还是
很明显。他说，如果觉得不满意，可以再打电话过去要求换块新的玻璃，不然的话，
chip的地方是终生保修的。
我就不知道要不要去换新的，我的车有rain sensor，就怕换了没有原装的好。如果不
换的话，看上去挺显眼的。大家一般都怎么处理windshield上的rock chip呢？ |
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w*******y
发帖数: 60932 | 25 You can get 12 BAGS of the "Enjoy Life Semi-Sweet Chocolate Chips 10 oz" for
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w*******y
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w*******y
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w*******y
发帖数: 60932 | 30 10 Pack Canon PGI-220, CLI-221 (PGI-220BK, CLI-221BK, CLI-221C, CLI-221M,
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w*******y
发帖数: 60932 | 31 10 Pack Canon PGI225 & CLI226 Compatible Inkjet/Ink Cartridge Combo (with
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MPN Variation: Canon PGI-225/ CLI-226
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Packaged Quantity: 10 Pack
Print Color: Ass... 阅读全帖 |
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M****J
发帖数: 2908 | 32 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: MJMJMJ (MJMJMJ), 信区: Military
标 题: 日本又胜了,Chip Equipment Makers十大至少占了五家
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Oct 17 21:40:57 2010, 美东)
日本又胜了,十大至少占了五家
http://finance.yahoo.com/q/co?s=SPRD+Competitors
Chip Equipment Makers Ranked By Sales
Company :
Tokyo Electron Limited
ASML Holding
Nikon Corporation
KLA-Tencor Corporation
Canon Inc.
Advantest Corp.
Dainippon Screen Manufacturing Co., Ltd.
Novellus Systems, Inc.
Hitachi Ltd. |
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a****b
发帖数: 379 | 33 equipment vendor 里面的canon和Hitachi都不好意思说自己是equipment vendor
AMAT从来自己不做chip居然放到chip maker名单里面垫底儿。 |
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b********n
发帖数: 38600 | 34 A:
Actually, they begged Intel to come to China and build a CPU factory for
them because they are unable to create such things for themselves.
I think it is now open or about ready to start up.
This great Chinese leap forward makes several-generations-old Pentium chips.
Intel keeps all the crown jewels in either Portland or Tucson and will not
let the manufacturing of their primary products out of the USA until they
are obsolete or obsolescent.
Not every corporation is insane, in other words.
B:... 阅读全帖 |
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C*******r
发帖数: 10345 | 35 阴国chips就是指炸薯条，在米国叫fries。米国的chips薯片，阴蒂叫crisps。米阴的
用法有区别，好比大撸呆弯，土豆是马铃薯vs花生。 |
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发帖数: 1 | 36 其实美国人都懂chips，大家都知道Fish and Chips是什么 |
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发帖数: 1 | 38 注意福斯新闻的这段话：
A source familiar with the CIA's inner workings told Fox Business' Hillary
Vaughn that they doubted China was able to get a chip to "infiltrate&
quot; U.S.
intelligence agencies.
The source also said they are "sure that the Chinese did in fact did do
this
to certain manufacturers...Whether not the specific servers purchased by
that agency had that chip in the motherboard - that’s up in the air.&
quot;
中国的确对美国的制造商干了 “这事”，只是美国情报机构购买的伺服器
（服务器）主机板上有没有这种间谍晶片则未必。 |
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a******7
发帖数: 7936 | 39 为什么chip card就不能刷了？
我5年前回国还不是chip的discover就直接刷了 |
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发帖数: 1 | 40 【 以下文字转载自 FleaMarket 讨论区 】
发信人: CornucopiaX (VE RI TAS), 信区: FleaMarket
标 题: [求购]100片：Intel chip 8 代
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Jul 3 09:01:45 2018, 美东)
我想要的物品:
100片：Intel chip 8 代
单张面值:
面议
可接受的价格(必须明码标价！):
面议
物品新旧要求:
新
邮寄方式要求:
我出label
买卖双方谁承担邮寄损失(Required if not code only):
before you after me
付款方式说明:
面议
其他补充说明:
广告的有效期:
July 22nd
物品来源:
n/a
我的联系方式:
PM or
[email protected]
二手交易风险自负！请自行验证是否合法和一手卡！:
y |
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T*****n
发帖数: 897 | 41 【 以下文字转载自 Postdoc 讨论区 】
发信人: Tonyvan (Tony), 信区: Postdoc
标 题: ChIP试验做不出结果怎么办？
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Dec 7 22:42:18 2012, 美东)
ChIP试验做不出结果怎么办？用的是Active Motif的KIT。现在optimize the shearing
conditions, 但老不出结果。怎么回事？请大家指教。谢谢！ |
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T*****n
发帖数: 897 | 42 【 以下文字转载自 Postdoc 讨论区 】
发信人: Tonyvan (Tony), 信区: Postdoc
标 题: ChIP试验做不出结果怎么办？
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Dec 7 22:42:18 2012, 美东)
ChIP试验做不出结果怎么办？用的是Active Motif的KIT。现在optimize the shearing
conditions, 但老不出结果。怎么回事？请大家指教。谢谢！ |
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C*********m
发帖数: 213 | 43 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: CrystalAtom (水晶阿土木), 信区: Biology
标 题: 这里有做CHIP-Seq的兄弟么
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Jun 1 14:40:31 2015, 美东)
我有个蛋白，平时都在核外，某个条件下跑到核内成为（疑似）转录因子。有两个组以
前做过转录活性，但是文章比较老了。我们自己也做过EMSA，看到和DNA的结合，也有
核内核外成像定位的数据。但关键是不能确定是否真的是转录因子。现在的数据也就够
个JBC之流的杂志。和两个实验室试图合作做Chip-Seq，但是对方都不卖力，迄今没有
进展，很失望。请问版上有哪位大哥大姐可以做这方面的实验，短期内能出一些数据，
可以合作写文章。
有兴趣的请私信联系。 |
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c*********7
发帖数: 7607 | 44 【 以下文字转载自 shopping 讨论区 】
发信人: capricorn87 (Kevin), 信区: shopping
标 题: TRANSCEND 64GB SSD, 2.5', SATA II, SLC Chip from $0.99
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Nov 16 13:49:02 2010, 美东)
前几天买的，觉得自己SSD太多了，return还要15%+shipping fee. holiday还要买衣服
，干脆低
价出了。谁要的话 PM 或者 bid ebay吧
http://cgi.ebay.com/ws/eBayISAPI.dll?
ViewItem&item=250728031722#ht_1138wt_1147
SLC的 chip |
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M****o
发帖数: 13571 | 45 今天给娃做的Chocolate Chip Muffins。用了以下材料：
2 eggs, 1/2 cup milk, 1/4 cup cooking oil, 1 bag chocolate chip muffin mix (
哈哈，偷懒了)，加了些葡萄干和压碎了的核桃。
425 F 烤15 min左右。出炉。:D |
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p******y
发帖数: 873 | 47 fish ＆ chips做得好很好吃啊，就是street food
只是美国目前没有吃过好的，可能下次去santa barbara 试试上面那家
--san francisco yelp上排第一的那家实在时很愧对fish ＆ chips啊～
目前吃过最好的是在australia tasmania一个港口的food truck，可以选的鱼类很多，
鱼新鲜不腥是炸鱼很重要的factor啊～ |
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x********o
发帖数: 1442 | 48 【 以下文字转载自 gardening 讨论区 】
发信人: xiaobenmao (always with you), 信区: gardening
标 题: 可以买便宜的wood chips代替mulch铺在花园或者菜地里么
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Mar 28 16:48:15 2016, 美东)
买了房子，去年一整年花园里长了好多杂草，拔也拔不完。原来的房主从没用过mulch
，花园里就是泥土地，看着挺贫瘠。开春整理花园，准备买点mulch铺上，因为是第一
次用，需要的量还挺大的。发现craigslist上有很便宜的wood chips，他们广告里也叫
mulch，应该是砍树公司砍了树之后剩下的大量木头碎屑，看照片大小还挺均匀的，就
是没有染色，不大好看。有几个公司甚至提供免费的delivery。这种木头碎屑除了没有
染色，和HD买的mulch有什么区别呢？可以买了铺在花园里么？多谢多谢！ |
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s**********d
发帖数: 36899 | 49 真的需要chip吗？最近在亚洲用了两周几十次卡只有一次对方说必须用带chip的卡。 |
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f*******4
发帖数: 125 | 50 I have one citi card with a chip but never tried to use it because of
foreign transaction fees.
I have stayed in France/Switzerland for two years with US cards. Basically
you only need to pay automatic vendor machines with chip cards, like public
transportation and parking. Otherwise, regular US cards are accepted.
If you need to shop online in Europe, you have to obtain a local card.
International cards are not recognized by most online merchants. |
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