z****e
发帖数: 54598 | 1 openshift上建立一个servlet
只需要
@WebServlet("/Test")
public class Test extends HttpServlet {
就好了，@后面那个就是annotation
然后要启动这个servlet
只需要，假设我的域名是www.trifice.com
那就是www.trifice.com/Test
就可以了，这个是servlet的annotation |
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z*******3
发帖数: 13709 | 2 spring能做的，jboss都能做
不同的key words罢了
比如di，你不需要ejb，用beans.xml就可以替换spring的di了
不需要整合，直接就能用，用法跟spring的di是一样的
当然annotation有所区别，不过相比之下，jboss这一套更为标准
websphere什么也都可以这么用，spring的话，换一个就不是那么容易了
当然spring也支持标准的annotation和xml命名
但是你在网络上找到的例子，都是非标准命名和使用
aop jboss也有
不过需要说明的是，aop不是j2ee的一部分，所以不是所有的app server都缺省支持 |
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d****i
发帖数: 4809 | 3 Is XML config preferable over annotation? I always think XML seems to be
cleaner on the code side without polluting all code space with whole bunch
of annotations. |
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t*********e
发帖数: 630 | 4 The simplest example to demonstrate dependency injection in Spring Framework
. The main method isn't related to mockMessageSercvice() in any way, and
there is no any configuration file defined in the project. The main method
is able to print out "Hello World". How does this magic occur? @
Configuration & @ComponentScan work together to do the trick. It takes time
to just develop a basic understanding of how this little example works for
those who are new to the spring framework field.
Class 1:
p... 阅读全帖 |
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t*********e
发帖数: 630 | 5 The simplest example to demonstrate dependency injection in Spring Framework
. The main method isn't related to mockMessageSercvice() in any way, and
there is no any configuration file defined in the project. The main method
is able to print out "Hello World". How does this magic occur? @
Configuration & @ComponentScan work together to do the trick. It takes time
to just develop a basic understanding of how this little example works for
those who are new to the spring framework field.
Class 1:
p... 阅读全帖 |
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z****e
发帖数: 54598 | 6 第一种和第二种都是不用reflection
并用xml配置的
第三种是直接annotation，实现用了reflection
reflection可以直接访问私有变量
然后塞入reference
以前没有annotation的时候，第三种需要写到xml里面去
这中间有一个历史发展的过程，所以不同时期都不太一样
不过越来越简单倒是没错，所以你用最后一种就好了 |
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n*w
发帖数: 3393 | 7 java 的annotation，generic，和将在java8里出现的lambda expression都是在c#之后
加入。我个人很欢迎这些变化。虽然对annotation，generic的实现不是很满意。 |
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o**2
发帖数: 168 | 8 我在8楼列举了一些FMP的优点，不过一时半会儿是解释不清的。所以我说“进驻
Programming 版”就是长期从各个方面介绍FMP的特色。
FMP的核心是active object，并规定active object是virtual的，要一个virtual
machine来realize它们，Messenger就是这样一个virtual machine。
如果把active object看成是一个interface，就可以更好理解用户的责任：用户需要实
现这个interface声明的function。(上面的例子中有两个activeobject：“worker1”
和“worker2”，它们的function分别是do10seconds和do15seconds。)
用户怎么做呢？这由Messenger来定，比如我提供的reference implementation中的
Messenger支持三种方式：POJO (via reflection)，IReceiver，和ICallee。
FMP并不定义Messenger和用户之间的事，比如你完全可以开发一个你的Messenger，让
它支... 阅读全帖 |
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z*******3
发帖数: 13709 | 9 木有认真看你在做啥
不过从前面的人的说法看
貌似有两个东西你最好看看
一个是akka，akka有一个不好就是annotation支持比较差
如果你能做一个annotation支持的thread lib的话，还是有戏的
另外一个是work flow
work flow engine有一个标准叫做bpm
java的是jbpm，这个标准相对成熟
而且很多产品都已经可视化了，拖拖拽拽就搞定了
所以如果你想要继续
不妨认真思考一下这两个成型的产品系列会不会对你这个产品的生存造成冲击 |
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z****e
发帖数: 54598 | 10 soa之后，其实什么语言都不重要了
现在随便一个语言都可以做web service
web service标准越来越成熟，以后会有越来越多这种框架产生
实际上ejb什么做ws已经很简单了，一个annotation就搞定了
异步也就是一个annotation就搞定的事
这两个其实压根就是跟框架语言本身无关
什么语言都可以做到，就那么一回事，找自己顺手的上
然后真正重要的是你怎么管理这些service
service如果不集中管理，那么网状结构会变得很难以维护
一般大了之后，会有一个集中管理的地方
这就是当初web service诞生时候的uddi和wsdl
就是太过于超前，以至于群众不接受，后来失败了
不过不管怎样，你还是需要这么一个东西
要不然service一多，都不知道去哪里找
还有一个方面是监控，比如某一个service挂了，你要重启这个service
还有你要看看这个serivce用了多少资源啊之类的
java可以用jmx来做，跟os相关的我会用python来做
ejb容器要看容器本身提供什么接口
还有很多cloud上的系统，都是ruby写的
比如digitalocean和rhc... 阅读全帖 |
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n****1
发帖数: 1136 | 11 这个倒不是问题， js做大后都可以加上type annotation. 可静态语言的type
signature既是给人看， 也是给机器看的， 用来找bug的. type annotation远远达不
到要求, 最要命的是一个变量的类型是可以改的, 机器完全傻逼了。 |
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t**********s
发帖数: 930 | 12 只找到了一个 catalina.properties:
# Licensed to the Apache Software Foundation (ASF) under one or more
# contributor license agreements. See the NOTICE file distributed with
# this work for additional information regarding copyright ownership.
# The ASF licenses this file to You under the Apache License, Version 2.0
# (the "License"); you may not use this file except in compliance with
# the License. You may obtain a copy of the License at
#
# http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
#
# Unles... 阅读全帖 |
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z*******3
发帖数: 13709 | 13
beans没有标准，所有的java文件都是beans
只不过换个名字而已，所以spring说pojo
plain ordinary java object
意思就是你不需要遵循标准，没有标准，没有接口没有抽象类需要你去impl
随便拿一个java文件，这就是bean
spring通过xml和annotation来管理这些bean
所以你原来java怎么写，以后还怎么写，只需要在xml和annotation上告诉spring就好了
所以spring是一种非侵入式的框架，不像ejb早期，需要你impl接口或者抽象类
这个侵入就比较强
serialisable是一个interface，marker interface啊
如果你不垮虚拟机调用的话，你不需要impl这个
如果你垮虚拟机调用bean的话，才需要额外把这个接口写上去
做个标注，这样虚拟机就知道你需要序列化这个bean |
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d*******r
发帖数: 3299 | 14 "spring通过xml和annotation来管理这些bean"
有意思, 那 Spring annotation 相当于自己搞了一套 class/object/whatever 的数据
结构抽象了. 那简单说, 它跟一般 class 定义比,主要多了那些重要功能
好了 |
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d****i
发帖数: 4809 | 15 楼主明显想多了，这个用annotation显然是overkill了，而且由于用了reflection而使
得性能下降。最简单粗暴的就是把year放到Car里面, 这样既符合面向对象的基本原则
，又不会因为滥用annotation和反射而导致性能下降：
public class Car {
private int year;
public boolean isGreaterThanGivenYear(int given) {
return year > given ? true : false;
}
//other methods.....
} |
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d****i
发帖数: 4809 | 16 楼主明显想多了，这个用annotation显然是overkill了，而且由于用了reflection而使
得性能下降。最简单粗暴的就是把year放到Car里面, 这样既符合面向对象的基本原则
，又不会因为滥用annotation和反射而导致性能下降：
public class Car {
private int year;
public boolean isGreaterThanGivenYear(int given) {
return year > given ? true : false;
}
//other methods.....
} |
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gw
发帖数: 2175 | 17 package unmar;
import java.util.List;
import javax.xml.bind.annotation.XmlAnyElement;
import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
import javafx.collections.*;
//@XmlRootElement(name="dmsDataCalibration")
@XmlRootElement(name="root")
/*
public class MyWrapperForList {
private ObservableList list;
public MyWrapperForList() {
list = FXCollections.observableArrayList();
}
public MyWrapperForList(ObservableList list) {
this.list = list;
}
@XmlA... 阅读全帖 |
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g*****g
发帖数: 34805 | 18 Annotation才是典型的declarative. Java是个实际而保守的语言。Annotation没法用
其他办法实现，除非读xml配置文件。Lambda基本上就是个语法糖而已，说不上很大的
变化。即使如此都论证了5年。 |
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z****e
发帖数: 54598 | 19 go像c
infra应该多考虑一下go
而app估计没戏
app level的话，基本上都非常declarative了
java的很多feature几乎都是declarative的
比如annotation
annotation实际上是markup language
比脚本，fp什么先进，真正的declarative |
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z****e
发帖数: 54598 | 20
扯
spring就是典型的非jee的产品
spring是非标准化di
真正的标准化di是beans.xml
和@Inject这些
spring用@Autowire
这个annotation就是典型的非标准化annotation
spring甚至还没有guice标准
guice倒是遵循了jsr标准 |
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z****e
发帖数: 54598 | 21
扯
spring就是典型的非jee的产品
spring是非标准化di
真正的标准化di是beans.xml
和@Inject这些
spring用@Autowire
这个annotation就是典型的非标准化annotation
spring甚至还没有guice标准
guice倒是遵循了jsr标准 |
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c*********e
发帖数: 16335 | 22 c#,java都用annotation,php倒是没用annotation.照你的逻辑。。。 |
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w***g
发帖数: 5958 | 23 现在用的最多的就是基于FCN的segmentation网络，
包括医学图像上用的比较多的u-net。在此基础上
可以做各种变动。这个花样玩法非常多，demo应该
也比较容易做。像楼主说的同时做classification和
segmentation，我能想到的一种情况就是有大量
只有yes/no标签的图片，以及少量有contour
annotation的图片。设计一个网络同时拿两种数据
训练，那么segmentation的效果显著高于只用少量
annotation图片还是非常有可能的。这种做法其实
已经被玩烂了，应该是进不了CVPR的。
至于是不是真的那么牛，往往实际效果不如展示的
那么牛。一般是吹得天花乱坠，一碰到实际数据就
尿了。 |
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w***g
发帖数: 5958 | 24 从SSD随机读。我写picpac就是专门为了对付这种情况。
我现在正在大改版，主要是用C++重写imgaug那套东西。你要不要试试？
config = {"db": "train.spoly.db", #事先导入到存在SSD上的db文件。
"loop": True,
"shuffle": True,
"annotate": True,
"channels": 1,
"dtype": "float32",
"transforms": [
{"type": "augment.flip", "horizontal": True, "vertical":
True},
{"type": "augment.rotate", "min":-180, "max":180},
{"type": "augment.scale... 阅读全帖 |
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c*****t
发帖数: 1879 | 25 You can use cut to get the partial filename. Like
for v in /A/*.batch.new
do
# try to get the shortname. do some test and see
$f=`echo $v|cut -d/ -f2|cut -d. -f1`
tail -2 /A/${f}.annot >> /B/${f}.annot
...
done
Obviously, I didn't test it... Just to give you the idea. |
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l***y
发帖数: 25 | 26
Or I want to get the answer for a simple version of this: If I want to write
a schma named test2.xsd which includes all the elements defined in test1.xsd
and defined some more elements, but test2.xsd has changed the annotations of
the elements in test1.xsd, leaving the names and types unchanged. Now, can I
just simply import the namespace of test1.xsd in test2.xsd and only define the
extra elements? The changes on annotations will not make any difference in
using the schemas. Is that correct? |
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y******e
发帖数: 277 | 27 谢谢楼上的大牛们回复~~~
跑去仔细看了DAVID，好像不能自己upload user-specific population group?
如果说错了，烦请指点 ：）
Blast2GO以前用过babelomics上的server，很好用，不过好像必须先进行blast再
annotate才行？
GSEA好高级。。。>_<
我的问题很简单啦，就是两个gene lists，list1 = study group, list2 =
population group, 不是microarray，没有expression files。果蝇的基因，有现成的 GO annotation files。希望找出list1里significantly over/under-represented GO
找program找的头大，完全不清楚该用哪个，结果又没什么相同的
向大家请教！：）多谢建议！！
ps: 到底怎么发包子啊。。。木有看到可以转账啥的 |
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n******7
发帖数: 12463 | 28 最近处理一些数据，鉴定到了几百个unique的transcripts，对应一百来个基因。这样
很多
transcripts其实是一个gene的不同isoform。现在因为要annotate这些isoform而有些头
疼。
1. 哪里有高质量又比较全的isoform数据呢？
我希望用已知的isoform的一个集合做reference，来确定我们鉴定的isoform，哪些是
之前已
经被发现的，哪些是我们新近鉴定出来的。
我个人喜欢用RefSeq数据，但是挑了几个基因，发现RefSeq记录的isoform数量还是挺
少的。
UCSC Known gene没有经过human curation，很多记录仅仅基于genbank数据。我担心会有
很多artificial的序列
GenCode/ENSEMBLE 数据，一直没太搞明白，Gendoce的level 1+2的数据似乎质量还可
以，
但是也不知道他们具体的annotation的流程
CCDS似乎就是ENSEMBLE和RefSeq的交集，coverage估计是个问题
Alternative Splicing的数据我不太熟悉，看过一些数据库，很... 阅读全帖 |
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b****r
发帖数: 17995 | 29 据我的理解，现在大家还处在直接ignore 大部分isoform的阶段，实在躲不开了就自己
深入研究一下那个基因，基因组水平的annotation高质量的还没有吧。一般就是用est
拼出来的？
楼主如果你发现了一种高通量annotate isoform的方法，应该可以发一篇很不错的文章 |
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h****k
发帖数: 182 | 31 怎么使用table browser估计cat genome 多少基因被annotated,一个课程的作业，问的
是 How many ‘genes’ are annotated in cat genome? Describe what track/
database you used to get this number. Hint, you will want to use the “
summary/statistics” option to get the answers.thanks. |
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a********k
发帖数: 2273 | 32 花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branches in lamellipodia. Cell. 2008 Sep
5;134(5):828-42. PubMed PMID: 18775315; PubMed Central PMCID: PMC2570342.
Cai L, Makhov AM, Bear JE. F-actin... 阅读全帖 |
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t*d
发帖数: 1290 | 33 http://www.genomeweb.com//node/980559?hq_e=el&hq_m=1103092&hq_l
----------------------------------------
A recent study by scientists at Yale University suggests that the actual
cost of sequencing may be much higher than some current estimates indicate
since those figures may not factor in the analysis costs that are necessary
for a successful sequencing project.
In the paper, published in Genome Biology last month, Yale's Mark Gerstein
and colleagues consider costs that weren’t taken into accou... 阅读全帖 |
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c***3
发帖数: 251 | 34 We are pleased to announce the first beta release of the Mosaic plugin. This
is the first of a suite of plugins under development for annotating,
analyzing and visualizing networks with Gene Ontology terms. Mosaic uses
all three branches of GO to:
* Partition into subnetworks based on Biological Process terms
* Layout each subnetwork using a cellular template based on Cellular
Component terms
* Color nodes based on Molecular Function terms
Start with a network having any standard gene identifie... 阅读全帖 |
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c*****g
发帖数: 66 | 35 "Back to your RNA-seq data, if you only want to identify
differentially-expressed genes tha t are well-annotated. you would rather
put money on doing single-end sequencing (~50bp) to as deep as your budget
allows. "
这不是真的。。。
2 x single-end sequencing 比 1 x paired-end sequencing 在同样的throughput下
贵不少。所以在他的预算允许的情况下，应该做paired-end，甚至应该做multiplex来
消除lane effect etc.
真要做well-annotated genes，还搞啥sequencing，直接就array算了，不知道省多少
事。
array
analysis
dataset
identify |
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c*****g
发帖数: 66 | 36 我的一些不太成熟的看法，要是不对请见谅。
1）如果你们的下游工作是validation，当然是越stringent越有可能被你validate到，
你可以把你的filter和你大姐的combine了。实际上你已经有下游的validation了，你
是不是有可能知道错误都发生在哪一步？根据你的validation的结果来inform你应该进
行什么样的filter。
2）如果你们做的是human或者model organism的数据，而你们想要看看你们的序列是不
是真实正确，可以和现有的cDNA数据库，甚至是最近的rna-seq的数据比较，如果在别
的数据里也出现过，应该可以认为是真实的序列。
3）大部分的人的和模式生物的alternative splicing应该都已经被annotate到了，并
且你们研究的对象是wild type的，那么和已有的annotation比较应该是一个很好"
cross-validation"的方法。
align
frame |
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n******7
发帖数: 12463 | 37
我的一些不太成熟的看法，要是不对请见谅。
1）如果你们的下游工作是validation，当然是越stringent越有可能被你validate到，
你可以把你的filter和你大姐的combine了。实际上你已经有下游的validation了，你
是不是有可能知道错误都发生在哪一步？根据你的validation的结果来inform你应该进
行什么样的filter。
下游的工作不是validation，是一些in vitro的性质实验，所以不太清楚到底跟生物体
差别多大
2）如果你们做的是human或者model organism的数据，而你们想要看看你们的序列是不
是真实正确，可以和现有的cDNA数据库，甚至是最近的rna-seq的数据比较，如果在别
的数据里也出现过，应该可以认为是真实的序列。
有不少是跟已知的overlap的，但是我们更关注新发现的isoform是不是可靠
3）大部分的人的和模式生物的alternative splicing应该都已经被annotate到了，并
且你们研究的对象是wild type的，那么和已有的annotation比较应该是一个很好"
cross... 阅读全帖 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 38 新出炉的ENCODE的regulome的数据库
http://regulome.stanford.edu/index
我想问下，哪里有完整的database可以下载的？这样就可以自己在terminal里分析，而
不是一个个的在browser里query
download里能下载的只有Category1，2，3
另外还有一个问题，
能下载的Caterogy1/2/3的文件的format是：
SNP_name chr1 100 All evidences from ENCODE (say, chip-seq, DHS)
我就是说我能下载到的文件都是提供noncoding SNP和对这个noncoding SNP的
annotation
但如果在browser里直接搜索，随便输入一个coordinate，哪怕不是SNP，也会告诉你这
个位点的score是多少。
也就是说，这个背后肯定有都每个位点的annotation的数据库，而这个数据库目前我下
载不到。
谢谢！ |
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u*********1
发帖数: 2518 | 39 我觉得要考虑几个方面：
1.如何定义“遗传因素比较大”？ 想确定到底是familial还是sporadic，肯定要收集
足够的sample吧。。有时候对于有的疾病sample都很难收集。这不仅是人力，精力，
funding的问题，有的疾病病人死的很快，或者sample本身很少，总是很难碰到一个好
的大的pedigree的
2.NGS技术本身我当然是很看好的了，肯定越来越精确成熟，而且越来越便宜。但到底
能有多便宜？什么时候可以很轻松的给每个人做全基因组测序？read length可以达到
长?（肯定是越长越好）计算机的硬件能跟上NGS数据发展的趋势吗？
3.生物信息分析。我只能说现在的bioinformatic pipeline，除了read alignment和
SNP calling变的非常成熟（不仅sensitivity/specificity很高，而且可以做
population-level的分析），在其他方面，要么很艰难，要么很混乱。就是说无法达成
一个统一大家公认的最好的pipeline，我开发一个方法，你开发一个软件，最后把使用
者都搞的糊里糊涂的。比如indel cal... 阅读全帖 |
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n******7
发帖数: 12463 | 40 我觉得你说到点上了，应该M起来
“4.对基因组，genome biology本身的认识。其实纵然是whole-genome sequencing，我
看大部分的paper也就是先找找coding region/splicing的SNP/indel；或者说大家还是
gene-centric的。现在我们对基因组的认识还很不完善，且不说loci interaction，就
连最基本的每个loci是什么作用都不清楚。很多基因的功能都不知道，而且gene本身的
概念也在被扩充，不断有新的gene被发现，以及各种新型的什么miRNA gene啊，
linkRNAgene被发现。还有很多regulatory region比如被ENCODE给annotate出来。除了
非常明显的罕见的large deletion/duplication，或者一些repeat expansion，我们的
精力还是停留在missense mutation上，因为这个最好解释。而splicing site，或者
regulatory region有一个哪怕是罕见的A到T的突变，请问你能立刻给我解释下这个
rare SNP ... 阅读全帖 |
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s*r
发帖数: 2757 | 41 http://madhadron.com/a-farewell-to-bioinformatics
...
Bioinformatics is an attempt to make molecular biology relevant to reality.
All the molecular biologists, devoid of skills beyond those of a laboratory
technician, cried out for the mathematicians and programmers to magically
extract science from their mountain of shitty results.
And so the programmers descended and built giant databases where huge
numbers of shitty results could be searched quickly. They wrote algorithms
to organize s... 阅读全帖 |
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s*******e
发帖数: 1389 | 42 我是纯外行，做果蝇发育的。你这两篇加上更早的这两篇：
（Submitted 16 February 2012; accepted in final form 7 May 2012）
Ren G, Kim JY, Smas CM (2012) Identification of RIFL, a novel adipocyte-
enriched insulin target gene with a role in lipid metabolism. Am J Physiol
Endocrinol Metab 303(3):E334–E351.
(Received 8 July 2012, available online 15 July 2012)
Ren Zhang （2012）Lipasin, a novel nutritionally-regulated liver-enriched
factor that regulates serum triglyceride levels。 BBRC
草草看完后，
1，先说命名。
"This gene (RIFL) was variously... 阅读全帖 |
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s*******e
发帖数: 1389 | 43 我是纯外行，做果蝇发育的。你这两篇加上更早的这两篇：
（Submitted 16 February 2012; accepted in final form 7 May 2012）
Ren G, Kim JY, Smas CM (2012) Identification of RIFL, a novel adipocyte-
enriched insulin target gene with a role in lipid metabolism. Am J Physiol
Endocrinol Metab 303(3):E334–E351.
(Received 8 July 2012, available online 15 July 2012)
Ren Zhang （2012）Lipasin, a novel nutritionally-regulated liver-enriched
factor that regulates serum triglyceride levels。 BBRC
草草看完后，
1，先说命名。
"This gene (RIFL) was variously... 阅读全帖 |
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o******n
发帖数: 511 | 44 大家好,
我有几十个细菌isolates,从不同的宿主和环境下培养出来，测了它们的基因组。我想
通过比较它们的基因组来分析它们怎么适应不同的宿主或环境的。
现在我拿到的data是Illumina测序后的全基因组DNA fastq file，我们的合作者应该也
给它们做了annotation，以后才会拿到。
我不会写perl/python，会一点R。请问对于新手，有什么好的程序或package，让我可
以做些初步分析？另外，是不是只有做过annotation的序列才适合分析，纯DNA序列没
法怎么分析？
谢谢任何建议或帮助。 |
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c********e
发帖数: 598 | 45 madhadron: A farewell to bioinformatics
I’m leaving bioinformatics to go work at a software company with more
technically ept people and for a lot more money. This seems like an
opportune time to set forth my accumulated wisdom and thoughts on
bioinformatics.
My attitude towards the subject after all my work in it can probably be best
summarized thus: “Fuck you, bioinformatics. Eat shit and die.”
Bioinformatics is an attempt to make molecular biology relevant to reality.
All the molecular biolog... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 46 Plus
To LZ:
just check,
>http://bcbio.wordpress.com/tag/ngs/
cited:
>Access VCF variant information
>In addition to extending the GATK through walkers and annotations you can
also utilize the extensive API directly, taking advantage of parsers and
data structures to handle common file formats. Using Clojure’s Java
interoperability, the variantcontext module provides a high level API to
parse and extract information from VCF files. To loop through a VCF file and
print the location, reference alle... 阅读全帖 |
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