V********n
发帖数: 305 | 1 IRES的调控是translation水平上的。
还是不明白LZ的意思，如果mRNA的结构是cap-gene1-IRES-gene2-3UTR，gene1的翻译可
能被抑制，IRES一般含有stem loop高级结构，会阻碍translation elongation。如果
cap-gene1-3UTR, IRES-gene1-3UTR是两个独立的mRNA,gene1的表达不太可能被抑制，
因为IRES的翻译效率很低。
另外IRES不完全是3-tail independent。是否就完全5cap independent，我觉得也不好
讲。IRES只是说ribosom loading不需要cap（其实这个概念本身就问题多多），cap的
作用不限于ribosom entry，还包括mRNA 稳定等。 |
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p******i
发帖数: 1092 | 2 我google了一下，貌似有它線粒體的genome...
我現在要pcr一個基因的cDNA，但是它有3個isoforms，如果設計primer針對coding
sequence，3個都有可能被P出來……
而，實踐證明：P出來的是不想要的那個……
我想是不是可以先對UTR做PCR，然後再P coding sequence...
其中的一個isoform有5UTR 和3UTR，但是不知道其他的2個有沒有…… |
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n******7
发帖数: 12463 | 3 3utr软件预测+negative correlation 可以大致筛选出可能作用的miRNA |
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l*****g
发帖数: 43 | 4 translation和microRNA processing是同时进行的吗？有没有互相干扰？
请推荐文章，多谢 |
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l*****g
发帖数: 43 | 5 俺自己回答一把。
至于translation和miRNAprocession有没有相互作用，相反的两个结论同时存在，都有
数据支持。
欢迎大家指教。 |
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m******g
发帖数: 69 | 6 这个帖子对于一个即将要读生物PHD的人是个很大的打击。 我个人感觉随便找个人，在
实验室教他一个月，怎么cell culture, 怎们做western。只要有钱买抗体，就能做
cell signal的活。我现在觉得cell signal就是一个大大的坑！一看公司送来的signal
poster，他妈的全都有联系。从A一只能联系到Z，随便找个信号分子，做做induction
,看看pathway的key enzyme的变化，就可以下结论说，哦，这个分子影响这个pathway
，然后做做细胞功能assay，得出结论这个分子有神马功能。然后发现这个分子是蛋白
大家族的一员，有开始做其他成员的pathway，或者又发现个上游或者下游的调节因子
，然后又开始做这个因子的pathway，最后做做in vivo，KO mice，会玩的还会看看这
个分子在免疫细胞的作用。
然后做做siRNA,shRNA,FISH,IHC 说是这个东西是潜在的biomarker，又说mAb,si/sh-
RNA可能成为治疗某种疾病的手段。
我感觉太胡掰了，简直是自己给自己讲故事。天天MAPK.NF-KB,AP1,GP... 阅读全帖 |
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x******a
发帖数: 143 | 7 Drosophila, 有几个candidate genes，想预测3UTR 上的miRNA targets。试了几个
program（miranda，pita）但是结果都很大不同，而且用script run出来的和网页上现
成的也不一样。自己跑script 给出来的结果很多，不知道什么是合适的cut off。我主
要想比较sister species的difference，所以不想强调conservation。
不知道有没有大侠有没有经验，指点我一下，我没有任何mirna的经验，只是在狂读
paper。
还有就是想看gonad tissues的miRNA profile，好结合起来predict这几个基因是ovary
/testis-specific express) 上可能的functional targets。没有找到现成的文章，找
到了一些sra上的illumina data，modencode的还有没有发表文章吧。我只是相看看表
达水平，试了miRExpress，最后一步怎么都不没法让它work，其它的程序好像看起来很
麻烦，主要目的都是novel miRNA discove... 阅读全帖 |
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l******g
发帖数: 1145 | 8 putative target的3UTR已经克隆进psicheck-2了，打算用promega的dual luciferase
来检测。
查了一下发现有两种，一个是DLR，还有一个是dual－glo luciferase。理论上dual-
glo的荧光信号更稳定，得到的数据应该更可靠。不过我查了一下文献，发现很多CNS的
牛文章，用的都是DLR的哪种。
请问是这是因为dual-glo刚出来不久，用的人还不多呢？还是dual-glo实际运用中存在
问题？
多谢多谢～ |
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m*******n
发帖数: 387 | 9 啊，very normal
请说些潜在可能吧，看3UTR target site 还挺保守的
结果意料之外，提高了估计2-3倍。。。
太意外了 |
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n********k
发帖数: 2818 | 10 has not read the paper..but as far as my memory goes,(I could be wrong
though), the very importance of
3UTR in gene expression regulation has been demonstrated numerous times in
numerous conditions I believe,
pretty much textbook knowledge now, as for cancer, don't know but would be
highly predicated...maybe the
prevalence/genome scale is a selling point, a particular gene, which gene
and I highly suspect it would be a
first report for such secenario as 3-UTR's importance has been recognized
for |
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