j*****u
发帖数: 285 | 1 有4组数据：wt, wt + treatment, mutant, mutant + treatment
用prism 的group graph, 然后需要用two-way anova 做统计分析，可是不知道如何设
置可以最后得到两两比较的p value.
多谢大家！ |
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l*****7
发帖数: 8463 | 2 每个type做四个点（dose， triplicate）, 就成线了，
然后就可以做Two－way ANOVA分析了 |
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s******s
发帖数: 13035 | 3 要两两比较就用t-test啦。你这么简单的setting没必要Anova，发出去reviewer
也看不懂。你就画四个barplot, 头上带error bar, 然后标上两两的significant
level就行了 |
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r******i
发帖数: 8 | 4 我有10个subject， 在5个不同时间点（time）各测了15个assay，也就是这样的
sub 1－10，
time 1－5，
assay 1－15。
现在我想用R来计算每一个assay在不同时间点的ANOVA, 我不知道怎么样很快地来计算
。怎么来组织这些数据，用data.frame吗?
求大侠指教。
能否帮忙写一个简单的code. 谢谢 |
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g*****a
发帖数: 1112 | 7 为什么要“两两之间相互比较“ 而不用Anova? 学过统计的都不这么做 |
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发帖数: 1 | 8 看目的是什么。如果是看6组样本之间有没有显著区别，的确应该用Anova。但是如果明
确的想看些样本之间的差异，两两比较还是可以的，就是要做一个correction。 |
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G***G
发帖数: 16778 | 9 第一种比较, anova产生的pvalue为何不用correction？
但是两两比较需要做一个correction？ |
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S*****h
发帖数: 21 | 10 不如这样说， 你一个图中只有2组数据的时候，用t test,3组或以上用one way anova.
其结果是在有 Corrections的情况下，告诉你组间数据有无明显差异。如果有差异，
此时你不知
道哪些组间有差异，所以你要辅以post hoc 分析。post hoc 又有很多种，最常见用
Bonferroni, tukey's之类。 |
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t*****z
发帖数: 1598 | 11 你的认识已经out了。哪有数据没有噪音的？降噪就是生物信息学研究的重点之一。噪
音当然影响结果（所谓garbage in, garbage out），但是生信绝非有一点噪音就玩不
转的。
你列举的细胞状态的不同参数自然也会影响实验结果，但是高通量实验加生信可以让你
用multivariate anova研究多变量的相关性，可以用principle coordinate analysis
可视化高维度数据的clustering pattern。这些岂是跑胶能跑出来的？
反过来，生信研究还能指导实验进步，特别是高通量实验的设计。比方说，用哪种
library prep kit能得到什么样的quality的genome assembly。 |
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d********m
发帖数: 3662 | 12 Let me put it this way. ANOVA is a linear regression model with random error
being normally distributed and predictors being encoded categorically. It'
s called dummy variables.
The same idea can certainly be applied on to generalized linear model with
different form of random errors.
us? |
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w********2
发帖数: 632 | 13 感觉DS用深层神经网络也挺多的，和ML，AI很难区分。倒是过去FACTORIAL ANOVA之类
的很好解释，但和统计没啥区别。 |
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u*h
发帖数: 397 | 14 在你的实验中， 有四组老鼠：
Group 1: WT-Saline
Group 2: WT-Drug
Group 3: TR-Saline
Group 4: TR-Drug
H0: u1=u2=u3=u4
H1: at least one inequality.
One-way ANOVA result: F value = 7.53, Pr = 0.0008
Reject H0, accept H1: at least the mean value of one group is different from
the others.
Use Tukey method to analysis the mean of the four groups:
u1 != u2: DRUG对WT老鼠有作用。
u1 != u4: TR-Drug 组的老鼠， 和WT-Saline的老鼠不同。
因为u1 != u4, 一个进一步的问题就是, u3和u1, u4 的关系是怎样的：
显然， 因为u1！=4, 那么 u3=u1, u3=u4不可能同时成立。 对此， 有三个假设：
1. u1 = u3, u3!... 阅读全帖 |
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a*******g
发帖数: 33 | 15 这种数据可以用one way anova分析吗？试验有双因素，基因不同，治疗方案不同。 |
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b*******g
发帖数: 1309 | 16 呵呵，nanotoxicology 暂时还用不到你们这么专业的统计分析
现在nanotoxicology 实验室基本上都采集不到足够大量的数据
小量数据 ANOVA这类的入门方法就可以解决了
google 过， 也没有发现有用的数据库 |
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c****n
发帖数: 21367 | 17 唉... 你根本就没看懂...
数学上：
1. 不相关和独立是两码事情，E(XY)和p(XY)，两者等价需要分布是高斯的。你还记不记
得bio-statistics里面统计噪声模型是什么？现实里是吗？这是我第一个问题。
（当然你如果稍微想一想，就会明白，噪声模型的加性是Gaussian的起源，但具体问题
里到底是加性噪声多还是乘性噪声（lognormal）呢？甚至是hybrid？）
2. 系统的隐变量是因为变量之间不独立所导致的。medical trials总是用线性手段，
比如ANOVA之类，不但假设了加性噪声，而且假设了变量独立--这现实吗？
3. 统计的有效性在于系统的均匀性。比如说，如果你对一袋大米抽样，这些大米得均匀
分布才行。要是放了很多年的大米，比如下面都开始腐烂了，你抽上面的检查得到的结论
肯定偏好，抽下面的结论肯定偏坏，抽上下平均也不行，因为不知道整体分布。所以只有
唯一的办法就是增加抽样数目，扩大抽样范围。抽样的数目和范围是和系统的
diversity
有关系（分布的variation）。你觉得人和人的diversity小吗？小到几千个试验
控制十几个参数就能描述？ |
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s***s
发帖数: 925 | 18 居然还拿大米的抽样例子。
当你看到明显的治疗效果，生物标志物的反应，你那些线性还是非线性的把戏都不值一
提，最简单的最有效。
数学在经济领域够失败了。但是在医学领域做的比较成功，其一是人体反应相似性很明显，微小的变化当然很多，但是吃药这种事情是重大的干预，相比之下小的干扰可以忽略。其二，有些人始终没有明白的是临床试验只是最后的一个证明而已，一个疗法，早就从分子水平，细胞水平，动物水平，人体代谢水平，流行病，病例，病理水平多方面多方积累观察过了。相关的重要变量早就被人注意到了。
randomization一个最简单的experimental design而已,近乎常识。
谁跟你说临床试验都是用ANOVA？你当几千万作统计的都是吃干饭的？好好做你的试验
去，不明白的领域少掺和。
不记
均匀
结论 |
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o******e
发帖数: 1761 | 19 作为对上一章不相关和独立的补充说明
数学上：
1. 不相关和独立是两码事情，E(XY)和p(XY)，两者等价需要分布是高斯的。不知道有
多少人还记得bio-statistics里面统计噪声模型是什么？现实里是吗？这是我第一个问
题。（当然你如果稍微想一想，就会明白，噪声模型的加性是Gaussian的起源，但具体
问题里到底是加性噪声多还是乘性噪声（lognormal）呢？甚至是hybrid？）
2. 系统的隐变量是因为变量之间不独立所导致的。medical trials总是用线性手段，
比如ANOVA之类，不但假设了加性噪声，而且假设了变量独立--这现实吗？
3. 统计的有效性在于系统的均匀性。比如说，如果你对一袋大米抽样，这些大米得均
匀分布才行。要是放了很多年的大米，比如下面都开始腐烂了，你抽上面的检查得到的
结论肯定偏好，抽下面的结论肯定偏坏，抽上下平均也不行，因为不知道整体分布。所
以只有唯一的办法就是增加抽样数目，扩大抽样范围。抽样的数目和范围是和系统的
diversity 有关系（分布的variation）。事实是人和人的diversity小吗？小到几千个
试验控制十几个参 |
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s**********x
发帖数: 120 | 20 回顾了一些基本的统计知识理论（国内本科概率统计，中等统计（名字叫高等统计，但
感觉不是数学专业的高等。。。））
然后就是应用方面的东西，回归，logistic regression, ANOVA, Bayesian, Time
Series Model (AR/MA), decision tree, support vector, neural network
软件方面就是R，Python, SAS， Tableau, Spark
基本的c++, sql，matlab 以前都会。 |
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s**********x
发帖数: 120 | 21 回顾了一些基本的统计知识理论（国内本科概率统计，中等统计（名字叫高等统计，但
感觉不是数学专业的高等。。。））
然后就是应用方面的东西，回归，logistic regression, ANOVA, Bayesian, Time
Series Model (AR/MA), decision tree, support vector, neural network
软件方面就是R，Python, SAS， Tableau, Spark
基本的c++, sql，matlab 以前都会。 |
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d*********u
发帖数: 8 | 22 在分析一组数据,有一个统计小问题.
我的假设是：sum of A, B, C 越大 ，变量Z越大。A,B,C是interval 变量(1 to 10) ,
D是numerical 数值形变量. 但是 ANOVA, correlation, regression 都没什么发现
. 这种情况下应该怎么办? 比如用log 转换 一下? 谢谢! |
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d*********u
发帖数: 8521 | 23 推荐用G*Power做sample size的计算，很方便。
另外sample size具体需要多少，和ANOVA的一些东西相关，LZ可以看看相关资料。 |
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f****r
发帖数: 5118 | 24 可以用最简单的语言说说吗?或者给个link? 谢谢 |
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m*****s
发帖数: 9 | 26 家里的餐桌吧,两个菜以上,西红柿蛋,蛋番茄,番茄蛋,蛋西红柿,味道可能不一样,H0假
定idd高斯分布. |
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N**D
发帖数: 10322 | 27 ananlysis of variance
junk stuff |
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t**n
发帖数: 45 | 28 【 以下文字转载自 JobMarket 讨论区 】
发信人: tarn (空心), 信区: JobMarket
标 题: Intel (Dalian) Control engineer
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Mar 4 21:44:52 2016, 美东)
Title: QE CSM/PCS R2R Engineer
Area: Quality Engineering
Department: CSM
Shift: 1
Job Description:
R2R (run to run) mission is specifically support fab process areas by
providing and maintaining accurate and reliable R2R controllers. These
controllers are implemented on critical process steps with systematic
variation that is controllable and proves to have ... 阅读全帖 |
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g*****l
发帖数: 424 | 29 【 以下文字转载自 DataSciences 讨论区 】
发信人: greatel (灵致), 信区: DataSciences
标 题: 数据科学之江湖兵器谱
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Oct 9 16:57:10 2016, 美东)
【注】原发于微信公众号：data_wisdom
数据江湖，风起云涌。各路英豪，群雄逐鹿。
这是一个数据科学最好的时代，也是数据江湖最乱的时代。
那么在这么一个特殊的江湖里面浪，有什么兵器是值得我们去关注的呢？这篇文章列举
了一些常用方法（刀剑），并不涵盖工具与平台。就先让我们一起去看看这个排名不分
先后左右的兵器谱。
数据科学家Vincent Granville博士发表博文列举了数据科学家常用的45种技术。这是
个很适合初学者去逐个了解的列表。当然，这并不代表数据科学（统计学）的全部。虽
然他并没有提出自己的详细总结，但是有志于学习数据科学的同学不妨初步有个印象，
有不太熟悉的topic可以进一步去了解一下。另外我在后面也补充了我认为也值得学习
的领域，很多人都会在日常的数据实践中用到。多学有益于身心健康。
首先需要说明的是，这些技术... 阅读全帖 |
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l*******8
发帖数: 1745 | 30 以前学过，又忘了，谁能在教我一下？
microsoft excel里可以做chi-square马？
谢谢
mitbbs信箱满了，L*******[email protected]是我的邮箱。 |
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h******o
发帖数: 72 | 32 excel can do it. you need to add 'data analysis' add-ons in 'tool' menu
first. |
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t**n
发帖数: 45 | 33 【 以下文字转载自 JobMarket 讨论区 】
发信人: tarn (空心), 信区: JobMarket
标 题: Intel (Dalian) Control engineer
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Mar 4 21:44:52 2016, 美东)
Title: QE CSM/PCS R2R Engineer
Area: Quality Engineering
Department: CSM
Shift: 1
Job Description:
R2R (run to run) mission is specifically support fab process areas by
providing and maintaining accurate and reliable R2R controllers. These
controllers are implemented on critical process steps with systematic
variation that is controllable and proves to have ... 阅读全帖 |
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l******d
发帖数: 1633 | 34 exactly,这就是我想问的。exploratory research就跟这个bbs上
挖坑一样，主要目的就是make some noise，让更多人去思考这个
topic。所以就会有totally wrong的paper的citation反而很高。
但当做verification或proof的时候，需要的就是严格。
我经常看到一些paper,建了个model，做了试验，然后anova分析
一下就说他的model成立了。我的感觉是，他那个试验是deliberately
do so,能不出这个结果才怪呢。 |
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j****e
发帖数: 245 | 35 If you are trying to compare the positive vs. negative reaction times within
subjects, you can run repeated measure ANOVA. Maybe the website below can be
helpful.
http://www.nc.gsu.edu/~eslnxj/spss/glmrep.htm
All the best! |
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h****g
发帖数: 28 | 36 用ANOVA分析可以获得各个平均数，呵呵
多谢了
比开始好多了，现在比开始节约很多时间了:) |
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l******i
发帖数: 1404 | 37 得出的值方向不对，说明model本身有问题。
选择predictor：如果predictor数目多的话（注意multicollinearity），建议用
stepwise model selection；predictor数目少的话，用all subset search.
在所有感兴趣的model里用R_adjusted_square结合C(p)和PRESS(p)判断。也可以结合
AIC, BIC, SIC。判据越多越好。
不过唯一的最好办法：get much more data, need sample size to be large enough.
这样asymtotic理论下的所有test就有意义了。也就不存在你说的Rsquare一会儿大一会儿小的问题了。
结果实在差的很远，不整regression，用multifactor ANOVA Model
再不行，就用nonparametric approach呗，例如bootstrapping |
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y****d
发帖数: 432 | 38 ★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★
前面说明：
需要的童鞋请到我的签名档的博客查找！谢谢！发E-mail太累了！
觉得有价值的话可以顶一下，以便更多的人看到！谢谢！
★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★
本合集包含内容（总有你想要的吧？！呵呵）：
A Basic Course in Probability Theory
A Course In Probability Theory.djvu
A First Course in Statistics for Signal Analysis
A Handbook of Statistical Analyses Using R
A Handbook of Statistical Analyses using SPSS
An Introduction to Probability and Random Processes
An Introduction to Probability and Statistical Inference
An Introduction to Probability Th... 阅读全帖 |
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d*********u
发帖数: 8 | 39 在分析一组数据,有一个统计小问题.
我的假设是：sum of A, B, C 越大 ，变量Z越大。A,B,C是interval 变量(1 to 10) ,
D是numerical 数值形变量. 但是 ANOVA, correlation, regression 都没什么发现
. 这种情况下应该怎么办? 比如用log 转换 一下? 谢谢! |
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i****s
发帖数: 93 | 40 I don't know why you use ANOVA here. There are many correlation tests in
terms of your data is category or continous, you must be careful when you
use them. The assumption of regression is that residual has normal
distribution, check if the assumption is violated or not, and then consider
transformation.
, |
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d*****i
发帖数: 102 | 41 If you learned C programming before, it's much easier for you to use R based
on your statistical knowledge. In our class, Professor recommend the book by
Julian Faraway at the U. of Michhigan. It is freely downloadable, its
title is Practical Regression and ANOVA in R and you can find it from his
website
http://www.stat.lsa.umich.edu/~faraway/ .
good luck!
虾门都有什么好办法. |
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m******d
发帖数: 3 | 42 I am looking for one or more example(s) for Student-Newman-Keuls
test with raw data. I have not found one. I am looking from
published papers and books. It is better the example is about
a two-way ANOVA analysis.
If you know an example, could you please help?
Thanks a lot,
Most Stupid |
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s**********g
发帖数: 409 | 43 what's marginal test(summary of a linear model) and sequencial test(anova test
of a model)?
And what is the difference?
Thank you for your help!!!!!!!! |
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p********a
发帖数: 5352 | 44 ☆─────────────────────────────────────☆
leftHand (Hold on...) 于 (Fri Jan 27 16:50:44 2006) 提到:
一个小公司不愿意掏钱买大软件，R 他们不懂，另外画图
他们也希望在excel里边画。所以想看看vba能不能应付的了
☆─────────────────────────────────────☆
sir ( 郎 ) 于 (Fri Jan 27 17:02:55 2006) 提到:
要看做什么了
excel能载入的数据量通常是不够的
☆─────────────────────────────────────☆
leftHand (Hold on...) 于 (Fri Jan 27 17:40:23 2006) 提到:
就是一般常干的那点东西了
相当于sas里base, graph的大部分功能, glm,reg,anova一类的就够了
☆─────────────────────────────────────☆
sir ( 郎 ) 于 (Fri Jan 27 |
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j*****l
发帖数: 73 | 45 Type III error一直没弄明白是怎么回事，请各位GGJJ指点一下，提供一下资料也可。 |
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l********s
发帖数: 430 | 46 那个是type III sum of squares. 和type I区别是一个是:一个是marginal一个是
sequential。看一个factor是否显著一般看type III. |
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h******a
发帖数: 198 | 47 Analysis of Variance: Fix , Random and Mixed Models
Hardeo Sahai (Author), Mohammed I. Ageel (Author) |
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d*******1
发帖数: 854 | 48 partially true. simple ANOVA and t-test is the mostly used. i did see a
latin square design trial ends up being analszed as pair t-test....
sometimes you do need to perform quite sophisticated simulation to justify
power and sample size for more complex design.....
vivid research are done by academia....
funcy model easily invites criticism from regulatory agency....
industry tends to play safe card instead of pursuing cutting-edge
methodology...
i personally think it is a waste of money and tal |
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m**s
发帖数: 145 | 49 想学点SAS基本操作,做点基本统计，象t-test, ANOVA之类的，另外做做表格，请问哪本
书或网上哪里有参考资料可以学习？多谢！ |
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A*********u
发帖数: 8976 | 50 the Little SAS Book
很不错的入门书
想学点SAS基本操作,做点基本统计，象t-test, ANOVA之类的，另外做做表格，请问哪本
书或网上哪里有参考资料可以学习？多谢！ |
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