G******O
发帖数: 189 | 1 I really doubt that Cao has not major responsebility for this kind of
manipulating data.
I just randomly picked up some of his papers with different co-authors and
found more astonishing data...
For example, look at this one...
I highly suspect that the last row of Actin bands in Fig6A have been
manipulated. The 2nd, 3rd and 6th bans are identical! The 4th and 7th are
identical!!
I don't believe all the data in this panel at all.
http://www.jbc.org/content/284/37/24773/F6.expansion.html |
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b********i
发帖数: 73 | 2 There is no doubt that Cao is one of a few best immunologists in China.
About his papers, should not we judge them in more professional ways, instead of checking those
immunoblots as a bunch of artists? The bottom line is that so far there is no public disagreements of his data.
It is not easy for most of hot stars. I do not think it is fair to totally destroy one person's reputation just by one
Actin blot. |
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G******O
发帖数: 189 | 3 You are right.
We should judge such one of a few best immunologists in a more professional
way. But this is based on our intergrity that we should present real
experiments. It is not solely an actin blot. It is the faith that all of the
scientists rely on. Futhermore, besides this blot there are at least three
papers from his lab showing manipulated data as you can read in this BBS.
I agree with you that it is not easy for most of hot stars. But such a
successful star with so much money and reso... 阅读全帖 |
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h*******o
发帖数: 4884 | 4 standard normalized, 是指都normalized 到 control gene，i.e. b-actin 或
者18s RNA之类的吗？
谢谢
我pearson correlation和Euclidean都试过了
sample之间的cluster确实基本一样，个别的位置换了一下
但是不同gene之间的cluster就很多不一样 |
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h*******o
发帖数: 4884 | 5 麻烦能不能再解释的清楚一点
我现在的case是就2个group, ctrl 和Treatment
用得actin+GAPDH做得internal control
所有其他的target 都normalize了
然后软件又给出了treatment group的fold change和P value
做cluster/heatmap的时候，有2个选择一个是Pearson Correlation一个是Euclidean
distance.
因为我就2个group，所以我想看看每个group的individual sample怎么cluster
发现不管用那个方法，图都还行，每组6个sample里面5个都cluster在一起，只有一个
会跳到另外一组的sample中间
但是pearson 和Euclidean的差别在于 不同的target gene被放在一起了
这个有区别吗？
谢谢 |
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n****y
发帖数: 819 | 6 顶一下， target 5‘ 3’ UTR 应该不少见吧
' |
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s******r
发帖数: 2876 | 7 同样的sample，同样的actin抗体，follow它的protocol，
ECL 1 min 有很清楚的带，Odyssey扫出来的看不见，加强intensity也只有很淡的条带，
大家有什么经验，Odyssey能达到普通ECL的灵敏度吗？ |
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s**********o
发帖数: 14 | 8 我一直用Licor，我的经验是他的灵敏度要比ecl高。
我增经用过低于5ug的total protein上样，actin的结果也还是非常好。
要trouble shooting别人的问题，总是比较难。根据你的介绍，
我不知道blocking buffer是不是问题，在licor的manual里，
他有专门的blocking buffer的配方的，我一直用那个，配完后分装冻起来。
用milk和BSA据说都会减弱或者产生比较强的background。我们旁边的实验室
也有人用milk,但他们2抗用的浓度要大，1；2000。我一般用1：10000。
还有一个问题就是，不知道你的2抗是不是长期放在4度，时间太长会显著的降低他的灵
敏度的。
分装，放在4度尽量在1-2月内用完，最好。
别的，我也不知道了，你先试试，回头UPDATE一下进展。 |
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s******r
发帖数: 2876 | 9 谢谢，有空我再试一下，二抗跟别人借的，也可能有点问题。
我一直用Licor，我的经验是他的灵敏度要比ecl高。
我增经用过低于5ug的total protein上样，actin的结果也还是非常好。
要trouble shooting别人的问题，总是比较难。根据你的介绍，
我不知道blocking buffer是不是问题，在licor的manual里，
他有专门的blocking buffer的配方的，我一直用那个，配完后分装冻起来。
用milk和BSA据说都会减弱或者产生比较强的background。我们旁边的实验室
也有人用milk,但他们2抗用的浓度要大，1；2000。我一般用1：10000。
还有一个问题就是，不知道你的2抗是不是长期放在4度，时间太长会显著的降低他的灵
敏度的。
分装，放在4度尽量在1-2月内用完，最好。
别的，我也不知道了，你先试试，回头UPDATE一下进展。 |
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g*********5
发帖数: 2533 | 10 用了4年licor了。感觉比ecl灵敏。
如果用pdvf （我一般只用nc），二抗中加点sds可以降低背景 。
actin不出来，原因应该是二抗问题。
还有，我从来不干膜，总是湿扫。
他家有专门的strip buffer，管用。
1:5，但是我用1：10，室温20分钟，4度两小时。
tbst洗4遍，可以直接用别的一抗。
有时候tubulin去不干净。 |
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C******8
发帖数: 602 | 11 如图所示，在lane之间有点点，以前也偶尔出现，不知道为啥
这是actin的band,胶当时是现配的好像。其他target gene到没问题
这点点是哪里来的呀？？？
求赐教 |
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S*****s
发帖数: 287 | 12 优势是什么？我只做过 realtime PCR 不做 microRNA。在我看如果用 oligodT 就可以
拿 GAPDH actin 之类的内参做 control，测出来的 specific level 也更准确一点。 |
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Z******5
发帖数: 435 | 13 不会的，我每次都是放摇床里，50~100RPM，50度，30分钟。 分别试过先杂交目的蛋
白，再洗掉杂交actin，或者反过来。 都没有问题。 |
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p*****y
发帖数: 44 | 14 当年我也差点跟了一个actin的大牛，后来觉得太基础，最后没有去他那里Rotation. |
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h******u
发帖数: 131 | 15 原来是真的。 真是那篇关于 beta actin 的文章吗？ |
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h******u
发帖数: 131 | 16 原来是真的。 真是那篇关于 beta actin 的文章吗？ |
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n*******l
发帖数: 75 | 17 多谢多谢 那要怎么证明呢 比如做个IS 用什么抗体呢
actin行么？ |
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O*********e
发帖数: 79 | 18 我一般用两到三个housekeeping gene，比如actin, GAPDH，做qRT-PCR的internal
control。分析数据的时候，我分别用这几个gene来计算我的experimental genes的
fold change，然后取平均值得到最终结果。今天在网上找到一个分析qRT-PCR结果的
Excel模板，它里面的计算方法是，先把housekeeping gene的Ct value取平均值，再用
这个平均值来计算experimental genes的fold change。这两种方法最后得到的结果是
一致的吗？这貌似是个数学问题，而我每每遇到数学就头晕，所以上来问问大家的看法
，还有大家平时都用的哪种算法？先谢谢了！ |
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n***w
发帖数: 2405 | 19 看你这个chemical啥作用。actin在某些情况下会变，不适合用来做loading control。 |
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s****y
发帖数: 89 | 20
恩，染一下胶和actin对比一下是个好主意，没想到，呵呵。
谢了 |
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s******y
发帖数: 28562 | 21 同意。actin 半衰期长，所以一般短时间的处理对此影响不大 |
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i*********0
发帖数: 915 | 22 我最近也是觉得很奇怪，用的是fetal liver的sample，用beta－tublin作loading和预
期的结果80％作一致，用actin和预期的结果100％一致。 |
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n******u
发帖数: 418 | 23 b-actin ct一般15-16
但是目标gene的ct一般在29-30，那么这个gene的数据还可信么？ |
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i***l
发帖数: 1656 | 24 have another run, put them together, day 1 to 10 , treated and untreated,
normalized with house keeping gene, say, actin |
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g****0
发帖数: 425 | 25 请问为什么从大致一样多的组织样品里提的RNA, 做完反转录后，cDNA的量差好几倍，
甚至几十倍呢 （determined by real time pcr with primer targeting actin）？谢
谢。 |
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d****i
发帖数: 2346 | 26 我们现在在用b-actin。
同时想试试看b-tubulin和GAPDH，请大家推荐好用的抗体。不要偶联HRP等的。
非常感谢！ |
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s******y
发帖数: 28562 | 27 Sigma monoclonal mouse anti-b-tubulin
Cytoskeleton INC polyclonal rabbit anti-actin (beta and gamma) |
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h*******o
发帖数: 4884 | 28 To me, lane 3 and 4 are comparable but both are higher than lane 2.
If it's for western, why not use a normalizer, say b-actin? |
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s******y
发帖数: 28562 | 29 Lamin 和B-tubulin比较没有争议
actin 有争议，最好不要用 |
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Z******5
发帖数: 435 | 30 要检测的蛋白质是个转录因子，细胞核内外都有。
用全细胞蛋白去做WB，信号很弱，想用细胞核蛋白做一下试试。 |
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W****C
发帖数: 1937 | 34
technique
这从何说起。。。核里的ａｃｔｉｎ也不少。。。。
他是要做内参， 不是要做marker， 如果真是不舍得买ｈistone的抗体，只是做个预
实验的话我觉得可以， 但是要发ｐａｐｅｒ的话可能不被接受－－抗体都不舍得买，
ｅｄｉｔｏｒ肯定不买账。。。。 |
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s*********t
发帖数: 600 | 35 有时候跑出来的带很好看，有时候都连成一条线了。
为什么呢？蛋白上样太多？SDS－PAGE没凝好？ |
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d****7
发帖数: 109 | 39 这种量大的蛋白产生一条线的原因可能是跑的不够快（只是猜测），我用ERK2做
Control也有类似问题，如果200V跑到底，很好看，但是60V上层胶，200V下层胶，就连
成一条线，必须用low intensity扫描才能分出带来，不过也有可能是别的原因。 |
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L********g
发帖数: 4204 | 41 My guessis
the wells of those lanes are not deep enough, so some of the proteins float
over each other.
or when you load your sample, takes too long and samples in the lane diffuse
a bit, or the current is too high.
my lab now is using commercial pre-made gels, so this never happened
anymore, haha |
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z*******a
发帖数: 175 | 42 同问
LZ象是upload了我的western结果
dbrg77（Nemo）猜测的似乎有道理。有试过的支一声 |
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b**********8
发帖数: 349 | 43 弱弱地问一声，楼主的figure中western周围的黑色边框怎么加的？我看很多paper都加
的，也有的没加，有什么特别么？ |
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s*********t
发帖数: 600 | 44 。。。。。。
在illustrator里面画一个框，把你的图放进去就行了。
加不加都无所谓吧，我个人觉得加了显得美观？
另外，如果是不是一张片子，或者一张片子剪开了，但是又需要拼在一起比较，可以用
黑框在中间隔开，说明不是一个胶或
者图片裁剪过。 |
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s*********t
发帖数: 600 | 45 显摆你们lab有钱，不用自己做胶， 。。。。haha
float
diffuse |
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z*******a
发帖数: 175 | 46 松鼠兔
believe me, it has nothing to do with 自己做胶 or pre-cast gel
PLZ let me know, when you have the answer. thanks a lot. |
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z*******a
发帖数: 175 | 47 松鼠兔
believe me, it has nothing to do with 自己做胶 or pre-cast gel
PLZ let me know, when you have the answer. thanks a lot. |
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s******y
发帖数: 28562 | 48 很多结构蛋白，都是胚胎发育必需的，但是和单个细胞的维护没有关系的。
具体例子我倒不清楚，但是，如果我要猜的话，这几个蛋白应该都符合
你说的条件：
beta-actin
talin-1
N-cadherin |
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s******y
发帖数: 28562 | 50 你这个比例本身的逻辑有问题.
计算机里面并不是只有exe 程序,如果你把计算机里面的数据文件和各种系统
参数改了,完全可以轻松的改出一个不同的系统界面而不会死机.
关键就是你对基因编码的理解是错误的.
exe 程序本身是执行码的集合,里面的参数很少,所以改动的话大部分都是
改在执行码上,导致程序崩溃.
但是基因编码中大部分都是属于参数的东西(就是调整蛋白本身的活性,
或者调解基因的表达强度之类的东西）.那种特别关键的,属于执行码级别的
基因编码不是没有,但是不多.比方说你把不同物种的相似的蛋白找出来对比一下,
会发现大部分基因里只需要不到一半的氨基酸是一致的,就可以执行类似的功能
了.对于其他地方的突变,基本上就是调解那个蛋白的功能差别或者强度什么的.
所以在生物中进行突变,大部分是在变在那些什么数据库文件啊,程序参数啊,
系统参数啊之类的东西上面了. 小部分不小心变在关键代码上的东西(比方说
不小心把beta-actin给变坏了), 不用你吩咐,那个细胞就自己去死掉了 |
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