S**********e
发帖数: 1789 | 1 好杂志不好找，5分以下的多了去了。一个一个发信要。20%给你机会就够了。50个杂志
还是有的。不是有好几个出版机构吗，不如BMC系列，里面小杂志多了去了，一个一个
要。申绿卡过程中我们的控制的只有要review,相对最简单，只要你去争取，一定会有
结果。 |
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S**********e
发帖数: 1789 | 2 在开玩笑吧。此人是印度人，Texas Tech的，那几篇牛文章是Harvard, 姓一样，名字
不一样。他就2篇文章。
Sensitivity enhancement and matrix effect evaluation during summation of
multiple transition pairs-case studies of clopidogrel and ramiprilat.
Manjunath Swamy J, Kamath N, Radha Shekar AK, Srinivas NR, Kristjansson F.
Biomed Chromatogr. 2010 May;24(5):528-34. doi: 10.1002/bmc.1322.
Lentiviral delivery of short hairpin RNAs protects CD4 T cells from multiple
clades and primary isolates of HIV.
Lee SK, Dykxhoorn DM, Kumar P, Ranjbar S, So... 阅读全帖 |
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a*******s
发帖数: 117 | 4 进化生物学是一门一直在发展以及自我修正的科学。
达尔文的物种起源是进化生物学的奠基之作。 但是通读物种起源并不能完整的理解进
化（演化）生物学。达尔文的时代人们对遗传的本质没有了解，物种起源中的的泛遗传
学说（pangenesis）有很大的弊端。在后期版本的物种起源里面达尔文甚至加上了获
得性遗传的内容！ 因为泛遗传学说的误导，达尔文学说并不能与实验中出现的
variation相
一致，科学家争论不断，导致了1880到1920的 “the eclipse of Darwinism”.
直到1900年孟德尔遗传的重新发现，基因以及染色体的发现，Fisher惊人数学能力的引
入。
从1920-1940年代影响极为深远的modern synthesis（以Dobzhansky, Mayr, Simpson为
首的种群生物学家用数学模型以及实验结果验证了自然选择的有效性） 开始，达尔文
的自然选择理论才被重新接受。
而后1968年Kimura的中性进化论，之后的Ohta的近中性进化论，使科学家广泛接受很大
一部分的突变是中性或者近中性的，其固定（fixation)主要受随机因素作用的遗传漂
变... 阅读全帖 |
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a***y
发帖数: 19743 | 8 老板想投这个啊。6点几都是不承认？太可怕了！
那我怎么办？能以国内不认为由希望改投别的地方么
2000多的费用和其他很多open access的价格差不多吧，PLOS也是这个价吧？
PLOS是核心么？ |
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M********r
发帖数: 142 | 11 首例生物科技并购还原
字号
评论 邮件 纠错 2013年10月21日11:23 来源：《财经》
“多年以来我听到的都是中国的生物企业被国外企业并购，”北京市投资促进局的
一位官员9月27日在一个闭门论坛上感叹说，“中国企业并购海外生物企业，这还是第
一次。”
今年3月，华大基因通过旗下子公司Beta Acquisition Corporation完成对美国上
市公司Complete Genomics(下称CG)的收购，二者整合之后华大基因将获得基因测序仪
的生产能力，降低对Illumina等上游公司的依赖，测序服务成本也有望大幅降低。
这是一桩业内瞩目的交易，但直到半年后，华大基因才向外界透露收购细节，而《
财经》(博客,微博)是独家获知这些细节的中文媒体。
一群平均年龄不到30岁的科学工作者摇身一变成为商业精英，他们至今都没完全适
应这个新身份。
“从来没人教过我商业并购。”华大基因CEO王俊在接受《财经》记者采访时问，
“你能想象一群科学家是如何做成这个事情的吗？”
彼时他们甚至不知道手里的人民币要换成美元才能用于海外并购，以为“像买菜一
样掏出钱来买就行了”，而很多类似的技术处理... 阅读全帖 |
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M********r
发帖数: 142 | 12 首例生物科技并购还原
字号
评论 邮件 纠错 2013年10月21日11:23 来源：《财经》
“多年以来我听到的都是中国的生物企业被国外企业并购，”北京市投资促进局的
一位官员9月27日在一个闭门论坛上感叹说，“中国企业并购海外生物企业，这还是第
一次。”
今年3月，华大基因通过旗下子公司Beta Acquisition Corporation完成对美国上
市公司Complete Genomics(下称CG)的收购，二者整合之后华大基因将获得基因测序仪
的生产能力，降低对Illumina等上游公司的依赖，测序服务成本也有望大幅降低。
这是一桩业内瞩目的交易，但直到半年后，华大基因才向外界透露收购细节，而《
财经》(博客,微博)是独家获知这些细节的中文媒体。
一群平均年龄不到30岁的科学工作者摇身一变成为商业精英，他们至今都没完全适
应这个新身份。
“从来没人教过我商业并购。”华大基因CEO王俊在接受《财经》记者采访时问，
“你能想象一群科学家是如何做成这个事情的吗？”
彼时他们甚至不知道手里的人民币要换成美元才能用于海外并购，以为“像买菜一
样掏出钱来买就行了”，而很多类似的技术处理... 阅读全帖 |
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d*******1
发帖数: 854 | 14 谢谢两位. 看到BMC BIOINFO 只有四种文章Research articles Database articles
Methodology articles Software articles. research articles看起来都是比较长的
文章
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q**w
发帖数: 782 | 15 http://blog.sciencenet.cn/blog-404304-740945.html
南京大学的张辰宇教授是国内生命科学领域少有的、有自己独创概念的学者，其主要
的工作都集中在miRNA方面。关于miRNA的介绍很多，这里不做科普。10年的时候，张教
授课题组发表了两篇看起来没有什么关联的论文：
1. Identification and characterization of microRNAs in raw milk during
different periods of lactation, commercial fluid, and powdered milk products.
2. Secreted monocytic miR-150 enhances targeted endothelial cell migration.
这两篇文章都挺有意思，第一篇发在Cell Research上，讲的是从牛奶，不管是哺乳
期、商业化的牛奶，或者是奶粉里，都是可以鉴定出miRNA。第二篇发在Molecular
Cell上，讲的是miRNA能够被microvesicl... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 16 Pls check,
i) Trapnell C et al., (2012).
Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments
with TopHat and Cufflinks.
Nat Protoc 7: 562–578.
ii) Li H et al., (2009).
The sequence alignment/Map format and SAMtools.
Bioinformatics 25: 2078–2079.
plus
Weikard R et al., (2013).
Identification of novel transcripts and noncoding RNAs in bovine skin by
deep next generation sequencing.
BMC Genomics. 14: 789. [Epub ahead of print]
>http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24225384
c... 阅读全帖 |
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w*****s
发帖数: 230 | 18 谢谢。他的测序在这个地方做的，
https://www.bcm.edu/research/medical-genetics-labs/index.cfm?PMID=21319
我们家宝宝6个多月被医生诊断为晚期肝硬化，必须换肝。从PICU回家后改为食用高MCT
奶粉在家等待换肝期间， 身体状况不断改善，目前不需要立即换肝。根据我们观察，
感觉宝宝身体积累长链脂肪酸到一定程度就开始伤害他的肝。可是医生不这么认为，认
为我们观察到的只是偶然巧合，可我们认为三次了不算巧合：
第一次在PICU， 食用长链脂肪酸非常高的奶粉病情急剧恶化。
第二次回家换奶粉后，病情改善完全出乎医生预期。
第三次最近食用鸡蛋半个多月，结果去年住院前的症状重现。
在我们尽力争取下做了全基因组测序，可是没有任何有用的结果。就报告来看，孩子应
该一切健康。我们怀疑的NICCD基因报告里没有显示任何不正常。
可是有的文章说这个基因的genotype和phenotype没有确定联系。而ncbi那里似乎东西
也挺全的，没有道理不报告出来。我们是在baylor medical center做的。目前还没有
要到原始数据，而根据他... 阅读全帖 |
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a**e
发帖数: 5094 | 19 做任何事情成功的要素：get the right people on the seat, get the wrong people
off the seat.
说到现在，你们有没有先做genetic counseling？自己猜来猜去的效率多低下？有没有
social worker帮你们解决费用的问题？你一开始用的BMC那个whole exome sequencing
，read depth是多少？coverage是多少？geneDx个人用过一次，感觉不好。结果8-12周
才能出来，怎么催都不能加急。rep一问三不知。
我要是你的话，会找local的一个academic center pediatrician，refer 做genetic &
GI/liver serivce counseling。然后要求social worker support，nutrition
counseling。如果不满意的话，要求second opinion。
cirrhosis |
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g*******g
发帖数: 15 | 20 刊物是BMC Bioinformatics
做bioinformatics/Genomics的兄弟姐妹如果有想要审稿的话，站内联系。 |
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g*******g
发帖数: 15 | 21 刊物是BMC Bioinformatics
做bioinformatics/Genomics的兄弟姐妹如果有想要审稿的话，站内联系。
已经收到不少邮件，会依时间顺序和匹配程度,发几个审稿邀请。
不好意思，就不一一回复了，后续再接到新的稿件，到时候再尽量联系这次没能邀请的。 |
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b****n
发帖数: 75 | 22 Send your name and email to me if you are interested in reviewing a paper.
The journal is BMC Research Notes. The manuscript is about bioinformatics
evolutionary analysis of bacterial RNA methyltransferases |
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b*****d
发帖数: 7166 | 23 站内联系。已是J.Phys. A , J. Math. Phys. , Phys Rev. 和 J. Math. Bio.
BMC Bio等杂志的审稿人。
每成功推荐一次审稿付100伪币报酬，长期有效。 |
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N*****e
发帖数: 2573 | 24 同求，Lz first
做 caner 和cardiovsacular,熟悉GWAS，Exp，NETWORK,表观遗传学，帮老板审过BMC，
Bioinformatics的稿子，做过guset editor
有包子 |
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l********3
发帖数: 248 | 25 正在申请绿卡，已签合同并缴费。律师要求至少有11篇审稿，现在才有5篇，也跟自己
的老板和很多杂志的主编发信，都说可以，可是到现在都没有给我审稿机会，比较着急。
背景：系统与进化植物学，分子进化，基因组进化，发育生物学。
已发表文章8篇，2篇在审稿中，其中一个是Nature Communications.
已经帮New Phytologist, BMC Plant Biology, Journal of Genetics and Genomics,
Agronomy Journal审稿，共计5次。
谢谢大家能给我一些审稿机会，不胜感激。
请发站内信，我会给您发我的简历，谢谢！ |
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s******g
发帖数: 111 | 26 帮忙看看基因组以及进化的:
Molecular biology and evolution
Genome biology and evolution
BMC genomics
Genetics
多谢！ |
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U*C
发帖数: 89 | 27 Molecular biology and evolution=14.308
Genome biology and evolution=4.532
BMC genomics=4.041
Genetics=4.866 |
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m********a
发帖数: 12601 | 28 我也遇到过两次这种情况，不过我是确实超时了。杂志要求2周审完，我又不申绿卡了
，完全义务劳动，积极性不高。有一篇文章40多页，看都看老半天才看完。一个杂志是
BMC Systems Biology，一个是Physical Biology |
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b****n
发帖数: 75 | 29 Topic is about bioinformatics sequence analysis of some plant protein.
If interested, let me know your email address and I will send invitation for
review. |
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q******g
发帖数: 3858 | 31 昨天听BMC MEDICINE的编辑说，80%的文章是被编辑据掉的。剩下的20%里，只有10%被
据掉。 可见编辑的作用有多大，特别是那些好的杂志，每年收到的投稿那么多，编辑
要选择哪些送出去review，大牛的名字肯定是考虑因素之一。 |
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e*********6
发帖数: 3453 | 32 plos系列，BMC系列， 还有recomb等重要会议 |
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C*********s
发帖数: 31 | 33 本人bioinformatics phd第五年
NGS领域
目前给bioinformatics/BMC genomics/plos one正式审过10篇
邮箱联系
leofountain AT gmail.com
跪谢各位大大! |
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w**********g
发帖数: 47 | 34 至于 收费，人家认为1300多美元是便宜的了，至少比BMC 系列要厚道 |
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e*********6
发帖数: 3453 | 35 BMC系列的确太离谱了. 这点的确竞争不过PeerJ |
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s******a
发帖数: 252 | 36 I agree that many open-access journals are hungry for profit, but this
article is deadly inaccurate.
PLOS ONE requires articles to be reviewed not on merits but they need to be
technically sound.
Genome Biology from BMC has impact factor > 10.
Nature Communications is even more cited.
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s******l
发帖数: 125 | 37 BMC 系列和 scientific reports, 有兴趣者， 请私信简历。Thanks |
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c********n
发帖数: 225 | 38 【记录历史】谁重复验证了NgAgo？
项目 结题
date： 2017年8月2日
updated: 2017年8月4日
Note2017080401: added a few notable reviews/summaries
---------------------------------------
- NBT retraction note：
http://www.nature.com/nbt/journal/v34/n7/full/nbt.3547.html#correction2
原文引用
“Retracted online 02 August 2017
We are retracting our study because of the continued inability of the
research community to replicate the key results in Figure 4, using the
protocols provided in our paper. In this figure we report that the
Natro... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 39 看版上一个帖子有感。
比如我发明了一种新技术，有一些可能的结果但是也无法得到确定性结论，可以先发
Plos One, 以后运用这个技术的其他研究同行，也可以跟进，大家一起做research。
对于个人来说，除了少数超一流其他Nature，Science之类，其他的和Plos One其实差
距也没多大，找工作人家都要case by case看你以前工作的影响力，被引200次的Plos
One，照样可以找工作申绿卡。
如果按照现有模式，肯定是这个技术先把大部分实验都做了，新发现集合起来发片
Nature，这样其他的研究者只能一两年后才能见识到你的技术，并且可能被其他人抢先。
所有Plos One的确是个好模式。
顺便问一下，想发Plos One，现在哪个领域比较火？
update，鉴于有人怀疑我五毛，我声明只是用Plos One来代指这一类，Scientific
Report，PeerJ，BMC系列都一样好 |
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发帖数: 1 | 40 Plos One, Scientifici Reports 这么说的话比BMC bioinformatics等差不少对吧 |
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发帖数: 1 | 41 为何？我指的是computation biology的文章发在Plos one或者BMC系列，哪个更好 |
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发帖数: 1 | 42 本人岛国在读博士一名
在实验方面很有自信，而且对基因治疗这方面很有兴趣，一直在摸索
因为CRISPR的一些局限性，在NgAgo出现时非常激动，在addgene收录了plasmid之后立
刻买回来做实验，做了两次什么也没发现，照论文里写的应该很简单，个人经验觉的这
里面肯定有猫腻，所以立马放弃了
前几天和另外一个朋友聊天的时候，聊起来NgAgo，于是网上查了一些，查到该网站，
决定上来吐个槽，哈哈
看见大家说话都蛮隐晦的，我就直说我的观点了。以下内容皆为YY出来的，大家看个笑
话好了
Han经费不足，遂写了篇NgAgo，结果大家都做不出来
趁着媒体的疯狂报道，立马从国家拿到了经费
贿赂一些其他本土教授，让其欺骗自然杂志，说自己做出来了，但是要求匿名，而且没
有具体的实验数据支持
那么自然杂志本着诚信的原则当然不会立刻撤文
殊不知有些教授出去骗人已经习以为常，有人说不可能？之前的BMC之类的事情让我觉
的这些人什么事情都干的出来
之前我还觉的没准是哪里出了些问题，但是当Han说原因是你们的细胞都污染了，我就
确信这人是个骗子了，也不看看自己的实验室环境，真说的出口
后来的关于实名之类的事情... 阅读全帖 |
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e*********6
发帖数: 3453 | 43 在bioinformatics里边，各种做prediction是个热门话题，但是有个问题始终搞不明白
比如看这篇文章，http://www.nature.com/articles/srep28517
他的方法以及他对比的方法，都有1%的false positive，这在同类研究中已经算是非常
好的成果了, 画个ROC算个AUC都很好看，但
是有个问题很不解，因为在整个基因组上，想要的interesting points（这里是
promoter）是非常非常稀疏的，也就几万个，人体基因组有3 billion bp，就算100个
bp一个间隔来创造备选的样品（长度200bp来算只有50% overlap了），这就有30
million个samples，就算百分之一的false positive，那就有30万个false positive，
已经是true positive的好多倍了，这种问题如何在进一步解决呢？
并且，类似这种paper，包括发在非常decent，high-impact的journal上的（包括plos
系列，BMC系列，包括这篇是nature系列的），都没提到过如何解决这... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 17729 | 44 前者是主流杂志，或者说做bioinformatics的这个分支里面的顶级杂志了。认可度很高
。bmc系列的都是垃圾灌水杂志，plos的除了少数几个比如plos genetic，plos pothog
en之外，其他都是垃圾 |
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e*********6
发帖数: 3453 | 45 recomb, bibm和apbc最后不都是发bmc系列吗？还要作者出钱呢？
pothog |
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e*********6
发帖数: 3453 | 46 大部分的正规杂志都接收吧。plos, bmc,还有nature系列我记得都行。oxford系列不记
得了。美国化学会系列都不行 |
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发帖数: 1 | 47 自己写好了给他署个名 投BMC genomics
paper |
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M***D
发帖数: 478 | 48 系统只让选择一个为通信作者，如何选择两个呢？
谁有经验？
谢谢！ |
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发帖数: 1 | 50 对个人来说的，比如对PI，对Postdoc或者学生，差别在哪里？
我说的好paper和差paper，都是不是极端情况，比如差一些的Plos One或者BMC 系列，
好一些的Genome Research或者Nature Communication，有啥差别？
对PI来说，以后申请funding来说，看的是topic，而不是以前发在哪里。对学生来说，
一篇Nature Comm在毕业论文里算一章，一篇Plos One也是一章，就算是Nature，也是
一章，还需要在做几个东西才能凑满dissertation，貌似差别也不大。要找工作，看的
也是方向和skill set，也不是文章发在哪里？
以后要申请绿卡，反着除了NS之类，其他也没啥差别，看的是citation |
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