d*****r
发帖数: 2583 | 1 this issue of Cell, two beautiful papers by computational neuroscientists:
I think this is the True "systems Biology" in my heart...
Stability and Nuclear Dynamics of the Bicoid Morphogen Gradient
T. Gregor, E.F. Wieschaus, A.P. McGregor, W. Bialek, and D.W. Tank
Probing the Limits to Positional Information
T. Gregor, D.W. Tank, E.F. Wieschaus, and W. Bialek
The structure of multicellular organisms is determined during early
embryonic development by spatially and temporally changing patterns of |
|
x****6
发帖数: 4339 | 2 握爪！
现在有一批物理学家开始严肃的思考一些生物学的本质问题，包括进化，他们的工作很
有启发性。我很有幸的跟他们中的一些有过深入的接触，受益匪浅：包括stan leibler
, william bialek, nigel goldenfeld, sander tans,robert austin, thierry
emonent。
您要是有兴趣，我们可以开个讨论小组。现在找到对生物感谢兴趣，又对物理思维有所
了解的人太少了。 |
|
x****6
发帖数: 4339 | 3 你说的很好，在跟几个研究生物的物理学家聊过以后，我得出的结论是：生物学的“黎
曼几何”还没有被发明。那么要很有效的描述和分析生命现象，目前几乎不可能。就算
可能，也只有少数几个牛人（william bialek, stan leibler）能够在少数几个极其特
殊的系统里实现。
之后，我就决定改做开发工具，去测量生命现象，而不是试图去把它抽象理论化。
在大自然前，该humble就要humble。 |
|
c***s
发帖数: 4895 | 4 艹，你丫脑残啊，你有数据你列啊
我老这数据是Bialek S and CDC COVID-19 response team 公布的，GT出身的一看就明
白。
当然对于你丫这样跳船的油锅而言，理解难度有点大 |
|
m******1
发帖数: 19713 | 5 波兰总理公然在新闻会上调戏女记者 受到多方谴责
文章来源: 国际在线 于 2011-06-03 09:15:10
敬请注意:新闻取自各大新闻媒体，新闻内容并不代表本网立场！
据英国《每日电讯报》6月2日报道，波兰总理唐纳德·图斯克(Donald Tusk)日前
在记者招待会上暗指希望看到一名女记者的裙子纽扣被解开，受到多方谴责。
在图斯克召开的记者招待会上，一名电台女记者西尔维娅·拜尔雷克(Sylwia
Bialek)问到，波兰是否准备好于今年7月接掌欧盟轮值主席国职位，此事是否板上钉钉
。(注：记者问题中板上钉钉的动词用的是button up，该词组的字面意思是扣紧钮扣)
图斯克开玩笑回答到：“我正看着这位女士的裙子，扣紧钮扣可不是我的第一想法。”
他还补充说，他很喜欢夏天。
女权主义者对图斯克的评论感到愤怒，称其“无耻和不可接受”。来自妇女党(
Women's Party)的伊莎贝拉·斯特维卡(Izabela Stawicka)呼吁，图斯克应该受到道德
委员会的惩罚，图斯克似乎正带领中右翼政党，争夺波兰历史上最“大男子主义”的政
党头衔。波兰左翼政党... 阅读全帖 |
|
B*Q
发帖数: 25729 | 6 2000-2009 12:3
2010-2017 8:3
DEM完败！
https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_federal_political_sex_scandals_in_the_
United_States
2000–2009[edit]
Gary Condit, Representative (D-CA): his affair with 23-year-old intern
Chandra Levy was exposed after Levy disappeared. Her body was found a year
later and in 2008, an illegal immigrant with no relation to Condit was
charged with her murder.[90] Condit had often demanded that Bill Clinton "
come clean" about his affair with Monica Lewinsky. (2001)[9... 阅读全帖 |
|
x****6
发帖数: 4339 | 7 我是搞纯生物的，不懂物理；但是我跟很多从物理转生物的教授们接触过，包括最顶尖
的stan leibler and william bialek等。感觉如果对学术有兴趣的话，从物理转生物
前途很大。现在有个松散的领域，叫做计量生物学，quantitative biology，范围比传
统的生物物理要广一些，除了结构生物学、生物力学等传统分支以外，目前更流行一点
是的系统生物学：研究细胞内基因网络的动态过程，比如干细胞分化背后的分子机制现
在已经开始可以用一组微分方程来描述了。
更前沿一些的，self organized criticality应用到复杂的生物过程，比如一群鸟、鱼
或神经细胞的collective behavior。 如果统计力学基础好的话，这是一个非常好的方
向。SOC概念的提出者之一的物理学家汤超，现在也在做系统生物学（北大计量生物学
中心）。
还有进化和生态学，也可做得非常定量，王子屯的robert austin就是用微流控来研究
微生物和癌细胞对抗生素/药物抗性产生的过程。
UCSD的Terry Hwa做细菌的生长速度的生理学机制，也做得非常定量了。
我一个朋友还是... 阅读全帖 |
|
x****6
发帖数: 4339 | 8 我承认搞纯生物因为没有物理的结构性思维训练，对什么是基本问题都搞不清楚。这是
生物的主流。
生物里一直有两个平行的传统：naturalist和physicist传统。前面一种是主流的，从
亚里士多德算起；后面一种可以追溯到薛定谔。后来的物理炸药奖得住Manfred Eigen
研究生命起源等，一直有物理学家研究基本的生物问题，但是一直都是屈指可数。但是
最近10年，系统生物学的诞生加上一系列的技术上的进展，越来越的物理学家来研究生
物问题，一系列“基本问题”都开始被研究。比如Stan leibler对基因网络robustness
的研究，william bialek对基因表达的信息论研究。 而且生物里的分支 进化生物学，
一直以来都是基于数学推导的，研究的也是基本的种群的的动态过程。
以上这些工作完全不同于大家经常所说的“刷试管、杀老鼠”，和你们做的物理工作更
加接近。当然，精确性要差一些。
生物里，定量的成分越来越多，问基本问题的人也越来越多。这是趋势。
所以简单的说 生物学家对基本问题不感兴趣 现在已经不合适了。 |
|
x****6
发帖数: 4339 | 9 说得没错，现在大多数工作好处于data fitting阶段。
这里其实体现的是一个很深刻的问题：
除了像bialek这种可以通过极其敏锐的物理和生物直觉找到一个特定的视角去研究一个
特定的基本问题，这种天才型的路数以外，
大部分的物理学家其实找不到物理工具和生物结合的地方（所以就只能fit data）,
这个困境的一个重要原因是：大部分生物问题还没有对应的已经发展成熟的数理工具。
比如 生命过程的本质是一个非平衡的动态过程，不断的从环境吸收能量，又以热量或
其他形式消耗，在这个过程中维持高度复杂而有序的生命结构的完整性和功能性。但是
nonequilibrium statistical mechanics这个对应的物理分支在物理里都还算是前沿而
没有成熟的体系吧？ |
|
d*******3
发帖数: 8598 | 10 【 以下文字转载自 Faculty 讨论区 】
发信人: xiao86 (xiao86), 信区: Faculty
标 题: Re: 量子计算机学术前景怎么样？ (转载)
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Aug 5 02:23:31 2015, 美东)
我承认搞纯生物因为没有物理的结构性思维训练，对什么是基本问题都搞不清楚。这是
生物的主流。
生物里一直有两个平行的传统：naturalist和physicist传统。前面一种是主流的，从
亚里士多德算起；后面一种可以追溯到薛定谔。后来的物理炸药奖得住Manfred Eigen
研究生命起源等，一直有物理学家研究基本的生物问题，但是一直都是屈指可数。但是
最近10年，系统生物学的诞生加上一系列的技术上的进展，越来越的物理学家来研究生
物问题，一系列“基本问题”都开始被研究。比如Stan leibler对基因网络robustness
的研究，william bialek对基因表达的信息论研究。 而且生物里的分支 进化生物学，
一直以来都是基于数学推导的，研究的也是基本的种群的的动态过程。
以上这些工作完全不同于大家经常所说的“刷... 阅读全帖 |
|
x****6
发帖数: 4339 | 11 我再加一个：william bialek @ princeton |
|
d*****r
发帖数: 2583 | 12 Zhang Feng以前的老板:
Deisseroth, Karl; associate professor of bioengineering and psychiatry,
Stanford University, Stanford, Calif.
竟然是Associate Professor...就当选院士了，史无前例的Rising Star...
http://www.nasonline.org/news-and-multimedia/news/2012_05_01_NA
News from the National Academy of Sciences
Date: May 1, 2012
FOR IMMEDIATE RELEASE
National Academy of Sciences Members and Foreign Associates Elected
The National Academy of Sciences today announced the election of 84 new
members and 21 foreign associates ... 阅读全帖 |
|
d*****r
发帖数: 2583 | 13 There is a very good resource online for these topics,
William Bialek at Princeton has done a lot on this topic, he has given a
short course before. He has pointed to all important papers in this field,
enjoy:
http://www.princeton.edu/~wbialek/rome/rome_course.htm |
|
x****6
发帖数: 4339 | 14 在进化生物学，生物物理，系统/合成生物学，这些远离医学的基础领域里，犹太人非
常多，而且大规模的占领着学术制高点。计量生物学里的两个大牛Stan Leibler,
William Bialek就是很好的例子。 |
|
x****6
发帖数: 4339 | 15 这里应该并没有人要攻击这个学科，但是我发现这个版上，大家的眼界基本局限于生化
，细胞生物学和结构生物学。可能是这三个分支接纳了绝大多数华人生物从业人员的缘
故。
对于施一公，个人觉得绝对是个一流的结构生物学家。这已经是了不起的成就了。但是
要谈到超一流的科学家，（提到这个词我通常想到的是杨振宁），可以走向公众舆论前
台、对国民进行教育引导、对国家科学战略提供建议的那种。他欠缺火候。之前的帖子
我也说过，他的工作不成系统，属于哪里热去哪里放散炮类型的，科学思想浅薄了一些
。这个比喻也许不恰当，但是我确实是这么认为的，他是工匠型而不是思想家型的。
对于结构生物学这个学科，它的意义就不容我这个外行去班门弄斧了。但是也正是作为
外行，我们也许更能够看到它的外延。它为我们理解生物过程的分子机制提供直接的线
索和直觉以外，也许还能在某些情况下辅助设计药物，但是据我所知还是很有限的。更
不用谈什么预测结构和功能了。蛋白质folding机制这种突破还有待取得。
我个人认为顶尖的科学家还得是思想家，在他做的具体工作后面应该隐含对自然的某种
深刻洞见。在这个方面，我认为谢晓亮比施一公做的更好。而且他以技术... 阅读全帖 |
|
d*****r
发帖数: 2583 | 16 现在这个版上还有人知道William Bialek，不容易啊 |
|
x****6
发帖数: 4339 | 17 你强调的是工程和技术，我强调的是科学，加起来是科技，都很重要，但是它们也是很
不一样的。
科学不care utility, 比如花了半天做实验、建模、验证，发现大肠杆菌趋化运动是对
化合物浓度的变化产生反应而不是对绝对浓度产生反应，并且更重要的是用一个非线性
的负反馈定量的解释清楚了。这对人类生产生活屁用都没有，跟我们一毛钱关系都没有
。但是它还是有重要、很有意义，因为它满足了我们的好奇心。
q-bio的大部分工作是纯理科，或者说物理，导向，qi lei这种算是小众。
这个领域的大牛如stan leibler, william bialek, terry hwa都是物理学家出生，分
别从统计物理，信息论和动态系统的角度来看待生命，给出了纯生物思路不可能达到的
对生命的见解。
是大 |
|
x****6
发帖数: 4339 | 18 传统生物学以实验和现象为主导的刻板单调训练（分子，细胞，遗传，生化，发育，微
生物）不太可能帮助生物学家发现关于生命的深刻见解。
真正要追求新颖而深刻的发现，需要物理学的“结构性”思维，来寻找生命系统
idyosyncracy背后的普遍规律。
比如stan leibler发现的基因网络在功能层次上的鲁棒性；william bialek发现的果蝇
胚胎发育在分子层面的极其精简的信息论基础；华泰利深度研究的细菌生长速度和核糖
体蛋白/总蛋白比例之间的简单线性关系。
这些都深刻揭示了纷繁复杂的生命现象背后的一些抽象规律，帮助我们理解生命到底是
什么。而这些牛人都无一例外的是物理学家，尤其以搞凝聚态的为多。 |
|
d********r
发帖数: 3279 | 19 stan leibler 和 bill bialek 你说的都是是哪几篇文章？想拜读一下
sciences- |
|
|
|
d********r
发帖数: 3279 | 22 多谢多谢，有空好好读一下。说来好笑，前两年我跟 bialek 还合申请过一个grant，
但对他以前的研究其实不怎么了解。Stan 嘛，就更近了，经常在电梯里碰到，不知道
他原来这么牛！ |
|
q***l
发帖数: 177 | 23 News from the National Academy of Sciences
Date: May 1, 2012
FOR IMMEDIATE RELEASE
National Academy of Sciences Members and Foreign Associates Elected
The National Academy of Sciences today announced the election of 84 new
members and 21 foreign associates from 15 countries in recognition of their
distinguished and continuing achievements in original research.
Those elected today bring the total number of active members to 2,152 and
the total number of foreign associates to 430. Foreign associat... 阅读全帖 |
|
w********h
发帖数: 12367 | 24 News from the National Academy of Sciences
Date: May 1, 2012
FOR IMMEDIATE RELEASE
National Academy of Sciences Members and Foreign Associates Elected
The National Academy of Sciences today announced the election of 84 new
members and 21 foreign associates from 15 countries in recognition of their
distinguished and continuing achievements in original research.
Those elected today bring the total number of active members to 2,152 and
the total number of foreign associates to 430. Foreign associat... 阅读全帖 |
|
m***f
发帖数: 1622 | 25 not exactly
我的理解是
我们还没到那一步，来全面面对解码、编码问题。
现在大家关注的问题太多了，因为很多基本的问题我们还没搞清楚，
比如单个皮层神经元树突、轴突的离子通道分布和动力学描述。。。
怎么样用数学模型来模拟单个神经元的发放模式等等
不可否认，已经有很多人专门研究那些解码、编码问题，
比如早期维纳的许多system identification方面的工作和此有关
William Bialek的信息理论在神经科学中的引入也和此有关
Dan Yang 前些年的根据猫外膝体电信号重构刺激视觉图像的工作也与此有关。。。 |
|
